More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1735 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1735  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
319 aa  652    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1901  twin-arginine translocation pathway signal  72.1 
 
 
321 aa  498  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00273857  hitchhiker  0.00000000000094829 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0621  twin-arginine translocation pathway signal  45.16 
 
 
305 aa  227  3e-58  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000550698  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1130  twin-arginine translocation pathway signal  36.59 
 
 
305 aa  202  8e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.471389  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2802  NLPA lipoprotein  36.33 
 
 
327 aa  196  6e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000138117  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2932  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  35.57 
 
 
346 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2629  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  34.22 
 
 
407 aa  186  6e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.272886  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1973  NLPA lipoprotein  35.2 
 
 
335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000524772  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1644  twin-arginine translocation pathway signal  31.4 
 
 
343 aa  167  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.76466  decreased coverage  0.00621187 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0457  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  34.35 
 
 
400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0437  extracellular solute-binding protein family 3  34.26 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0271798  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6747  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system periplasmic component  34.25 
 
 
396 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.248513 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6513  twin-arginine translocation pathway signal  34.25 
 
 
396 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47119  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6336  nitrate/nitrite/cyanate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.17 
 
 
396 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2097  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  32.78 
 
 
401 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.531754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3636  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  32.45 
 
 
401 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.429182  normal  0.917862 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2276  ABC transporter, periplasmic binding protein  32.45 
 
 
401 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278656  normal  0.376143 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5823  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  37.17 
 
 
387 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.437918  normal  0.494999 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1540  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.19 
 
 
396 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0144  twin-arginine translocation pathway signal  33 
 
 
413 aa  150  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2834  twin-arginine translocation pathway signal  34.05 
 
 
411 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.960299 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3487  twin-arginine translocation pathway signal  36.61 
 
 
408 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.847198 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3795  twin-arginine translocation pathway signal  36.61 
 
 
408 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.296999 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3869  twin-arginine translocation pathway signal  36.16 
 
 
408 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34510  hypothetical protein  33.72 
 
 
399 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531773  normal  0.0856491 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1454  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  30.24 
 
 
403 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0140123  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2931  hypothetical protein  32.95 
 
 
399 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0955897  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0308  twin-arginine translocation pathway signal  33.08 
 
 
414 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0100  nitrate/nitrite/cyanate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.82 
 
 
396 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227114  normal  0.537489 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  32.23 
 
 
529 aa  136  4e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1307  ABC transporter nitrate-binding protein  31.72 
 
 
453 aa  135  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.870256  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1148  ABC transporter nitrate-binding protein  31.72 
 
 
453 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294193  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.57 
 
 
669 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3487  putative nitrate transporter component, nrtA  30.74 
 
 
464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0033  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  30.3 
 
 
417 aa  130  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  30 
 
 
462 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0163  NLPA lipoprotein  33.96 
 
 
323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0158  NLPA lipoprotein  33.96 
 
 
323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  29.45 
 
 
457 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  30.74 
 
 
457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0167  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.24 
 
 
466 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000521336 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0292  ABC transporter nitrate-binding protein  31.19 
 
 
451 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2403  ABC transporter nitrate-binding protein  29.35 
 
 
462 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0310148  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4663  ABC transporter nitrate-binding protein  31.72 
 
 
453 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0967  twin-arginine translocation pathway signal  29.11 
 
 
427 aa  122  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.107328 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2172  putative nitrate transporter component, nrtA  29.31 
 
 
460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.210639  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.22 
 
 
668 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.22 
 
 
668 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3972  ABC transporter nitrate-binding protein  30.89 
 
 
471 aa  116  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.174767 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  27.7 
 
 
486 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2589  putative nitrate transporter component  28.03 
 
 
475 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200575 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  30.08 
 
 
668 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3742  twin-arginine translocation pathway signal  29.03 
 
 
467 aa  113  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3774  putative nitrate transporter component, NrtA  29.45 
 
 
454 aa  113  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.944319  normal  0.102556 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  29.68 
 
 
456 aa  112  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  29.27 
 
 
467 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  29.1 
 
 
405 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5415  putative nitrate ABC transporter (substrate-binding protein) (ntrA-like protein)  30.5 
 
 
461 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411292  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0520  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.44 
 
 
323 aa  110  3e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9276  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  30.07 
 
 
355 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.89 
 
 
427 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1490  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  30.43 
 
 
663 aa  108  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.810592  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  29.3 
 
 
425 aa  106  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  27.8 
 
 
419 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  31.3 
 
 
437 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  27.84 
 
 
419 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  29.22 
 
 
423 aa  104  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  29.93 
 
 
657 aa  104  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  27.72 
 
 
417 aa  104  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  30.77 
 
 
426 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  30.77 
 
 
426 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  31.3 
 
 
434 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1025  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  30.32 
 
 
667 aa  103  5e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.129474 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  27.21 
 
 
415 aa  103  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  28.96 
 
 
433 aa  102  6e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  27.84 
 
 
419 aa  102  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2617  ABC transporter nitrate-binding protein  28.97 
 
 
454 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0708468 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  27.78 
 
 
353 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  27.78 
 
 
353 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  27.78 
 
 
353 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  27.78 
 
 
353 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  29.52 
 
 
420 aa  101  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0999  ABC transporter periplasmic protein  27.24 
 
 
431 aa  101  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  30.92 
 
 
669 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  27.78 
 
 
353 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  30.92 
 
 
669 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4923  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  29.01 
 
 
668 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.502071 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  27.16 
 
 
380 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  27 
 
 
383 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  28.81 
 
 
414 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4138  putative nitrate transporter component, nrtA  26.48 
 
 
384 aa  99.8  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.349195 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  28.03 
 
 
385 aa  99.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  28.14 
 
 
353 aa  99.8  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  31.47 
 
 
432 aa  99.4  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1672  putative regulatory protein  27.12 
 
 
353 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0247  nitrate transport ATP-binding protein  27.12 
 
 
353 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4228  putative nitrate transport protein  24.85 
 
 
386 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0904389  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0085  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  29.17 
 
 
350 aa  97.8  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2205  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.32 
 
 
332 aa  97.8  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142056  normal  0.465742 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  28.03 
 
 
444 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>