More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_7257 on replicon NC_010679
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010679  Bphyt_7257  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 175 aa  355  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.99 
 
 		 300 aa  114  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 300 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 302 aa  104  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 295 aa  100  8e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 297 aa  99.4  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  35.85 
 
 		 307 aa  98.6  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 292 aa  98.6  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 310 aa  96.7  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 302 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 302 aa  96.3  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1131  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 294 aa  95.5  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 297 aa  95.1  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 296 aa  94.7  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 296 aa  94.7  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 296 aa  94.7  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 303 aa  94.4  7e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 296 aa  92.8  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 296 aa  92  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 306 aa  92.4  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 		 296 aa  92  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  91.3  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 		 296 aa  91.3  7e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 299 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 299 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  31.01 
 
 		 301 aa  89  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 301 aa  89  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 301 aa  89  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  31.01 
 
 		 301 aa  89  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  31.01 
 
 		 301 aa  89  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  36.02 
 
 		 292 aa  88.6  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 313 aa  88.6  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 302 aa  88.2  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 296 aa  88.2  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  30.38 
 
 		 301 aa  87.8  7e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  35.26 
 
 		 295 aa  87.8  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  30.38 
 
 		 301 aa  87.8  8e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  32.28 
 
 		 295 aa  87.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  32.28 
 
 		 295 aa  87.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  32.28 
 
 		 295 aa  87.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 297 aa  87  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 299 aa  86.3  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 297 aa  85.5  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  32.48 
 
 		 295 aa  85.9  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  35.04 
 
 		 295 aa  85.5  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  31.65 
 
 		 295 aa  85.5  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  31.65 
 
 		 295 aa  85.5  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  31.65 
 
 		 295 aa  85.1  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  31.65 
 
 		 295 aa  85.1  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 293 aa  85.5  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.56 
 
 		 293 aa  85.1  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 302 aa  84.7  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 298 aa  84.3  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 298 aa  84  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 297 aa  84.3  9e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  29.94 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.26 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  35.43 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  23.87 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 291 aa  82  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 290 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  28.49 
 
 		 294 aa  82  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 310 aa  82  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 296 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 296 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3345  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 286 aa  81.3  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2728  transcriptional regulator CatR  33.33 
 
 		 290 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  34.03 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32200  transcriptional regulator CatR  33.33 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 300 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  29.3 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 300 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1939  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 312 aa  79  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000010986  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 300 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 295 aa  78.2  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>