More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1979 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1979  putative branched-chain amino acid transport system / permease component  100 
 
 		 305 aa  586  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1420  inner-membrane translocator  37.12 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2177  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids NatD  36.33 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.801545 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0657  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1579  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 288 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2098  inner-membrane translocator  37.03 
 
 		 373 aa  157  1e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0236105 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1604  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 288 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2201  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 289 aa  157  2e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.796899  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4249  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 287 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00770361  hitchhiker  0.0000029415 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0601  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 289 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3966  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 382 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1740  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 370 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3086  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 370 aa  146  5e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1182  branched-chain amino acid ABC-type transport system permease components  32.27 
 
 		 481 aa  143  4e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.729657  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1111  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 290 aa  139  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3963  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 288 aa  135  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.92 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3840  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.927724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1275  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 336 aa  132  9e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.732042 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2158  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 336 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.699137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  32.58 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.36 
 
 		 319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  33.22 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  32.58 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.23 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0861  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 287 aa  130  4.0000000000000003e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3008  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  32.34 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.34 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.34 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1518  hypothetical protein  32.81 
 
 		 336 aa  129  8.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.442526 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3929  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 333 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0734  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 324 aa  125  8.000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.993171  normal  0.748996 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1547  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 287 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6237  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  31.95 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2926  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.44 
 
 		 336 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.686459  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1571  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 336 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.350199  normal  0.598455 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2115  inner-membrane translocator  29.35 
 
 		 304 aa  122  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.592251  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.37 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  30.16 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0266  inner-membrane translocator  32.15 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000146885  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1148  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  30.16 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.32 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2031  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  29.65 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0521  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.99 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  30.26 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.81 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.99 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  26.73 
 
 		 292 aa  119  7.999999999999999e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5538  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  28.85 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0612  inner-membrane translocator  28.71 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1231  inner-membrane translocator  29.26 
 
 		 431 aa  116  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126142 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0332  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0466  inner-membrane translocator  30.57 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0964978  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  30.69 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  31.05 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  29.32 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  28.48 
 
 		 548 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.93 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  28.39 
 
 		 307 aa  113  5e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4415  inner-membrane translocator  29.78 
 
 		 309 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.550314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3203  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 422 aa  112  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0923  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 336 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.161069  normal  0.736528 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2270  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.34 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1761  inner-membrane translocator  30.5 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.328925  hitchhiker  0.000752559 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3773  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0402926  hitchhiker  0.00264869 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0507  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  29.06 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1158  inner-membrane translocator  27.92 
 
 		 446 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.546012  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0686  inner-membrane translocator  27.71 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.215766  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1582  inner-membrane translocator  29.52 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  31.17 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3013  inner-membrane translocator  31.02 
 
 		 500 aa  110  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.265613  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  27.81 
 
 		 542 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  26.84 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>