More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2238 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2238  DNA topoisomerase  100 
 
 		 720 aa  1459    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.735062  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1950  DNA topoisomerase  99.72 
 
 		 720 aa  1456    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.419457  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1853  DNA topoisomerase III  35.75 
 
 		 695 aa  405  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.989434  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  32.33 
 
 		 701 aa  402  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0974  DNA topoisomerase III  34.29 
 
 		 799 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1814  DNA topoisomerase III  31.87 
 
 		 746 aa  388  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000049095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3236  DNA topoisomerase  32.53 
 
 		 777 aa  362  2e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1803  DNA topoisomerase III  30.74 
 
 		 754 aa  353  5e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0497  DNA topoisomerase  33.53 
 
 		 686 aa  343  8e-93  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.167665  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3683  DNA topoisomerase III  33.64 
 
 		 876 aa  340  5e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3569  DNA topoisomerase III  32.98 
 
 		 891 aa  339  9.999999999999999e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6109  DNA topoisomerase III  28.55 
 
 		 867 aa  338  2.9999999999999997e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3360  DNA topoisomerase III  33.24 
 
 		 876 aa  335  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.96718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0358  DNA topoisomerase III  33.1 
 
 		 729 aa  335  2e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.89538  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3412  DNA topoisomerase III  33.07 
 
 		 896 aa  332  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210579  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3068  DNA topoisomerase III  32.75 
 
 		 865 aa  331  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3185  DNA topoisomerase III  32.75 
 
 		 865 aa  331  3e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0306  DNA topoisomerase III  34.1 
 
 		 889 aa  330  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4419  DNA topoisomerase III  34.24 
 
 		 888 aa  330  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0873603 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0018  DNA topoisomerase III  32.21 
 
 		 839 aa  330  7e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.143927 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4786  DNA topoisomerase III  32.01 
 
 		 729 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000176541  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2810  DNA topoisomerase III  33.29 
 
 		 869 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0139  DNA topoisomerase III  33.29 
 
 		 869 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.968276  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0146  DNA topoisomerase III  33.29 
 
 		 869 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2271  DNA topoisomerase III  33.29 
 
 		 869 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0343  DNA topoisomerase III  33.29 
 
 		 869 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2348  DNA topoisomerase III  33.29 
 
 		 869 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3127  DNA topoisomerase III  33.33 
 
 		 865 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.588519  normal  0.127052 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2624  DNA topoisomerase III  31.67 
 
 		 718 aa  329  1.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0155  DNA topoisomerase III  33.64 
 
 		 906 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0125  DNA topoisomerase III  33.29 
 
 		 891 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0474  DNA topoisomerase III  33.19 
 
 		 729 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0032  DNA topoisomerase III  32.53 
 
 		 908 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2001  DNA topoisomerase III  33.28 
 
 		 721 aa  327  5e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0468853  normal  0.227685 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0431  DNA topoisomerase III  32.69 
 
 		 729 aa  326  8.000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128239  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0066  DNA topoisomerase III  32.8 
 
 		 877 aa  326  9e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6481  DNA topoisomerase III  33.02 
 
 		 865 aa  326  9e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.987815 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0349  DNA topoisomerase  35.24 
 
 		 689 aa  325  2e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.26912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0356  DNA topoisomerase III  32.99 
 
 		 729 aa  325  2e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0485  DNA topoisomerase III  33.14 
 
 		 729 aa  323  5e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0361  DNA topoisomerase III  33.14 
 
 		 729 aa  323  5e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0351  DNA topoisomerase III  33.14 
 
 		 729 aa  323  5e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0418  DNA topoisomerase III  33.14 
 
 		 729 aa  323  5e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0375  DNA topoisomerase III  33.14 
 
 		 729 aa  323  5e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0099  DNA topoisomerase III  31.41 
 
 		 854 aa  323  5e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2517  DNA topoisomerase III  32.75 
 
 		 865 aa  323  6e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3130  DNA topoisomerase III  32.75 
 
 		 865 aa  323  6e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.81773  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3146  DNA topoisomerase III  32.62 
 
 		 865 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186369  normal  0.583492 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0164  DNA topoisomerase 3 (DNA topoisomerase III)  34.56 
 
 		 716 aa  322  1.9999999999999998e-86  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000863773  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0347  DNA topoisomerase III  33.14 
 
 		 729 aa  322  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2322  DNA topoisomerase III  33.13 
 
 		 711 aa  318  2e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0191867  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2281  DNA topoisomerase III  33.13 
 
 		 711 aa  318  2e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00290966  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4887  DNA topoisomerase III  32.84 
 
