More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3487 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_3869  twin-arginine translocation pathway signal  97.55 
 
 
408 aa  776    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223785 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3487  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
408 aa  828    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.847198 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3795  twin-arginine translocation pathway signal  99.51 
 
 
408 aa  823    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.296999 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0308  twin-arginine translocation pathway signal  62.56 
 
 
414 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2834  twin-arginine translocation pathway signal  60.44 
 
 
411 aa  491  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.960299 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0033  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  58.29 
 
 
417 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0967  twin-arginine translocation pathway signal  53.03 
 
 
427 aa  410  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.107328 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6513  twin-arginine translocation pathway signal  49.35 
 
 
396 aa  358  9e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47119  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6747  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system periplasmic component  49.35 
 
 
396 aa  358  9e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.248513 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6336  nitrate/nitrite/cyanate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.09 
 
 
396 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0144  twin-arginine translocation pathway signal  46.24 
 
 
413 aa  348  9e-95  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2276  ABC transporter, periplasmic binding protein  50 
 
 
401 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278656  normal  0.376143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2097  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  48.43 
 
 
401 aa  345  8e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.531754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3636  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  48.69 
 
 
401 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.429182  normal  0.917862 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5823  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  49.1 
 
 
387 aa  343  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.437918  normal  0.494999 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34510  hypothetical protein  50.57 
 
 
399 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531773  normal  0.0856491 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0457  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  47.92 
 
 
400 aa  339  5e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1540  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.68 
 
 
396 aa  338  9e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0100  nitrate/nitrite/cyanate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.47 
 
 
396 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227114  normal  0.537489 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2931  hypothetical protein  49.43 
 
 
399 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0955897  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2629  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  46.75 
 
 
407 aa  320  1.9999999999999998e-86  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.272886  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1454  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  45.79 
 
 
403 aa  318  7.999999999999999e-86  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0140123  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  31.59 
 
 
486 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1735  twin-arginine translocation pathway signal  36.61 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3487  putative nitrate transporter component, nrtA  29.7 
 
 
464 aa  147  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1901  twin-arginine translocation pathway signal  34.33 
 
 
321 aa  144  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00273857  hitchhiker  0.00000000000094829 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2403  ABC transporter nitrate-binding protein  30.21 
 
 
462 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0310148  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  31.77 
 
 
529 aa  141  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3742  twin-arginine translocation pathway signal  28.07 
 
 
467 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2589  putative nitrate transporter component  29.6 
 
 
475 aa  139  7.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200575 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  30.36 
 
 
457 aa  139  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  27.14 
 
 
457 aa  135  9e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  29.46 
 
 
462 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2172  putative nitrate transporter component, nrtA  30.23 
 
 
460 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.210639  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  29.56 
 
 
456 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1307  ABC transporter nitrate-binding protein  28.07 
 
 
453 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.870256  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1148  ABC transporter nitrate-binding protein  28.07 
 
 
453 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294193  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0292  ABC transporter nitrate-binding protein  27.61 
 
 
451 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5415  putative nitrate ABC transporter (substrate-binding protein) (ntrA-like protein)  29.22 
 
 
461 aa  126  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411292  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2617  ABC transporter nitrate-binding protein  27.41 
 
 
454 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0708468 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4663  ABC transporter nitrate-binding protein  28.81 
 
 
453 aa  124  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1130  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
305 aa  124  4e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.471389  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3774  putative nitrate transporter component, NrtA  28.81 
 
 
454 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.944319  normal  0.102556 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3972  ABC transporter nitrate-binding protein  27.86 
 
 
471 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.174767 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0621  twin-arginine translocation pathway signal  30.9 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000550698  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1973  NLPA lipoprotein  27.58 
 
 
335 aa  114  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000524772  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  28.78 
 
 
669 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4540  twin-arginine translocation pathway signal  29.65 
 
 
440 aa  112  8.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  28.14 
 
 
668 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4923  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  28.79 
 
 
668 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.502071 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2932  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  33.54 
 
 
346 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1025  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  27.54 
 
 
667 aa  100  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.129474 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  26.35 
 
 
669 aa  99.8  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  26.35 
 
 
669 aa  99.4  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0437  extracellular solute-binding protein family 3  30.74 
 
 
319 aa  98.2  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0271798  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  28.1 
 
 
437 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  27.79 
 
 
437 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2802  NLPA lipoprotein  31.7 
 
 
327 aa  97.4  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000138117  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1490  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  27.9 
 
 
663 aa  98.2  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.810592  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  27.41 
 
 
668 aa  96.7  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  27.41 
 
 
668 aa  96.7  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1968  nitrate transport protein, NrtC like protein  29.43 
 
 
444 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1449  nitrate transporter component, nrtA  27.05 
 
 
403 aa  95.5  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  28.48 
 
 
475 aa  95.1  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1662  periplasmic binding protein-like II  26.6 
 
 
392 aa  95.1  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.429682  hitchhiker  0.00361023 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  27.13 
 
 
442 aa  94.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  25.67 
 
 
491 aa  94.4  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  26.07 
 
 
450 aa  94  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  27.62 
 
 
444 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  27.62 
 
 
444 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  27.62 
 
 
431 aa  94  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1644  twin-arginine translocation pathway signal  29.39 
 
 
343 aa  94  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.76466  decreased coverage  0.00621187 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  27.27 
 
 
407 aa  92.4  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  26.62 
 
 
673 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3656  twin-arginine translocation pathway signal  25.77 
 
 
427 aa  91.3  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  26.81 
 
 
469 aa  90.9  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0520  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.61 
 
 
323 aa  90.9  4e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  26.82 
 
 
657 aa  90.1  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4527  putative nitrate transport protein  25.65 
 
 
435 aa  90.1  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  27.53 
 
 
430 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  26.3 
 
 
432 aa  90.1  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  29.01 
 
 
442 aa  89.7  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  27.53 
 
 
430 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  27.53 
 
 
430 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  25.23 
 
 
443 aa  89.7  8e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5899  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (nitrate)  24.92 
 
 
423 aa  88.6  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  27.21 
 
 
467 aa  87.8  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  25.6 
 
 
418 aa  87.4  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  26.41 
 
 
434 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  28.68 
 
 
423 aa  87  6e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1133  nitrate transporter, putative  26.27 
 
 
406 aa  87  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0226657  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  25.78 
 
 
417 aa  85.5  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  26.37 
 
 
432 aa  85.1  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  28.04 
 
 
433 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  28 
 
 
405 aa  85.5  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  25.47 
 
 
466 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1237  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  26.47 
 
 
659 aa  84.7  0.000000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4228  putative nitrate transport protein  27.72 
 
 
386 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0904389  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0158  NLPA lipoprotein  28.16 
 
 
323 aa  84  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0163  NLPA lipoprotein  28.16 
 
 
323 aa  84  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>