51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4169 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4169  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  100 
 
 		 331 aa  632  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.555902 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1453  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  52.63 
 
 		 327 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.892723  normal  0.0689078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0491  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  52.63 
 
 		 327 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00141878  normal  0.493343 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0136  ABC transporter substrate-binding protein  38.27 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.778502  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0424  hypothetical protein  33.75 
 
 		 320 aa  179  5.999999999999999e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1805  putative periplasmic component of ABC-type transport system  37.95 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0502884  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1346  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  30.97 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000809029  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2687  putative periplasmic component of ABC-type transport system  37.29 
 
 		 376 aa  162  9e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.130525  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4036  ABC sulfate transport system, periplasmic binding protein  35.08 
 
 		 331 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.7213  normal  0.0122121 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1931  ABC sulfate transport system, periplasmic binding protein  33.95 
 
 		 330 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.10366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1558  hypothetical protein  30.59 
 
 		 322 aa  152  8e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000039017  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0437  hypothetical protein  27.73 
 
 		 312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.760359  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0722  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.96 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0212  hypothetical protein  31.85 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000728433  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0746  hypothetical protein  28.62 
 
 		 300 aa  113  6e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3902  hypothetical protein  24.83 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000029197  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2281  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.4 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0244  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.75 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.576373  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1148  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.61 
 
 		 308 aa  90.9  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000156737  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0564  hypothetical protein  23.71 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.52849  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0341  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  27.33 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0878  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.92 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00683705  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0951  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.08 
 
 		 338 aa  74.3  0.000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00952521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3870  hypothetical protein  23.3 
 
 		 354 aa  70.1  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000795104  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2612  hypothetical protein  26.45 
 
 		 347 aa  69.3  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0016523  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0427  hypothetical protein  29.65 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0490  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  18.55 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000043628  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1488  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  27.67 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1466  hypothetical protein  23.11 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0764811  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1738  hypothetical protein  23.53 
 
 		 322 aa  56.2  0.0000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0611482  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03210  hypothetical protein  21.59 
 
 		 368 aa  52.4  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0198758 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4370  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.52 
 
 		 341 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.460315 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4846  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.52 
 
 		 341 aa  50.4  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4266  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.74 
 
 		 341 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.533819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1981  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  23.56 
 
 		 335 aa  49.3  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0169392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0520  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.87 
 
 		 323 aa  48.9  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1182  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  28.49 
 
 		 342 aa  47.8  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.794723  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1172  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.49 
 
 		 358 aa  47.4  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.811616  normal  0.138153 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1255  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.33 
 
 		 326 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.113577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34300  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  27.74 
 
 		 319 aa  46.6  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7380  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  29.44 
 
 		 374 aa  46.2  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2597  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.33 
 
 		 326 aa  46.2  0.0009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0591189  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1926  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.19 
 
 		 328 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0900124  normal  0.764974 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2659  NMT1/THI5 like domain protein  26.58 
 
 		 324 aa  45.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000535056  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3795  twin-arginine translocation pathway signal  23.05 
 
 		 408 aa  45.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.296999 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3869  twin-arginine translocation pathway signal  23.67 
 
 		 408 aa  45.1  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0223785 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3487  twin-arginine translocation pathway signal  23.05 
 
 		 408 aa  45.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.847198 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2802  NLPA lipoprotein  24.08 
 
 		 327 aa  44.7  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000138117  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30906  predicted protein  23.85 
 
 		 339 aa  43.9  0.004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.407472  normal  0.0307188 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  27.57 
 
 		 457 aa  43.1  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4935  NMT1/THI5 like domain protein  32.18 
 
 		 377 aa  43.1  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0962986  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>