108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene B21_01948 on replicon NC_012892
Organism: Escherichia coli BL21



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01959  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  99.91 
 
 
1122 bp  2208    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  97.42 
 
 
1122 bp  1986    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.878549  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2667  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.43 
 
 
1122 bp  902    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2346  GDP-mannose 4,6-dehydratase  97.68 
 
 
1122 bp  2010    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1588  GDP-mannose 4,6-dehydratase  97.5 
 
 
1122 bp  1994    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1009  GDP-mannose 4,6-dehydratase  97.95 
 
 
1122 bp  2034    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1179  GDP-mannose 4,6-dehydratase  97.68 
 
 
1122 bp  2010    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2291  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.49 
 
 
1122 bp  1011    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.76213  normal  0.0141464 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2335  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.49 
 
 
1122 bp  1011    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.575039 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.58 
 
 
1122 bp  1019    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  87.12 
 
 
1122 bp  1066    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.712092  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.4 
 
 
1122 bp  1003    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0119174 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2988  GDP-mannose 4,6-dehydratase  97.24 
 
 
1122 bp  1970    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343163 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01948    100 
 
 
1121 bp  2222    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1482  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.79 
 
 
1122 bp  202  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246967  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  80.51 
 
 
1122 bp  188  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3190  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.28 
 
 
1104 bp  188  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41976  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.14 
 
 
1119 bp  176  9e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.4 
 
 
1083 bp  174  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80 
 
 
1119 bp  168  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.1 
 
 
1083 bp  167  9e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0432  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.27 
 
 
1149 bp  165  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.95 
 
 
1119 bp  161  5.0000000000000005e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.64 
 
 
1083 bp  159  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3269  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.64 
 
 
1152 bp  147  8e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0627  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.59 
 
 
1125 bp  145  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2349  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.41 
 
 
1125 bp  145  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.76 
 
 
1083 bp  143  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  81.79 
 
 
1206 bp  141  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.97 
 
 
1089 bp  137  7.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1312  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.19 
 
 
1110 bp  133  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.74 
 
 
1104 bp  127  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2694  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.56 
 
 
1206 bp  127  7e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.093727 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.33 
 
 
1065 bp  125  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0589  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.52 
 
 
1143 bp  125  3e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155049  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.38 
 
 
1119 bp  123  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0412  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.74 
 
 
1149 bp  123  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0571  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.77 
 
 
1143 bp  117  7.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00197933  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2608  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.67 
 
 
1194 bp  115  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000935009  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.82 
 
 
1086 bp  113  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.54 
 
 
1116 bp  107  7e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.3 
 
 
1092 bp  107  7e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0302  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.52 
 
 
1131 bp  101  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2093  hypothetical protein  79.44 
 
 
1119 bp  101  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.87 
 
 
1116 bp  99.6  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1136  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.8 
 
 
1140 bp  97.6  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0059  GDP-D-mannose dehydratase  84.38 
 
 
1113 bp  95.6  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1298  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.28 
 
 
1125 bp  89.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.388412  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3149  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84 
 
 
1140 bp  89.7  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.86 
 
 
1071 bp  87.7  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.19 
 
 
1056 bp  87.7  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2471  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.51 
 
 
1128 bp  87.7  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236107  normal  0.502765 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.68 
 
 
1086 bp  79.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0626  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.79 
 
 
1050 bp  75.8  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6308    82.09 
 
 
781 bp  75.8  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.04 
 
 
1146 bp  73.8  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.619442  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  81.95 
 
 
1086 bp  73.8  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2364  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.39 
 
 
1098 bp  73.8  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000029315  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.92 
 
 
1122 bp  71.9  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.92 
 
 
1122 bp  71.9  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.21 
 
 
1086 bp  69.9  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0082  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.24 
 
 
1059 bp  69.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4754  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80 
 
 
1053 bp  67.9  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.17 
 
 
1050 bp  65.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1827  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.3 
 
 
993 bp  65.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.691167  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1281  GDP-mannose 4,6-dehydratase  90.57 
 
 
1164 bp  65.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4424  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.6 
 
 
1023 bp  65.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.85 
 
 
1083 bp  63.9  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2117  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  82.69 
 
 
1125 bp  63.9  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.579852  normal  0.77541 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1090  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.55 
 
 
1113 bp  63.9  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4199  GDP-mannose 4,6-dehydratase  88.14 
 
 
1125 bp  61.9  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.400679  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.74 
 
 
975 bp  61.9  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5153  GDP-mannose 4,6-dehydratase  97.06 
 
 
1113 bp  60  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000400711  normal  0.218522 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.5 
 
 
1167 bp  58  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.92 
 
 
1128 bp  58  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.179756 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0821  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.87 
 
 
1119 bp  58  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.15 
 
 
1080 bp  58  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2968  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.87 
 
 
1119 bp  58  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000191448 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43847  predicted protein  82 
 
 
1363 bp  56  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.379971  normal  0.189398 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.72 
 
 
1077 bp  56  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2097  GDP-mannose 4,6-dehydratase  89.36 
 
 
1035 bp  54  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.822363  hitchhiker  0.0000115306 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.67 
 
 
1110 bp  54  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3372  GDP-mannose 4,6-dehydratase  94.29 
 
 
1116 bp  54  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1249  GDP-mannose 4,6-dehydratase  94.29 
 
 
1068 bp  54  0.00009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.33 
 
 
1062 bp  54  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  94.29 
 
 
1065 bp  54  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  81.37 
 
 
1068 bp  52  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  79.85 
 
 
1122 bp  52  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.78 
 
 
1083 bp  52  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20961  GDP-D-mannose dehydratase  84.29 
 
 
1053 bp  52  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456617 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3210  GDP-mannose 4,6-dehydratase  87.04 
 
 
1050 bp  52  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.293077  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.29 
 
 
972 bp  52  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.93 
 
 
966 bp  52  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1252    88 
 
 
417 bp  52  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222076  hitchhiker  0.000000000000073078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.78 
 
 
1032 bp  52  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.62 
 
 
1089 bp  50.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.79 
 
 
1089 bp  50.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.79 
 
 
1089 bp  50.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4448  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80 
 
 
1023 bp  50.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13681  gdpmannose 4,6-dehydratase  91.67 
 
 
1107 bp  48.1  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>