More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3906 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3906  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 500 aa  1044    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0469019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5552  cysteinyl-tRNA synthetase  72.69 
 
 		 499 aa  789    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3418  cysteinyl-tRNA synthetase  59.15 
 
 		 497 aa  627  1e-178  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0619  hypothetical protein  53.56 
 
 		 495 aa  567  1e-160  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2268  cysteinyl-tRNA synthetase  55.13 
 
 		 492 aa  554  1e-156  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.481434  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0485  cysteinyl-tRNA synthetase  54.18 
 
 		 486 aa  542  1e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0857  cysteinyl-tRNA synthetase  54.19 
 
 		 499 aa  543  1e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2022  cysteinyl-tRNA synthetase  54.19 
 
 		 492 aa  535  1e-151  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.837367  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1878  cysteinyl-tRNA synthetase  52.11 
 
 		 490 aa  530  1e-149  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00790  cysteinyl-tRNA synthetase  52 
 
 		 495 aa  528  1e-148  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1698  cysteinyl-tRNA synthetase  47.39 
 
 		 481 aa  439  9.999999999999999e-123  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.261335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2264  cysteinyl-tRNA synthetase  42.97 
 
 		 484 aa  429  1e-119  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0988589 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1818  cysteinyl-tRNA synthetase  45.2 
 
 		 480 aa  429  1e-119  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2033  cysteinyl-tRNA synthetase  42.91 
 
 		 481 aa  426  1e-118  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.570064  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2392  cysteinyl-tRNA synthetase  44.31 
 
 		 484 aa  426  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0211  cysteinyl-tRNA synthetase  43.82 
 
 		 483 aa  422  1e-117  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0320  cysteinyl-tRNA synthetase  45.38 
 
 		 484 aa  422  1e-117  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1805  cysteinyl-tRNA synthetase  45.77 
 
 		 481 aa  415  9.999999999999999e-116  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000188358  normal  0.435527 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2198  cysteinyl-tRNA synthetase  43.65 
 
 		 484 aa  414  1e-114  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1714  cysteinyl-tRNA synthetase  43.98 
 
 		 497 aa  411  1e-113  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.594811  normal  0.364726 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0265  cysteinyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 		 500 aa  363  4e-99  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000351954  normal  0.0179812 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3324  cysteinyl-tRNA synthetase  41.44 
 
 		 461 aa  357  2.9999999999999997e-97  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000668205  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0303  cysteinyl-tRNA synthetase  40.57 
 
 		 470 aa  346  6e-94  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.209155  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0398  cysteinyl-tRNA synthetase  41.45 
 
 		 477 aa  346  7e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000244083  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0403  cysteinyl-tRNA synthetase  38.84 
 
 		 474 aa  340  4e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00611212  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0193  cysteinyl-tRNA synthetase  37.4 
 
 		 486 aa  335  1e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0534  cysteinyl-tRNA synthetase  40.16 
 
 		 476 aa  335  1e-90  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0472255  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1589  cysteinyl-tRNA synthetase  38.66 
 
 		 487 aa  334  2e-90  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.354492  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0313  cysteinyl-tRNA synthetase  40.29 
 
 		 476 aa  334  3e-90  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.625731 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3324  cysteinyl-tRNA synthetase  37.92 
 
 		 470 aa  333  4e-90  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0251973  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1667  cysteinyl-tRNA synthetase  38.63 
 
 		 479 aa  333  4e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.67425  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00960  cysteinyl-tRNA synthetase  37.65 
 
 		 484 aa  333  5e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000845689  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1634  cysteinyl-tRNA synthetase  36.75 
 
 		 493 aa  333  5e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0430499 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1003  cysteinyl-tRNA synthetase  37.45 
 
 		 488 aa  333  6e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1554  cysteinyl-tRNA synthetase  38.28 
 
 		 485 aa  331  2e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  37.67 
 
 		 493 aa  330  3e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0846  cysteinyl-tRNA synthetase  38.41 
 
 		 466 aa  330  5.0000000000000004e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000447814  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1271  cysteinyl-tRNA synthetase  37.96 
 
 		 456 aa  329  7e-89  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1270  cysteinyl-tRNA synthetase  37.96 
 
 		 456 aa  328  1.0000000000000001e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1693  cysteinyl-tRNA synthetase  39.8 
 
 		 465 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.508304  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  37.6 
 
 		 487 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2484  cysteinyl-tRNA synthetase  38.03 
 
 		 476 aa  328  2.0000000000000001e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000672423  normal  0.0231509 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0084  cysteinyl-tRNA synthetase  38.09 
 
 		 465 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000240351  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  38.1 
 
 		 460 aa  327  3e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0120  cysteinyl-tRNA synthetase  37.88 
 
