88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1453 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1453  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  100 
 
 		 327 aa  632  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.892723  normal  0.0689078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0491  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  84.1 
 
 		 327 aa  521  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00141878  normal  0.493343 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4169  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  52.63 
 
 		 331 aa  305  7e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.555902 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0136  ABC transporter substrate-binding protein  40.87 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.778502  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1346  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  32.69 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000809029  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0424  hypothetical protein  33.95 
 
 		 320 aa  187  3e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1805  putative periplasmic component of ABC-type transport system  37.42 
 
 		 334 aa  180  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0502884  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4036  ABC sulfate transport system, periplasmic binding protein  34.44 
 
 		 331 aa  176  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.7213  normal  0.0122121 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1558  hypothetical protein  30.59 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000039017  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1931  ABC sulfate transport system, periplasmic binding protein  33.95 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.10366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2687  putative periplasmic component of ABC-type transport system  34.55 
 
 		 376 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.130525  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0437  hypothetical protein  28.47 
 
 		 312 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.760359  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0212  hypothetical protein  32.46 
 
 		 325 aa  129  5.0000000000000004e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000728433  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3902  hypothetical protein  28.72 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000029197  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0722  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.15 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0244  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.27 
 
 		 306 aa  102  1e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.576373  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0746  hypothetical protein  27.3 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3870  hypothetical protein  25.17 
 
 		 354 aa  95.1  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000795104  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0341  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  28.67 
 
 		 323 aa  95.5  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2612  hypothetical protein  27.06 
 
 		 347 aa  92  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0016523  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1738  hypothetical protein  24.16 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0611482  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1466  hypothetical protein  24.16 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0764811  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1148  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.63 
 
 		 308 aa  86.7  5e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000156737  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2281  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  23.6 
 
 		 327 aa  85.5  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0878  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.05 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00683705  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0951  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  23.59 
 
 		 338 aa  82.8  0.000000000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00952521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0564  hypothetical protein  21.8 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.52849  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1488  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  28.12 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4052  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.81 
 
 		 354 aa  63.5  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.577447 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03210  hypothetical protein  22.81 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0198758 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0427  hypothetical protein  30.51 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3501  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.57 
 
 		 347 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00652225  normal  0.464247 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1212  NMT1/THI5 like domain protein  25.96 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0153956  normal  0.631224 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1423  extracellular solute-binding protein family 3  26.44 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.44 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.302787 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1973  NLPA lipoprotein  26.56 
 
 		 335 aa  54.3  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000524772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3007  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  26.15 
 
 		 322 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1182  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  24.76 
 
 		 342 aa  51.6  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.794723  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0857  ABC-type transport system, periplasmic component  22.92 
 
 		 334 aa  51.6  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.416217  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5156  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.98 
 
 		 350 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0490  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  17.37 
 
 		 299 aa  49.7  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000043628  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4895  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  34.23 
 
 		 313 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2932  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  26.77 
 
 		 346 aa  48.9  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1901  twin-arginine translocation pathway signal  24.59 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00273857  hitchhiker  0.00000000000094829 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  37.33 
 
 		 344 aa  47.8  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1735  twin-arginine translocation pathway signal  23.83 
 
 		 319 aa  48.1  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0520  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.4 
 
 		 323 aa  47.4  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9276  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.87 
 
 		 355 aa  47.8  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0929  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.54 
 
 		 322 aa  47.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0520778  normal  0.417573 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1051  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.15 
 
 		 316 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.588314  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30520  putative periplasmic aliphatic sulfonate-binding protein  30.43 
 
 		 328 aa  47  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1045  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  25.15 
 
 		 333 aa  47  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2802  NLPA lipoprotein  23.81 
 
 		 327 aa  47  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000138117  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2382  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  25.15 
 
 		 333 aa  47  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00947  hypothetical protein  25.15 
 
 		 319 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.525571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2707  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  25.15 
 
 		 319 aa  47  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.860316  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00940  alkanesulfonate transporter subunit  25.15 
 
 		 319 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.597544  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1411  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  30.6 
 
 		 320 aa  46.6  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.214398 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2660  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  25.15 
 
 		 319 aa  47  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.536053  normal  0.0112507 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0543  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  34.65 
 
 		 324 aa  46.6  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0308  twin-arginine translocation pathway signal  23.56 
 
 		 414 aa  46.6  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0777  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.86 
 
 		 322 aa  46.2  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.07 
 
 		 348 aa  46.2  0.0007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1644  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  26.7 
 
 		 326 aa  46.2  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.789892  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3487  twin-arginine translocation pathway signal  30.83 
 
 		 408 aa  45.4  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.847198 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3795  twin-arginine translocation pathway signal  30.83 
 
 		 408 aa  45.4  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.296999 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2183  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  24.56 
 
 		 319 aa  45.4  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.680381 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1098  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  25.15 
 
 		 319 aa  44.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0897398  normal  0.248761 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.17 
 
 		 609 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6160  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.47 
 
 		 343 aa  44.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.419436 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0437  extracellular solute-binding protein family 3  21.97 
 
 		 319 aa  44.3  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0271798  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0465  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  32.91 
 
 		 347 aa  43.9  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.176308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3117  NLPA lipoprotein  28.86 
 
 		 385 aa  43.9  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2816  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  28.48 
 
 		 385 aa  44.3  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000863815 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  28.87 
 
 		 342 aa  44.3  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30906  predicted protein  27.01 
 
 		 339 aa  43.9  0.004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.407472  normal  0.0307188 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3780  NLPA lipoprotein  30.15 
 
 		 396 aa  43.9  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3337  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.16 
 
 		 326 aa  43.9  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3869  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 		 408 aa  43.9  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0223785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 		 341 aa  43.5  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0381  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  27.78 
 
 		 324 aa  43.5  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.996496 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14770  NLPA lipoprotein  23.11 
 
 		 315 aa  43.1  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2222  taurine ABC transporter, periplasmic taurine-binding protein  27.94 
 
 		 336 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0334  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.27 
 
 		 324 aa  42.7  0.008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0026  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  25.28 
 
 		 340 aa  42.7  0.009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.778935  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  26.42 
 
 		 457 aa  42.7  0.009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0413  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  26.56 
 
 		 324 aa  42.4  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.523769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1820  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28 
 
 		 327 aa  42.4  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.246405 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>