More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_4272 on replicon NC_009431
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009431  Rsph17025_4272  hypothetical protein  100 
 
 
545 aa  1112    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1143  hypothetical protein  57.04 
 
 
532 aa  607  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0240878  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1441  putative diheme cytochrome c-553  50.65 
 
 
310 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4495  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.31 
 
 
309 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71248  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1626  putative diheme cytochrome c-553  49.69 
 
 
306 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.988772  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1615  putative diheme cytochrome c-553  50.17 
 
 
305 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.706101  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5605  diheme cytochrome c-type  46.3 
 
 
306 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.388833 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1234  hypothetical protein  49.64 
 
 
304 aa  260  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0973  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.03 
 
 
304 aa  252  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0591  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.59 
 
 
314 aa  249  7e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0851  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.9 
 
 
304 aa  247  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.569662 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5830  putative diheme cytochrome c-type signal-peptide protein  42.41 
 
 
306 aa  230  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5232  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.58 
 
 
358 aa  227  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.291205 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1426  diheme class I cytochrome c  43.67 
 
 
296 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.338677  normal  0.0392901 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2784  diheme class I cytochrome c  42.72 
 
 
296 aa  219  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2696  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.06 
 
 
312 aa  218  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2228  diheme cytochrome c-type  40.78 
 
 
299 aa  211  4e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2869  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  43.28 
 
 
292 aa  207  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1042  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.12 
 
 
296 aa  206  6e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.983862  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1295  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.22 
 
 
278 aa  186  6e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.250133  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.68 
 
 
444 aa  182  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0808  cytochrome c, class I  37.94 
 
 
437 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.71514  normal  0.0769565 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2448  cytochrome c, class I  36.73 
 
 
424 aa  179  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157698  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1905  cytochrome c, class I  36.86 
 
 
467 aa  179  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.331041  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.23 
 
 
474 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.54 
 
 
434 aa  179  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2479  cytochrome c family protein  37.92 
 
 
407 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4044  cytochrome c, class I  39.18 
 
 
806 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.489703  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3583  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding protein  39.26 
 
 
1187 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4322  cytochrome c, class I  39.18 
 
 
806 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1162  cytochrome c  40.73 
 
 
295 aa  177  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.460761  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.64 
 
 
432 aa  177  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3948  aldehyde dehydrogenase family protein, putative/cytochrome c family protein, putative  39.18 
 
 
1187 aa  177  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.564465 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.35 
 
 
418 aa  177  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.52 
 
 
689 aa  176  9e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4825  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.77 
 
 
531 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0605523 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2517  cytochrome c, class I  36.98 
 
 
976 aa  176  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.931319  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3481  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.81 
 
 
795 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233456 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0190  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  37.23 
 
 
1253 aa  175  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1855  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.37 
 
 
996 aa  174  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1889  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  38.81 
 
 
1187 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4545  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.56 
 
 
831 aa  174  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3784  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.25 
 
 
305 aa  173  5.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.911247  normal  0.572896 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4060  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.25 
 
 
305 aa  173  5.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3925  cytochrome c, class I  39.33 
 
 
975 aa  173  6.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.073446 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.89 
 
 
308 aa  173  9e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.384272 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5292  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.88 
 
 
531 aa  172  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330766  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5370  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.75 
 
 
531 aa  171  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.29 
 
 
537 aa  171  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4209  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  37.88 
 
 
1182 aa  170  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.97346 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  40.22 
 
 
419 aa  170  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3842  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.33 
 
 
436 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  37.19 
 
 
450 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  37.07 
 
 
432 aa  169  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4890  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.2 
 
 
436 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2094  cytochrome c, class I  34.48 
 
 
429 aa  169  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.716571 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  36.64 
 
 
419 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5380  cytochrome c, class I  35.2 
 
 
436 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1807  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.65 
 
 
469 aa  168  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000207286  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1543  cytochrome c, class I  36.82 
 
 
419 aa  168  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303209  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  34.2 
 
 
691 aa  169  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2986  cytochrome c, class I  35.2 
 
 
436 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3948  cytochrome c, class I  36.64 
 
 
419 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130568  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0663  isoquinoline 1-oxidoreductase  34.43 
 
 
1202 aa  167  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.80425  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  37.41 
 
 
407 aa  167  5e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  35.64 
 
 
432 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  35.64 
 
 
432 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  35.64 
 
 
432 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5887  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.64 
 
 
419 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  0.403041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  34.53 
 
 
712 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  35.64 
 
 
432 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  35.64 
 
 
432 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  35.64 
 
 
432 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  35.64 
 
 
432 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  38.33 
 
 
432 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2135  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  37.27 
 
 
1187 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.270413 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  36.73 
 
 
432 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  36.73 
 
 
432 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.73 
 
 
432 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6575  cytochrome c, class I  39.57 
 
 
554 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0822253  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2315  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  38.66 
 
 
1191 aa  166  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  36.7 
 
 
698 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.01 
 
 
427 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.64 
 
 
432 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.18 
 
 
432 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  36.18 
 
 
432 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3373  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.96 
 
 
421 aa  164  3e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6144  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.43 
 
 
527 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.548869 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  38.57 
 
 
434 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.01 
 
 
427 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3088  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.62 
 
 
442 aa  164  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.161961  normal  0.0270934 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.98 
 
 
432 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6289  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.64 
 
 
530 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.550632  normal  0.0291984 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1857  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.13 
 
 
538 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.413717 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4332  Isoquinoline 1-oxidoreductase., Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.71 
 
 
1207 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1417  cytochrome c, class I  38.35 
 
 
421 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00268752  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0016  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.75 
 
 
420 aa  163  7e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.331141 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6039  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  35.14 
 
 
1179 aa  163  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0887172  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  35.96 
 
 
432 aa  162  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6536  cytochrome c, class I  40.07 
 
 
527 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>