 		 465 aa  327  3e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000252042  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  36.96 
 
 		 481 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0089  cysteinyl-tRNA synthetase  37.88 
 
 		 465 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0154063  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0089  cysteinyl-tRNA synthetase  38.09 
 
 		 465 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0086  cysteinyl-tRNA synthetase  38.09 
 
 		 465 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00483591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0085  cysteinyl-tRNA synthetase  38.09 
 
 		 465 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1599  cysteinyl-tRNA synthetase  39.55 
 
 		 476 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000906806  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0089  cysteinyl-tRNA synthetase  38.09 
 
 		 465 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000157643  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  38.09 
 
 		 465 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.67266e-60 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2110  cysteinyl-tRNA synthetase  37.32 
 
 		 460 aa  327  4.0000000000000003e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000230638 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1361  cysteinyl-tRNA synthetase  37.01 
 
 		 488 aa  326  6e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2121  cysteinyl-tRNA synthetase  37.01 
 
 		 485 aa  326  6e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00371034  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0902  cysteinyl-tRNA synthetase  38.17 
 
 		 474 aa  326  6e-88  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  38.23 
 
 		 485 aa  325  1e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2424  cysteinyl-tRNA synthetase  35.98 
 
 		 466 aa  324  2e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3883  cysteinyl-tRNA synthetase  37.23 
 
 		 480 aa  324  2e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3800  cysteinyl-tRNA synthetase  37.4 
 
 		 480 aa  323  3e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  37.3 
 
 		 481 aa  323  4e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1645  cysteinyl-tRNA synthetase  37.05 
 
 		 472 aa  323  4e-87  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0256229  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2737  cysteinyl-tRNA synthetase  35.98 
 
 		 466 aa  323  5e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0188  cysteinyl-tRNA synthetase  36.71 
 
 		 478 aa  322  9.000000000000001e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.272447  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2592  cysteinyl-tRNA synthetase  36.66 
 
 		 785 aa  322  9.000000000000001e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  37.7 
 
 		 460 aa  322  9.999999999999999e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0084  cysteinyl-tRNA synthetase  38.09 
 
 		 465 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0923  cysteinyl-tRNA synthetase  38.04 
 
 		 456 aa  322  9.999999999999999e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 		 459 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000025745  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1109  cysteinyl-tRNA synthetase  36.83 
 
 		 488 aa  320  3e-86  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.98105  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  37.07 
 
 		 459 aa  320  3e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5208  cysteinyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 		 494 aa  320  3e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5216  cysteinyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 465 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00001018  unclonable  2.47403e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0110  cysteinyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 465 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.033401  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  37.17 
 
 		 459 aa  320  5e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  37.8 
 
 		 460 aa  320  5e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_61  cysteinyl-tRNA synthetase  36.57 
 
 		 457 aa  319  6e-86  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1263  cysteinyl-tRNA synthetase  35.81 
 
 		 505 aa  319  7.999999999999999e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.227331  normal  0.0688568 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0482  cysteinyl-tRNA synthetase  38.31 
 
 		 485 aa  319  7.999999999999999e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00357659 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1012  cysteinyl-tRNA synthetase  35.58 
 
 		 468 aa  319  7.999999999999999e-86  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  37.92 
 
 		 461 aa  318  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2253  cysteinyl-tRNA synthetase  37.99 
 
 		 465 aa  317  2e-85  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000105277  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0415  cysteinyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 		 490 aa  317  2e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.148475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  38.21 
 
 		 459 aa  317  3e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000105927  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  36.47 
 
 		 461 aa  317  3e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1903  cysteinyl-tRNA synthetase  40 
 
 		 459 aa  317  4e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  36.87 
 
 		 459 aa  317  4e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1559  cysteinyl-tRNA synthetase  37.45 
 
 		 467 aa  317  4e-85  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0090  cysteinyl-tRNA synthetase  37.42 
 
 		 466 aa  316  5e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000484516  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0061  cysteinyl-tRNA synthetase  36.2 
 
 		 458 aa  316  6e-85  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  41.69 
 
 		 459 aa  316  6e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000569576  decreased coverage  0.000000405781 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1662  cysteinyl-tRNA synthetase  38.69 
 
 		 478 aa  316  6e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.69895  normal  0.620733 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  37.07 
 
 		 459 aa  316  6e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000105095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  36.47 
 
 		 461 aa  316  6e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  36.19 
 
 		 494 aa  315  8e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  36.29 
 
 		 485 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15891  cysteinyl-tRNA synthetase  38.7 
 
 		 500 aa  315  9.999999999999999e-85  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.854558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  36.87 
 
 		 459 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  37.47 
 
 		 459 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>