More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3363 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3363  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 308 aa  642    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202497  normal  0.403341 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1906  putative transcriptional regulator  30.56 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 288 aa  62.8  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  28.87 
 
 		 303 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 254 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  30.93 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 199 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  30.93 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  30.93 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07340  putative transcriptional regulator  30.3 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  30.93 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  30.93 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 335 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  30.85 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  30.43 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1051  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 276 aa  60.5  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3480  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 114 aa  60.5  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.138328  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 312 aa  59.7  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  30.3 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.82 
 
 		 164 aa  59.7  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  29.36 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 310 aa  59.3  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  30.43 
 
 		 289 aa  58.9  0.00000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 325 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 544 aa  58.9  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 150 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 325 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 349 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 150 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 150 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1065  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 306 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261016  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  28.04 
 
 		 144 aa  57.8  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  25.77 
 
 		 356 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 299 aa  57  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 324 aa  57  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 304 aa  57  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 329 aa  57  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6884  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 256 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 		 300 aa  56.6  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4299  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 		 318 aa  56.2  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 311 aa  56.2  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 329 aa  56.2  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  27.08 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0301  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  28.43 
 
 		 331 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 330 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  29.81 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 342 aa  55.8  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 319 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 296 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  26.53 
 
 		 530 aa  55.1  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 329 aa  55.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  24.04 
 
 		 1201 aa  55.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3132  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 281 aa  54.7  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  27.45 
 
 		 334 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 329 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 301 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  26.97 
 
 		 255 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 255 aa  54.7  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 300 aa  54.3  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 334 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  24.04 
 
 		 300 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 297 aa  55.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 255 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>