More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3929 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3929  inner-membrane translocator  100 
 
 		 333 aa  651    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2158  inner-membrane translocator  70.24 
 
 		 336 aa  478  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.699137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1518  hypothetical protein  69.35 
 
 		 336 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.442526 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2926  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  72.32 
 
 		 336 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.686459  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1571  inner-membrane translocator  72.32 
 
 		 336 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.350199  normal  0.598455 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1275  inner-membrane translocator  65.77 
 
 		 336 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.732042 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0923  inner-membrane translocator  72.92 
 
 		 336 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.161069  normal  0.736528 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1420  inner-membrane translocator  39.55 
 
 		 289 aa  176  6e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2177  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids NatD  37.34 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.801545 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0601  inner-membrane translocator  36.34 
 
 		 289 aa  155  7e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4249  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 287 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00770361  hitchhiker  0.0000029415 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1604  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1579  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2201  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.796899  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0657  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 338 aa  134  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1979  putative branched-chain amino acid transport system / permease component  33.44 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3966  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 382 aa  126  5e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1740  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 370 aa  122  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3086  inner-membrane translocator  31.5 
 
 		 370 aa  121  9.999999999999999e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0861  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1111  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2098  inner-membrane translocator  32.07 
 
 		 373 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0236105 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.12 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  31.66 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3008  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 288 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.48 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.48 
 
 		 308 aa  115  8.999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0586  inner-membrane translocator  34.16 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.37 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.37 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.37 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  29.26 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.35 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  29.39 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.39 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1893  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.229898  normal  0.0495469 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.39 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.43 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1148  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  31.09 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2651  inner-membrane translocator  31.07 
 
 		 326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.000000000892409  hitchhiker  0.00872106 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2472  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  31.55 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.75 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  31.97 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.07 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5323  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  31.63 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.446123 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.13 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  31.97 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.7 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.97 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.97 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  29.07 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  29.07 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  29.07 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.09 
 
 		 298 aa  110  5e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.09 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.07 
 
 		 316 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  29.07 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2976  inner-membrane translocator  31.78 
 
 		 393 aa  109  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  29.78 
 
 		 319 aa  109  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.07 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.06 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1182  branched-chain amino acid ABC-type transport system permease components  28.1 
 
 		 481 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.729657  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2031  inner-membrane translocator  29.82 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.96 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1547  inner-membrane translocator  34.5 
 
 		 287 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6237  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.56 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03306  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  32.38 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0258  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03259  hypothetical protein  32.38 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3655  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.38 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  29.38 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3865  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.38 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3936  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.38 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4774  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.38 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0259  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.38 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3739  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.38 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  31.33 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  29.9 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  29.85 
 
 		 291 aa  106  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0266  inner-membrane translocator  29.49 
 
 		 304 aa  106  6e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000146885  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 304 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3144  inner-membrane translocator  30.35 
 
 		 316 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00376696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.6 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>