94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6308 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_6308    100 
 
 		 781 bp  1548    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  85.29 
 
 		 1086 bp  186  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  89.29 
 
 		 1065 bp  159  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  88.57 
 
 		 1071 bp  151  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.19 
 
 		 1122 bp  149  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.12 
 
 		 1119 bp  145  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.26 
 
 		 1083 bp  141  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2349  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.34 
 
 		 1125 bp  137  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4424  GDP-mannose 4,6-dehydratase  87.31 
 
 		 1023 bp  131  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  87.31 
 
 		 1119 bp  131  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0627  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.39 
 
 		 1125 bp  129  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  86.23 
 
 		 1206 bp  123  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.78 
 
 		 1086 bp  121  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80 
 
 		 1104 bp  113  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3149  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.5 
 
 		 1140 bp  109  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.19 
 
 		 1086 bp  109  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.05 
 
 		 1104 bp  109  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4287  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.07 
 
 		 1023 bp  107  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.183807  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1482  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.56 
 
 		 1122 bp  103  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.73 
 
 		 1083 bp  101  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.68 
 
 		 1065 bp  101  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1298  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.33 
 
 		 1125 bp  99.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.388412  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4448  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.33 
 
 		 1023 bp  99.6  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0082  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.66 
 
 		 1059 bp  97.6  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.97 
 
 		 1083 bp  93.7  7e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1136  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.97 
 
 		 1140 bp  93.7  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1179  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.58 
 
 		 1122 bp  91.7  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1588  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.58 
 
 		 1122 bp  91.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.33 
 
 		 1116 bp  91.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.122235 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.58 
 
 		 1122 bp  91.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.878549  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84 
 
 		 1122 bp  89.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.712092  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.19 
 
 		 1083 bp  87.7  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.03 
 
 		 1083 bp  85.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.25 
 
 		 984 bp  85.7  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3190  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.21 
 
 		 1104 bp  85.7  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41976  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0419  GDP-mannose 4,6-dehydratase Bme9  82.84 
 
 		 1071 bp  83.8  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.171719  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.84 
 
 		 1071 bp  83.8  0.00000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.211696  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1009  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.84 
 
 		 1122 bp  83.8  0.00000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.48 
 
 		 1092 bp  81.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2291  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.2 
 
 		 1122 bp  81.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.76213  normal  0.0141464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.81 
 
 		 1062 bp  79.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01959  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  82.09 
 
 		 1122 bp  75.8  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01948    82.09 
 
 		 1121 bp  75.8  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2988  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.79 
 
 		 1122 bp  75.8  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343163 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2346  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.09 
 
 		 1122 bp  75.8  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.09 
 
 		 1023 bp  75.8  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.4 
 
 		 1122 bp  73.8  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0119174 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2471  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.39 
 
 		 1128 bp  73.8  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236107  normal  0.502765 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.4 
 
 		 1122 bp  73.8  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.03 
 
 		 1119 bp  71.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2093  hypothetical protein  81.17 
 
 		 1119 bp  67.9  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.71 
 
 		 1116 bp  65.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.19 
 
 		 984 bp  65.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.76 
 
 		 972 bp  63.9  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3372  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.25 
 
 		 1116 bp  63.9  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.58 
 
 		 1146 bp  63.9  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.619442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.82 
 
 		 1107 bp  63.9  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  91.67 
 
 		 1041 bp  63.9  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2667  GDP-mannose 4,6-dehydratase  93.18 
 
 		 1122 bp  63.9  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.91 
 
 		 1056 bp  61.9  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.3 
 
 		 1005 bp  61.9  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0589  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.33 
 
 		 1143 bp  60  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155049  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.6 
 
 		 1167 bp  60  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.75 
 
 		 1041 bp  60  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  91.11 
 
 		 1035 bp  58  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.15 
 
 		 1032 bp  58  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.15 
 
 		 1020 bp  58  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.15 
 
 		 1032 bp  58  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.15 
 
 		 1020 bp  58  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4754  GDP-mannose 4,6-dehydratase  88.68 
 
 		 1053 bp  58  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  94.59 
 
 		 1017 bp  58  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  88.68 
 
 		 1050 bp  58  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0432  GDP-mannose 4,6-dehydratase  88.68 
 
 		 1149 bp  58  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.15 
 
 		 1119 bp  58  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.713411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2335  GDP-mannose 4,6-dehydratase  92.68 
 
 		 1122 bp  58  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.575039 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  90.91 
 
 		 972 bp  56  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5682  GDP-mannose 4,6-dehydratase  89.58 
 
 		 972 bp  56  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  96.88 
 
 		 1089 bp  56  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.17 
 
 		 1092 bp  56  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0412  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.76 
 
 		 1149 bp  56  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0821  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.33 
 
 		 1119 bp  56  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.21 
 
 		 1047 bp  52  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.33 
 
 		 1110 bp  52  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.02 
 
 		 1032 bp  50.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  87.76 
 
 		 1032 bp  50.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0302  GDP-mannose 4,6-dehydratase  90.24 
 
 		 1131 bp  50.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.02 
 
 		 1083 bp  50.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  90.24 
 
 		 1068 bp  50.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3954  GDP-mannose 4,6-dehydratase  91.89 
 
 		 1113 bp  50.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2694  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.86 
 
 		 1206 bp  48.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.093727 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  85.71 
 
 		 1095 bp  48.1  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848002 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1281  GDP-mannose 4,6-dehydratase  93.75 
 
 		 1164 bp  48.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.71 
 
 		 1047 bp  48.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0571  GDP-mannose 4,6-dehydratase  86.54 
 
 		 1143 bp  48.1  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00197933  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>