More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_2022 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_2268  cysteinyl-tRNA synthetase  66.32 
 
 
492 aa  682    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.481434  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2022  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 
492 aa  1028    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.837367  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00790  cysteinyl-tRNA synthetase  64.08 
 
 
495 aa  664    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0485  cysteinyl-tRNA synthetase  56.42 
 
 
486 aa  580  1e-164  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1878  cysteinyl-tRNA synthetase  54.25 
 
 
490 aa  567  1e-160  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5552  cysteinyl-tRNA synthetase  53.35 
 
 
499 aa  542  1e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3906  cysteinyl-tRNA synthetase  54.19 
 
 
500 aa  535  1e-151  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0469019  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0857  cysteinyl-tRNA synthetase  53.57 
 
 
499 aa  536  1e-151  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3418  cysteinyl-tRNA synthetase  49.09 
 
 
497 aa  498  1e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0619  hypothetical protein  44.29 
 
 
495 aa  461  1e-129  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1818  cysteinyl-tRNA synthetase  45.73 
 
 
480 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2033  cysteinyl-tRNA synthetase  45.33 
 
 
481 aa  441  9.999999999999999e-123  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.570064  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0211  cysteinyl-tRNA synthetase  46.14 
 
 
483 aa  439  9.999999999999999e-123  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2264  cysteinyl-tRNA synthetase  44.74 
 
 
484 aa  441  9.999999999999999e-123  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0988589 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2198  cysteinyl-tRNA synthetase  44.02 
 
 
484 aa  438  1e-121  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0320  cysteinyl-tRNA synthetase  46.34 
 
 
484 aa  434  1e-120  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2392  cysteinyl-tRNA synthetase  45.86 
 
 
484 aa  427  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1698  cysteinyl-tRNA synthetase  44.22 
 
 
481 aa  392  1e-108  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.261335  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1714  cysteinyl-tRNA synthetase  42.74 
 
 
497 aa  393  1e-108  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.594811  normal  0.364726 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1805  cysteinyl-tRNA synthetase  43.35 
 
 
481 aa  381  1e-104  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000188358  normal  0.435527 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0265  cysteinyl-tRNA synthetase  37.74 
 
 
500 aa  352  5.9999999999999994e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000351954  normal  0.0179812 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0398  cysteinyl-tRNA synthetase  40 
 
 
477 aa  341  1e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000244083  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  37.6 
 
 
481 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0530  cysteinyl-tRNA synthetase  39.67 
 
 
460 aa  336  5e-91  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.474927  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3324  cysteinyl-tRNA synthetase  38.65 
 
 
470 aa  336  5e-91  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0251973  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0313  cysteinyl-tRNA synthetase  39.56 
 
 
476 aa  336  7e-91  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.625731 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1271  cysteinyl-tRNA synthetase  38.89 
 
 
456 aa  335  9e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1270  cysteinyl-tRNA synthetase  38.89 
 
 
456 aa  335  1e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1666  cysteinyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 
458 aa  335  1e-90  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.226197  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  38.1 
 
 
493 aa  335  1e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2484  cysteinyl-tRNA synthetase  37.22 
 
 
476 aa  333  3e-90  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000672423  normal  0.0231509 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  37.45 
 
 
487 aa  333  6e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  39.51 
 
 
459 aa  333  6e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0193  cysteinyl-tRNA synthetase  36.69 
 
 
486 aa  331  2e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  38.74 
 
 
461 aa  330  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000439481  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  38.74 
 
 
461 aa  330  4e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1599  cysteinyl-tRNA synthetase  38.52 
 
 
476 aa  330  4e-89  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00000906806  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  38.74 
 
 
461 aa  330  5.0000000000000004e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00960  cysteinyl-tRNA synthetase  37.9 
 
 
484 aa  330  5.0000000000000004e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000845689  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2110  cysteinyl-tRNA synthetase  36.92 
 
 
460 aa  329  6e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000230638 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3324  cysteinyl-tRNA synthetase  36.44 
 
 
461 aa  328  1.0000000000000001e-88  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000668205  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  39.35 
 
 
461 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0188  cysteinyl-tRNA synthetase  37.33 
 
 
478 aa  327  2.0000000000000001e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.272447  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  38.21 
 
