More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1275 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1275  inner-membrane translocator  100 
 
 		 336 aa  662    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.732042 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1518  hypothetical protein  81.85 
 
 		 336 aa  538  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.442526 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2158  inner-membrane translocator  76.49 
 
 		 336 aa  525  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.699137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2926  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  77.08 
 
 		 336 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.686459  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1571  inner-membrane translocator  76.79 
 
 		 336 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.350199  normal  0.598455 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0923  inner-membrane translocator  77.08 
 
 		 336 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.161069  normal  0.736528 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3929  inner-membrane translocator  65.77 
 
 		 333 aa  452  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2177  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids NatD  36.39 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.801545 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1420  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 289 aa  177  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1604  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1579  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4249  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00770361  hitchhiker  0.0000029415 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0601  inner-membrane translocator  35.01 
 
 		 289 aa  159  5e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2201  inner-membrane translocator  31.89 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.796899  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1979  putative branched-chain amino acid transport system / permease component  32.12 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0657  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1111  inner-membrane translocator  34.37 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3008  inner-membrane translocator  32.61 
 
 		 288 aa  132  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3086  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 370 aa  128  2.0000000000000002e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1740  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 370 aa  125  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2098  inner-membrane translocator  28.65 
 
 		 373 aa  122  8e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0236105 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1148  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3966  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 382 aa  120  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0861  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 287 aa  116  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1547  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 287 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6237  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  31.63 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  31.25 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.6 
 
 		 291 aa  112  8.000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  28.75 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  29.47 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3203  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 422 aa  109  5e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.86 
 
 		 319 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  30.56 
 
 		 308 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1182  branched-chain amino acid ABC-type transport system permease components  26.95 
 
 		 481 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.729657  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  30.56 
 
 		 319 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  30.56 
 
 		 319 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  30.46 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0266  inner-membrane translocator  29.34 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000146885  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  30.56 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  30.56 
 
 		 308 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0108  inner-membrane translocator  32.6 
 
 		 493 aa  107  3e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  30.41 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.87 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  30.25 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  29.06 
 
 		 300 aa  107  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0734  inner-membrane translocator  30.35 
 
 		 324 aa  106  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.993171  normal  0.748996 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5323  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  28.44 
 
 		 305 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.446123 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2495  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids NatD  30.4 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.799542  hitchhiker  0.00275887 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  28.75 
 
 		 304 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3292  hypothetical protein  31 
 
 		 301 aa  106  6e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518243 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.01 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.01 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0466  inner-membrane translocator  28.23 
 
 		 316 aa  105  8e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0964978  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.01 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.65 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0586  inner-membrane translocator  30.65 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  25.54 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3963  inner-membrane translocator  29.75 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  28.97 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  30.49 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  29.6 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.92 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  30.53 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  27.44 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  30.56 
 
 		 308 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.56 
 
 		 308 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.56 
 
 		 308 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  31.02 
 
 		 301 aa  105  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0317  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.97 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3840  inner-membrane translocator  29.75 
 
 		 288 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.927724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  27.9 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.22 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  27.83 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  28.48 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  26.22 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  26.22 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.22 
 
 		 302 aa  103  5e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  26.22 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  26.22 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  28.48 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4898  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 342 aa  103  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  29.05 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  28.18 
 
 		 309 aa  102  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.25 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1158  inner-membrane translocator  28.17 
 
 		 446 aa  102  9e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.546012  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.01 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  25.62 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.95 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  29.25 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  28.66 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  27.86 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  26.63 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1779  inner-membrane translocator  28.66 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601101  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  28.75 
 
 		 287 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>