208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0999 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  73.11 
 
 
420 aa  662    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  69.11 
 
 
437 aa  649    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  70.69 
 
 
426 aa  652    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  70.92 
 
 
426 aa  652    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  71.5 
 
 
434 aa  645    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0999  ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 
431 aa  891    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  71.18 
 
 
414 aa  621  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  67.06 
 
 
425 aa  612  9.999999999999999e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3267  twin-arginine translocation pathway signal  68.3 
 
 
414 aa  605  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159892  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1414  twin-arginine translocation pathway signal  67.57 
 
 
414 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.922981 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  67.32 
 
 
414 aa  597  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  69.46 
 
 
414 aa  598  1e-170  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  65.88 
 
 
426 aa  597  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  67.24 
 
 
414 aa  597  1e-169  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  67.24 
 
 
414 aa  597  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1392  NO3-/NO2- ABC transporter  70.36 
 
 
417 aa  590  1e-167  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  65.86 
 
 
423 aa  578  1e-164  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  65.13 
 
 
417 aa  565  1e-160  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  62.68 
 
 
433 aa  565  1e-160  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2590  twin-arginine translocation pathway signal  64.11 
 
 
414 aa  566  1e-160  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0514763 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  61.37 
 
 
419 aa  539  9.999999999999999e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  60.88 
 
 
418 aa  525  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  60.88 
 
 
419 aa  520  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  59.56 
 
 
427 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  60.15 
 
 
419 aa  513  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1438  nitrate-binding proteint  59.76 
 
 
432 aa  502  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.28551  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  56.48 
 
 
415 aa  462  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  51.96 
 
 
403 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  50.9 
 
 
404 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  50.9 
 
 
404 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  51.69 
 
 
440 aa  437  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2580  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  50.39 
 
 
403 aa  437  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.457398  hitchhiker  0.00316434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1612  nitrate-binding protein NasS  50.13 
 
 
400 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.837424  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1605  nitrate-binding protein NasS  49.61 
 
 
421 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41480  hypothetical protein  49.23 
 
 
402 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2307  hypothetical protein  48.69 
 
 
403 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2105  hypothetical protein  48.95 
 
 
403 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.498438  hitchhiker  0.00655849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3518  hypothetical protein  48.35 
 
 
402 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  42.63 
 
 
385 aa  326  5e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  42.63 
 
 
383 aa  322  7e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  42.15 
 
 
380 aa  317  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0247  nitrate transport ATP-binding protein  44.71 
 
 
353 aa  316  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  41.4 
 
 
405 aa  316  7e-85  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  44.05 
 
 
353 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1672  putative regulatory protein  44.71 
 
 
353 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  43.19 
 
 
407 aa  314  1.9999999999999998e-84  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  44.12 
 
 
353 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  44.12 
 
 
353 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  44.12 
 
 
353 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  44.12 
 
 
353 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  44.12 
 
 
353 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  41.3 
 
 
353 aa  296  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3857  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  42.17 
 
 
350 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4511  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  42.17 
 
 
353 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000302779  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5793  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  42.17 
 
 
350 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  38.12 
 
 
467 aa  285  9e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  41.38 
 
 
347 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  40.3 
 
 
347 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  39.62 
 
 
437 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4143  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  41.47 
 
 
347 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0553251 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  39.48 
 
 
437 aa  280  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  40.7 
 
 
430 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  40.2 
 
 
431 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  38.79 
 
 
430 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  38.79 
 
 
430 aa  274  3e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  41.18 
 
 
444 aa  272  7e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  41.18 
 
 
444 aa  272  7e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  40.14 
 
 
434 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2817  ABC transporter nitrate-binding protein (nrtA)  38.59 
 
 
438 aa  270  4e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  38.77 
 
 
432 aa  268  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  38.27 
 
 
450 aa  265  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  39.75 
 
 
442 aa  263  6e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  37.03 
 
 
475 aa  259  6e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  39.8 
 
 
443 aa  258  1e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.22 
 
 
669 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  38.79 
 
 
442 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.57 
 
 
673 aa  242  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  34.49 
 
 
432 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.78 
 
 
669 aa  239  6.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.78 
 
 
669 aa  239  9e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2403  ABC transporter nitrate-binding protein  33.41 
 
 
462 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0310148  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3656  twin-arginine translocation pathway signal  33.18 
 
 
427 aa  236  4e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.16 
 
 
668 aa  236  6e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  33.87 
 
 
462 aa  236  8e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.13 
 
 
668 aa  235  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.13 
 
 
668 aa  235  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5415  putative nitrate ABC transporter (substrate-binding protein) (ntrA-like protein)  34.47 
 
 
461 aa  233  7.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411292  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  33.89 
 
 
457 aa  232  8.000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  33.99 
 
 
457 aa  232  9e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0292  ABC transporter nitrate-binding protein  33.99 
 
 
451 aa  230  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2589  putative nitrate transporter component  33.1 
 
 
475 aa  225  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200575 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4540  twin-arginine translocation pathway signal  36.27 
 
 
440 aa  223  4.9999999999999996e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  30.36 
 
 
486 aa  223  7e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3972  ABC transporter nitrate-binding protein  32.3 
 
 
471 aa  221  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.174767 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3742  twin-arginine translocation pathway signal  34.33 
 
 
467 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4663  ABC transporter nitrate-binding protein  33.09 
 
 
453 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3487  putative nitrate transporter component, nrtA  31.81 
 
 
464 aa  219  6e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  31.13 
 
 
491 aa  218  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1148  ABC transporter nitrate-binding protein  31.64 
 
 
453 aa  216  7e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294193  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  32.1 
 
 
657 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>