More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2140 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2140  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 604 aa  1258    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0219  radical SAM domain-containing protein  47.07 
 
 		 600 aa  537  1e-151  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 		 471 aa  108  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 		 446 aa  99.8  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  26.87 
 
 		 444 aa  95.9  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  26.69 
 
 		 429 aa  94.7  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  24.57 
 
 		 480 aa  93.6  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  26.85 
 
 		 470 aa  91.7  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  24.78 
 
 		 433 aa  91.3  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.06 
 
 		 567 aa  89.7  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  24.38 
 
 		 483 aa  89.7  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4999  Radical SAM domain protein  26.88 
 
 		 591 aa  89  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.694875  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  26.93 
 
 		 439 aa  89.7  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.31 
 
 		 479 aa  87.8  6e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  25.66 
 
 		 477 aa  87.4  7e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  25.5 
 
 		 468 aa  87  8e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  26.79 
 
 		 428 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.17 
 
 		 428 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2874  radical SAM family protein  26.02 
 
 		 605 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108963  normal  0.169432 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  23.6 
 
 		 475 aa  85.1  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  24.39 
 
 		 468 aa  84.7  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 		 462 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  23.21 
 
 		 477 aa  82.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.07 
 
 		 471 aa  82  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  22.87 
 
 		 465 aa  82  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  23.35 
 
 		 468 aa  81.6  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.54 
 
 		 546 aa  81.3  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  26.37 
 
 		 498 aa  80.5  0.00000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.22 
 
 		 471 aa  79.7  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  25.48 
 
 		 430 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  24.71 
 
 		 472 aa  79.3  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  23.27 
 
 		 449 aa  79  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4810  radical SAM family protein  25.56 
 
 		 607 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  24.93 
 
 		 441 aa  79  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  24.92 
 
 		 434 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.8 
 
 		 478 aa  78.6  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.24 
 
 		 462 aa  78.2  0.0000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.07 
 
 		 546 aa  78.2  0.0000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  23.08 
 
 		 448 aa  77.8  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.56 
 
 		 546 aa  77.4  0.0000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  24.64 
 
 		 467 aa  77.4  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1705  Radical SAM domain protein  25.69 
 
 		 589 aa  77  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.871388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 		 476 aa  77  0.0000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.07 
 
 		 546 aa  76.3  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 		 509 aa  76.6  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  24.37 
 
 		 471 aa  76.6  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  25.88 
 
 		 502 aa  76.3  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  25.22 
 
 		 473 aa  75.9  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.12 
 
 		 466 aa  75.9  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 469 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.25 
 
 		 546 aa  75.9  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.25 
 
 		 547 aa  75.5  0.000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1507  Radical SAM domain protein  27.67 
 
 		 591 aa  75.1  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.05 
 
 		 465 aa  75.1  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  23.53 
 
 		 486 aa  75.1  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  26.69 
 
 		 471 aa  74.3  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  26.69 
 
 		 471 aa  74.3  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  24.08 
 
 		 428 aa  73.9  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  23.19 
 
 		 533 aa  73.9  0.000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3468  radical SAM family protein  25 
 
 		 592 aa  73.9  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.453671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  25.67 
 
 		 490 aa  73.2  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.84 
 
 		 461 aa  73.6  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  25.18 
 
 		 467 aa  73.6  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  27.03 
 
 		 512 aa  73.2  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  28.23 
 
 		 489 aa  72.4  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  26.96 
 
 		 469 aa  72.4  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2772  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 		 598 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 		 504 aa  72.8  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  23.15 
 
 		 426 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  25.96 
 
 		 474 aa  72  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  23.08 
 
 		 444 aa  71.6  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1899  radical SAM family protein  24.43 
 
 		 591 aa  71.6  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.36 
 
 		 472 aa  71.2  0.00000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  23.29 
 
 		 451 aa  71.2  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  23.64 
 
 		 468 aa  70.9  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  23.56 
 
 		 534 aa  70.9  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2490  radical SAM family protein  24.43 
 
 		 605 aa  70.9  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.497518  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  27.38 
 
 		 493 aa  70.5  0.00000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  28.83 
 
 		 459 aa  70.5  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  26.47 
 
 		 468 aa  70.5  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.07 
 
 		 546 aa  69.7  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  23.56 
 
 		 477 aa  70.1  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.08 
 
 		 580 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  30.41 
 
 		 484 aa  69.7  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  23.74 
 
 		 527 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  27.43 
 
 		 532 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  23.58 
 
 		 445 aa  68.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.49 
 
 		 461 aa  68.6  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  25.2 
 
 		 470 aa  68.6  0.0000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  22.15 
 
 		 469 aa  68.6  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  27.46 
 
 		 504 aa  68.2  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1089  radical SAM family Fe-S protein  25.38 
 
 		 591 aa  68.2  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.977516  normal  0.0200721 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 		 498 aa  68.2  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  22.69 
 
 		 462 aa  68.2  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  21.45 
 
 		 523 aa  67.8  0.0000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1895  Radical SAM domain protein  27.06 
 
 		 546 aa  67.8  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556208 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  22.22 
 
 		 471 aa  67  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.14 
 
 		 567 aa  67  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  28.16 
 
 		 501 aa  66.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.23 
 
 		 528 aa  65.9  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>