 		 729 aa  318  3e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0911  DNA topoisomerase  30.74 
 
 		 741 aa  318  3e-85  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0922  DNA topoisomerase III  31.99 
 
 		 722 aa  317  4e-85  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2289  DNA topoisomerase III  32.82 
 
 		 768 aa  315  1.9999999999999998e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3223  DNA topoisomerase III  32.6 
 
 		 730 aa  315  2.9999999999999996e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0265  DNA topoisomerase III  31.76 
 
 		 879 aa  315  2.9999999999999996e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.948213  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1341  DNA topoisomerase III  33.01 
 
 		 712 aa  313  6.999999999999999e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0045  DNA topoisomerase III  31.97 
 
 		 730 aa  311  4e-83  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0221365  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0104  DNA topoisomerase III  31.21 
 
 		 675 aa  305  2.0000000000000002e-81  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000375285 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2998  DNA topoisomerase III  29.06 
 
 		 939 aa  305  2.0000000000000002e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.535221  normal  0.170765 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1767  DNA topoisomerase III  31.78 
 
 		 714 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.181202  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5202  DNA topoisomerase III  30.95 
 
 		 980 aa  304  4.0000000000000003e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221506  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1612  DNA topoisomerase III  30 
 
 		 680 aa  303  7.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0272  DNA topoisomerase III  30.49 
 
 		 707 aa  303  9e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.369574 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2081  DNA topoisomerase III  30.93 
 
 		 876 aa  302  2e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.795726  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4713  DNA topoisomerase III  30.88 
 
 		 992 aa  301  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000244341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1489  DNA topoisomerase III  33.14 
 
 		 731 aa  301  4e-80  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4627  DNA topoisomerase III  30.39 
 
 		 982 aa  301  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.957836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2044  DNA topoisomerase type IA central domain protein  33.39 
 
 		 608 aa  300  6e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0995937  hitchhiker  0.00726991 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4425  DNA topoisomerase III  31.38 
 
 		 707 aa  300  8e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.669794  normal  0.110888 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1836  DNA topoisomerase III  31.85 
 
 		 711 aa  299  1e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000000886336  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3339  DNA topoisomerase III  30.56 
 
 		 981 aa  299  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0072  DNA topoisomerase  31.52 
 
 		 720 aa  299  1e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0396  DNA topoisomerase III  30.96 
 
 		 846 aa  299  1e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0839  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  31.41 
 
 		 681 aa  298  2e-79  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0618738  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1767  DNA topoisomerase III  31.63 
 
 		 714 aa  297  4e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.258845  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1725  DNA topoisomerase III  31.63 
 
 		 714 aa  297  4e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0147593  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1905  DNA topoisomerase III  31.63 
 
 		 714 aa  297  4e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000492134  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1780  DNA topoisomerase III  30.85 
 
 		 920 aa  297  5e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.778999 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3602  DNA topoisomerase III  31.42 
 
 		 719 aa  297  5e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3990  DNA topoisomerase III  30.56 
 
 		 981 aa  296  6e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.250381  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1911  DNA topoisomerase III  31.63 
 
 		 714 aa  296  7e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.129988  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0884  DNA topoisomerase III  30.83 
 
 		 975 aa  296  8e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979089 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1940  DNA topoisomerase III  31.63 
 
 		 714 aa  296  9e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08242e-41 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2011  DNA topoisomerase III  31.63 
 
 		 714 aa  296  9e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00587828  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1984  DNA topoisomerase III  31.63 
 
 		 714 aa  296  1e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1744  DNA topoisomerase III  31.63 
 
 		 714 aa  296  1e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.129964  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3955  DNA topoisomerase III  30.1 
 
 		 1002 aa  296  1e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236337  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3433  DNA topoisomerase III  31.63 
 
 		 714 aa  296  1e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000032124  hitchhiker  0.00000000499159 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1760  DNA topoisomerase III  32.99 
 
 		 731 aa  295  2e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a026  DNA topoisomerase III TraE  32.67 
 
 		 676 aa  295  2e-78  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3021  DNA topoisomerase  30.58 
 
 		 689 aa  293  5e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1737  DNA topoisomerase III  29.31 
 
 		 676 aa  294  5e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3963  DNA topoisomerase III  29.72 
 
 		 990 aa  294  5e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.107223  normal  0.0620528 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5409  DNA topoisomerase III  31.39 
 
 		 714 aa  293  8e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  29.63 
 
 		 730 aa  293  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1451  DNA topoisomerase III  30.16 
 
 		 620 aa  292  1e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000215899  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1495  DNA topoisomerase III  30.86 
 
 		 697 aa  291  2e-77  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0210844 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>