 
459 aa  326  7e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000025745  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1589  cysteinyl-tRNA synthetase  37.48 
 
 
487 aa  326  7e-88  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.354492  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0846  cysteinyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 
466 aa  325  1e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000447814  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2933  cysteinyl-tRNA synthetase  37.35 
 
 
461 aa  324  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1345  cysteinyl-tRNA synthetase  37.02 
 
 
461 aa  325  2e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0534  cysteinyl-tRNA synthetase  37.92 
 
 
476 aa  324  2e-87  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0472255  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1940  cysteinyl-tRNA synthetase  37.4 
 
 
462 aa  324  2e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1109  cysteinyl-tRNA synthetase  37.62 
 
 
488 aa  323  4e-87  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.98105  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  36.71 
 
 
494 aa  323  5e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0923  cysteinyl-tRNA synthetase  39.92 
 
 
456 aa  322  7e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1667  cysteinyl-tRNA synthetase  35.34 
 
 
479 aa  322  7e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.67425  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  40.32 
 
 
465 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  39.84 
 
 
465 aa  321  1.9999999999999998e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  38.41 
 
 
485 aa  321  1.9999999999999998e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  37.35 
 
 
481 aa  320  3e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3742  cysteinyl-tRNA synthetase  37.25 
 
 
460 aa  320  3e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156882  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  37.25 
 
 
459 aa  320  3e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  36.63 
 
 
459 aa  320  3e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3800  cysteinyl-tRNA synthetase  37.23 
 
 
480 aa  320  3e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1735  cysteinyl-tRNA synthetase  37.22 
 
 
460 aa  320  5e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27756  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3883  cysteinyl-tRNA synthetase  36.83 
 
 
480 aa  319  6e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  38.54 
 
 
459 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000569576  decreased coverage  0.000000405781 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  36.64 
 
 
460 aa  319  9e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3638  cysteinyl-tRNA synthetase  37.93 
 
 
460 aa  318  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.1842 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1003  cysteinyl-tRNA synthetase  36.18 
 
 
488 aa  318  1e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00476  cysteinyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 
461 aa  317  3e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0063567  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0566  cysteinyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 
461 aa  317  3e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000638742  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3096  cysteinyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 
461 aa  317  3e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0232678  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  36.42 
 
 
460 aa  317  3e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00481  hypothetical protein  39.02 
 
 
461 aa  317  3e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0114278  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0571  cysteinyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 
461 aa  317  3e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000388833  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0601  cysteinyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 
461 aa  317  3e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000694006  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3087  cysteinyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 
461 aa  317  4e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000869328  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  38.21 
 
 
459 aa  317  4e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2184  cysteinyl-tRNA synthetase  39.1 
 
 
461 aa  317  4e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0627  cysteinyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 
461 aa  316  5e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0130875  normal  0.589324 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1361  cysteinyl-tRNA synthetase  37.02 
 
 
488 aa  316  5e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  36.2 
 
 
485 aa  316  6e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  37.27 
 
 
461 aa  316  7e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41360  cysteinyl-tRNA synthetase  38.09 
 
 
460 aa  316  7e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.490011 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0308  cysteinyl-tRNA synthetase  40.04 
 
 
459 aa  315  9.999999999999999e-85  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3508  cysteinyl-tRNA synthetase  37.88 
 
 
460 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0403  cysteinyl-tRNA synthetase  36.02 
 
 
474 aa  315  9.999999999999999e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00611212  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0448  cysteinyl-tRNA synthetase  38.82 
 
 
461 aa  315  9.999999999999999e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000245002  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  37.35 
 
 
461 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0645  cysteinyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 
461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108038  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  36.23 
 
 
460 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  37.8 
 
 
459 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0590  cysteinyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 
461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00144184  normal  0.0627987 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1263  cysteinyl-tRNA synthetase  37.18 
 
 
505 aa  315  1.9999999999999998e-84  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.227331  normal  0.0688568 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  37.07 
 
 
461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0582  cysteinyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 
461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.193345 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2592  cysteinyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 
785 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0429  cysteinyl-tRNA synthetase  37.17 
 
 
455 aa  314  1.9999999999999998e-84  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0585  cysteinyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 
461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307581  normal  0.380825 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0086  cysteinyl-tRNA synthetase  37.45 
 
 
466 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  36.92 
 
 
459 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>