295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1234 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1234  hypothetical protein  100 
 
 
304 aa  622  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0973  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  69.28 
 
 
304 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0851  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  66.55 
 
 
304 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.569662 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0591  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  58.79 
 
 
314 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2696  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  53.74 
 
 
312 aa  322  7e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1426  diheme class I cytochrome c  53.04 
 
 
296 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.338677  normal  0.0392901 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2784  diheme class I cytochrome c  52.7 
 
 
296 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1042  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  55.98 
 
 
296 aa  291  9e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.983862  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1626  putative diheme cytochrome c-553  50.33 
 
 
306 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.988772  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4495  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  54.05 
 
 
309 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71248  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1441  putative diheme cytochrome c-553  50.51 
 
 
310 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5605  diheme cytochrome c-type  52.08 
 
 
306 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.388833 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1615  putative diheme cytochrome c-553  51.8 
 
 
305 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.706101  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2869  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  52.42 
 
 
292 aa  270  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1143  hypothetical protein  50 
 
 
532 aa  264  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0240878  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4272  hypothetical protein  46.33 
 
 
545 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2228  diheme cytochrome c-type  49.03 
 
 
299 aa  261  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5830  putative diheme cytochrome c-type signal-peptide protein  48.28 
 
 
306 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5232  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.2 
 
 
358 aa  221  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.291205 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2448  cytochrome c, class I  40.33 
 
 
424 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157698  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1162  cytochrome c  42.08 
 
 
295 aa  205  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.460761  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2479  cytochrome c family protein  41.51 
 
 
407 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.34 
 
 
444 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4044  cytochrome c, class I  40.07 
 
 
806 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.489703  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4322  cytochrome c, class I  40.07 
 
 
806 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3481  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.07 
 
 
795 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233456 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3583  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding protein  40.23 
 
 
1187 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4016  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.78 
 
 
411 aa  189  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0979655 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0190  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  37.06 
 
 
1253 aa  189  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1889  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  40.46 
 
 
1187 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3925  cytochrome c, class I  40.46 
 
 
975 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.073446 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3948  aldehyde dehydrogenase family protein, putative/cytochrome c family protein, putative  39.85 
 
 
1187 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.564465 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.3 
 
 
474 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1905  cytochrome c, class I  38.59 
 
 
467 aa  186  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.331041  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4545  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.35 
 
 
831 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2517  cytochrome c, class I  41.73 
 
 
976 aa  185  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.931319  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1183  cytochrome c, class I  39.23 
 
 
420 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470462  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4209  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  40.84 
 
 
1182 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.97346 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.16 
 
 
432 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1295  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.77 
 
 
278 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.250133  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.54 
 
 
537 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5504  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.23 
 
 
425 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0326388  normal  0.134115 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1855  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.38 
 
 
996 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2135  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  38.27 
 
 
1187 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.270413 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6289  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.89 
 
 
530 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.550632  normal  0.0291984 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6575  cytochrome c, class I  41.13 
 
 
554 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0822253  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6536  cytochrome c, class I  41.13 
 
 
527 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1294  cytochrome c, class I  41.13 
 
 
527 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0963416  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4958  cytochrome c, class I  36.15 
 
 
424 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4058  isoquinoline 1-oxidoreductase  37.16 
 
 
1215 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222777 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6144  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.42 
 
 
527 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.548869 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3088  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.18 
 
 
442 aa  176  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.161961  normal  0.0270934 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.46 
 
 
308 aa  175  8e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.384272 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2315  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  35.69 
 
 
1191 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2423  putative isoquinoline 1-oxidoreductase  39.1 
 
 
1181 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  38.17 
 
 
432 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.73 
 
 
434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3929  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.85 
 
 
443 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.476483  normal  0.0487834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.5 
 
 
432 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3784  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.39 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.911247  normal  0.572896 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4060  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.39 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0201  cytochrome c, class I  36.39 
 
 
432 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1669  pyrroloquinoline-quinone aldehyde dehydrogenase  37.74 
 
 
1183 aa  171  9e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.224955  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5705  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.58 
 
 
433 aa  172  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0776178 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6358  cytochrome c, class I  36.58 
 
 
428 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0883371  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1470  cytochrome c, class I  36.58 
 
 
428 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212518  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  38.61 
 
 
419 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2490  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.05 
 
 
432 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7024  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.24 
 
 
428 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.263193  normal  0.248436 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  35.95 
 
 
468 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.95 
 
 
461 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3169  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.36 
 
 
494 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0153486  hitchhiker  0.0000801233 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.94 
 
 
432 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1282  cytochrome c, class I  34.34 
 
 
427 aa  170  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0663  isoquinoline 1-oxidoreductase  38.99 
 
 
1202 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.80425  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.33 
 
 
450 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3842  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.42 
 
 
436 aa  169  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2094  cytochrome c, class I  36.15 
 
 
429 aa  169  7e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.716571 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4332  Isoquinoline 1-oxidoreductase., Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.27 
 
 
1207 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5601  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.91 
 
 
426 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.31055  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.55 
 
 
434 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1830  cytochrome c, class I  35.74 
 
 
432 aa  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.550626 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.91 
 
 
432 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4825  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.83 
 
 
531 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0605523 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0350  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.15 
 
 
461 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1761  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.4 
 
 
680 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.108482 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  34.91 
 
 
432 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  34.91 
 
 
432 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5818  cytochrome c, class I  35.57 
 
 
426 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.726262 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  34.55 
 
 
432 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.26 
 
 
432 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  36.26 
 
 
432 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  34.18 
 
 
434 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  34.18 
 
 
434 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43810  putative cytochrome c  37.22 
 
 
433 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5292  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.48 
 
 
531 aa  165  9e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330766  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  35.07 
 
 
432 aa  165  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.61 
 
 
575 aa  165  9e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4265  cytochrome c, class I  41.15 
 
 
466 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.105526  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.59 
 
 
427 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.690125 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>