101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3870 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3870  hypothetical protein  100 
 
 
354 aa  716    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000795104  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2612  hypothetical protein  54.1 
 
 
347 aa  347  1e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0016523  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0951  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  43.83 
 
 
338 aa  289  5.0000000000000004e-77  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00952521  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03210  hypothetical protein  33.04 
 
 
368 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0198758 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1738  hypothetical protein  28.11 
 
 
322 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0611482  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1466  hypothetical protein  27.94 
 
 
322 aa  152  8e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0764811  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0212  hypothetical protein  29.78 
 
 
325 aa  149  9e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000728433  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3902  hypothetical protein  26.72 
 
 
344 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000029197  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0437  hypothetical protein  29.14 
 
 
312 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.760359  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0490  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  27.53 
 
 
299 aa  127  4.0000000000000003e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000043628  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1346  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  25.16 
 
 
327 aa  116  6e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000809029  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0722  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.03 
 
 
300 aa  107  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1931  ABC sulfate transport system, periplasmic binding protein  24.04 
 
 
330 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.10366  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0746  hypothetical protein  27.59 
 
 
300 aa  103  6e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1558  hypothetical protein  23.45 
 
 
322 aa  99.4  8e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000039017  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2281  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  26.17 
 
 
327 aa  99.4  9e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0244  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.95 
 
 
306 aa  95.5  1e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.576373  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1453  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  25.17 
 
 
327 aa  95.5  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.892723  normal  0.0689078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4036  ABC sulfate transport system, periplasmic binding protein  23.16 
 
 
331 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.7213  normal  0.0122121 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1805  putative periplasmic component of ABC-type transport system  21.14 
 
 
334 aa  94.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0502884  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1148  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.91 
 
 
308 aa  91.7  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000156737  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0341  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  28.08 
 
 
323 aa  91.3  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0136  ABC transporter substrate-binding protein  23.25 
 
 
330 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.778502  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0491  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  24.15 
 
 
327 aa  89.7  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00141878  normal  0.493343 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0878  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.13 
 
 
299 aa  84.3  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00683705  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0424  hypothetical protein  21.38 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2687  putative periplasmic component of ABC-type transport system  19.67 
 
 
376 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.130525  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4169  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  24.67 
 
 
331 aa  75.5  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.555902 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0793  hypothetical protein  25.62 
 
 
332 aa  74.3  0.000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1981  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.95 
 
 
335 aa  64.7  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0169392  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6455  ABC transporter substrate-binding protein  31.34 
 
 
314 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.871345  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1411  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  23.98 
 
 
320 aa  58.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.214398 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0213  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  28.67 
 
 
393 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3117  NLPA lipoprotein  27.61 
 
 
385 aa  57.4  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.06 
 
 
333 aa  57.4  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2816  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  26.99 
 
 
385 aa  57.4  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000863815 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0564  hypothetical protein  21.99 
 
 
299 aa  56.6  0.0000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.52849  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3780  NLPA lipoprotein  28.67 
 
 
396 aa  56.2  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1430  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.1 
 
 
314 aa  56.2  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 
341 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 
341 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2859  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.97 
 
 
317 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.23743  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2645  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.95 
 
 
320 aa  55.5  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2720  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 
325 aa  54.3  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  34.41 
 
 
342 aa  54.7  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  32.69 
 
 
340 aa  53.9  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0427  hypothetical protein  23.04 
 
 
337 aa  53.9  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2782  NLPA lipoprotein  27.85 
 
 
319 aa  53.1  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0743027  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5515  extracellular solute-binding protein family 3  25.77 
 
 
333 aa  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1032  putative aliphatic sulfonate binding protein precursor  25.96 
 
 
327 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0085  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  28.24 
 
 
350 aa  51.2  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0825  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  24.49 
 
 
335 aa  50.8  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.262946  normal  0.791109 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1304  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  23.72 
 
 
417 aa  50.1  0.00005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.165264  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2969  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.74 
 
 
321 aa  49.7  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381415  normal  0.757286 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1182  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  26.47 
 
 
342 aa  48.9  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.794723  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  26.57 
 
 
340 aa  48.1  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  33.33 
 
 
337 aa  48.1  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4301  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  26.82 
 
 
365 aa  48.5  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.389589  hitchhiker  0.0000586034 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2277  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.76 
 
 
313 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191617  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0437  extracellular solute-binding protein family 3  25.4 
 
 
319 aa  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0271798  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1172  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.64 
 
 
358 aa  47  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.811616  normal  0.138153 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14770  NLPA lipoprotein  28.77 
 
 
315 aa  47  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7380  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  26.13 
 
 
374 aa  47  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1973  NLPA lipoprotein  22.65 
 
 
335 aa  46.2  0.0008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000524772  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  27.89 
 
 
303 aa  46.2  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3528  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.38 
 
 
328 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32476  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  23.61 
 
 
364 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  23.61 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  23.61 
 
 
337 aa  45.8  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1047  extracellular solute-binding protein  38.16 
 
 
322 aa  45.8  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  23.61 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  23.61 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  23.61 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  23.61 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  23.61 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1901  NMT1/THI5 like domain protein  23.83 
 
 
353 aa  45.8  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
340 aa  44.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0520  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.25 
 
 
323 aa  45.4  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3641  extracellular solute-binding protein  38.96 
 
 
319 aa  45.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0351893  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.57 
 
 
334 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.05 
 
 
316 aa  45.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0325  NMT1/THI5 like domain protein  23.88 
 
 
313 aa  45.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.358073  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9276  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25 
 
 
355 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  26.97 
 
 
346 aa  44.3  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  26.28 
 
 
336 aa  44.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.11 
 
 
316 aa  44.3  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2312  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  30.67 
 
 
328 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.355114  hitchhiker  0.0000000431055 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0154  extracellular solute-binding protein, family 3  35.53 
 
 
323 aa  44.7  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2205  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  28.47 
 
 
332 aa  44.3  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142056  normal  0.465742 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2245  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.75 
 
 
326 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31 
 
 
338 aa  43.9  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2293  membrane lipoprotein lipid attachment site  31.43 
 
 
336 aa  43.9  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1035  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  23.6 
 
 
349 aa  43.5  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1383  putative alkanesulfonates binding protein precursor  28.85 
 
 
334 aa  43.5  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3571  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25 
 
 
357 aa  43.5  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4058  twin-arginine translocation pathway signal  26.92 
 
 
329 aa  43.1  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  34.29 
 
 
336 aa  43.1  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4524  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.57 
 
 
374 aa  43.1  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  24.82 
 
 
336 aa  42.7  0.009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2802  NLPA lipoprotein  28.79 
 
 
327 aa  42.7  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000138117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>