More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3929 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3929  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 
443 aa  920    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.476483  normal  0.0487834 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2490  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  56.01 
 
 
432 aa  490  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43810  putative cytochrome c  52.68 
 
 
433 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3674  putative cytochrome c  52.19 
 
 
433 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4209  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  52.58 
 
 
1182 aa  422  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.97346 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1889  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  50.59 
 
 
1187 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2315  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  50.12 
 
 
1191 aa  410  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3948  aldehyde dehydrogenase family protein, putative/cytochrome c family protein, putative  49.65 
 
 
1187 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.564465 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3583  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding protein  49.88 
 
 
1187 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1669  pyrroloquinoline-quinone aldehyde dehydrogenase  50.12 
 
 
1183 aa  405  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.224955  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4058  isoquinoline 1-oxidoreductase  49.17 
 
 
1215 aa  404  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222777 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2135  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  48.71 
 
 
1187 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.270413 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0663  isoquinoline 1-oxidoreductase  47.61 
 
 
1202 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.80425  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3925  cytochrome c, class I  50.12 
 
 
975 aa  391  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.073446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2423  putative isoquinoline 1-oxidoreductase  48.65 
 
 
1181 aa  383  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0190  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  48.67 
 
 
1253 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2517  cytochrome c, class I  47.55 
 
 
976 aa  381  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.931319  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1855  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.6 
 
 
996 aa  380  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4332  Isoquinoline 1-oxidoreductase., Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.8 
 
 
1207 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5504  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.18 
 
 
425 aa  356  5e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0326388  normal  0.134115 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4545  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.23 
 
 
831 aa  354  1e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3481  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.09 
 
 
795 aa  351  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233456 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4322  cytochrome c, class I  47.34 
 
 
806 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4044  cytochrome c, class I  47.34 
 
 
806 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.489703  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4958  cytochrome c, class I  43.29 
 
 
424 aa  345  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7024  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.44 
 
 
428 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.263193  normal  0.248436 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5705  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.84 
 
 
433 aa  343  5e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0776178 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6358  cytochrome c, class I  44.21 
 
 
428 aa  342  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0883371  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1470  cytochrome c, class I  44.21 
 
 
428 aa  342  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212518  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1905  cytochrome c, class I  44.02 
 
 
467 aa  342  1e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.331041  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5818  cytochrome c, class I  44.16 
 
 
426 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.726262 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5601  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.05 
 
 
426 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.31055  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6039  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  42.04 
 
 
1179 aa  333  4e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0887172  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1183  cytochrome c, class I  44.75 
 
 
420 aa  328  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470462  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2448  cytochrome c, class I  42.76 
 
 
424 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157698  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.69 
 
 
429 aa  314  1.9999999999999998e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.105717  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3088  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.51 
 
 
442 aa  314  1.9999999999999998e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.161961  normal  0.0270934 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3369  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.95 
 
 
432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.255177 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0201  cytochrome c, class I  39.86 
 
 
432 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1830  cytochrome c, class I  39.73 
 
 
432 aa  304  3.0000000000000004e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.550626 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  40.82 
 
 
425 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2590  cytochrome c family protein  42.33 
 
 
497 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  42.82 
 
 
452 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  42.57 
 
 
452 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  40.97 
 
 
425 aa  273  6e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1244  cytochrome c family protein  42.82 
 
 
452 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148627  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.82 
 
 
425 aa  273  7e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1084  cytochrome c family protein  42.82 
 
 
452 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508293  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1294  cytochrome c, class I  41.22 
 
 
425 aa  272  7e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.618448  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  40.82 
 
 
425 aa  273  7e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  42.82 
 
 
452 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  42.82 
 
 
452 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  40.82 
 
 
425 aa  273  7e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.56 
 
 
425 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.57 
 
 
425 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.26 
 
 
427 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.26 
 
 
427 aa  268  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  41.09 
 
 
492 aa  265  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1857  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.81 
 
 
538 aa  263  6.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.413717 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  37.91 
 
 
407 aa  263  6.999999999999999e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  38.13 
 
 
728 aa  262  8.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.14 
 
 
424 aa  259  7e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.3 
 
 
689 aa  259  8e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  39.62 
 
 
424 aa  258  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  39.6 
 
 
439 aa  258  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  36.81 
 
 
450 aa  258  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3449  cytochrome c, class I  38.73 
 
 
428 aa  257  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354735  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.37 
 
 
448 aa  256  8e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  37.9 
 
 
669 aa  256  8e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  39.68 
 
 
433 aa  255  9e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1761  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.14 
 
 
680 aa  255  9e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.108482 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  40.98 
 
 
691 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4825  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.48 
 
 
531 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0605523 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  40.59 
 
 
675 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2094  cytochrome c, class I  36.77 
 
 
429 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.716571 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.53 
 
 
426 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5370  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.43 
 
 
531 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0652  cytochrome c family protein  39.76 
 
 
509 aa  253  6e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  39.16 
 
 
712 aa  253  7e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  40.35 
 
 
439 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.95 
 
 
447 aa  251  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0858  cytochrome c, class I  38.13 
 
 
429 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5292  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.96 
 
 
531 aa  250  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330766  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  39.07 
 
 
698 aa  250  3e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.49 
 
 
726 aa  250  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  40.49 
 
 
447 aa  250  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1282  cytochrome c, class I  38.27 
 
 
427 aa  251  3e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0966  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  37.63 
 
 
430 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  37.88 
 
 
426 aa  249  7e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  40.59 
 
 
439 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.36 
 
 
461 aa  249  7e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1001  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  37.88 
 
 
430 aa  249  9e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  40 
 
 
675 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  38.21 
 
 
721 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.73 
 
 
447 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  38.35 
 
 
430 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  38.21 
 
 
694 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  38.19 
 
 
721 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.8 
 
 
426 aa  247  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.33 
 
 
415 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>