115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2208 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2208  NIFU-like protein  100 
 
 		 147 aa  300  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329254  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1050  NifU domain-containing protein  65.07 
 
 		 148 aa  203  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1848  nitrogen-fixing NifU domain protein  62.24 
 
 		 148 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0801971  normal  0.0471012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2048  nitrogen-fixing NifU domain protein  61.38 
 
 		 148 aa  197  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1074  NifU-related protein  54.17 
 
 		 146 aa  173  9e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.812467  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1040  NifU-related protein  54.17 
 
 		 146 aa  173  9e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.144802  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1656  nitrogen-fixing NifU-like  54.48 
 
 		 151 aa  172  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1005  hypothetical protein  58.27 
 
 		 148 aa  172  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2157  NifU domain-containing protein  52.08 
 
 		 146 aa  169  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1328  nitrogen-fixing NifU-like  51.72 
 
 		 151 aa  167  5e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1650  NifU-like protein  53.24 
 
 		 158 aa  166  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.556042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5184  hypothetical protein  52.48 
 
 		 161 aa  165  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471729  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7171  NifU domain-containing protein  51.72 
 
 		 150 aa  163  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.313497  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3115  nitrogen-fixing NifU-like  52.48 
 
 		 151 aa  163  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0367152  normal  0.730417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4640  NifU domain-containing protein  56.38 
 
 		 157 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0675104 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2266  NifU domain-containing protein  51.68 
 
 		 157 aa  160  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254395  normal  0.255102 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2541  nitrogen-fixing NifU domain protein  51.68 
 
 		 157 aa  160  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.112226 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2183  NifU-like protein  50.35 
 
 		 150 aa  159  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  0.0178674 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3249  NifU-like protein  50.7 
 
 		 173 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.200644  normal  0.487759 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2223  nitrogen-fixing NifU domain protein  52.74 
 
 		 153 aa  159  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0507032 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0357  nitrogen-fixing NifU domain protein  51.75 
 
 		 149 aa  159  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0303949 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3873  nitrogen-fixing NifU domain protein  49.3 
 
 		 150 aa  156  9e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6321  NifU domain-containing protein  51.75 
 
 		 150 aa  155  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.335692  hitchhiker  0.0058306 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1575  NifU domain-containing protein  50 
 
 		 159 aa  150  5e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.102552  normal  0.101007 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4527  NifU domain-containing protein  54.03 
 
 		 153 aa  137  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0598047 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0643  hypothetical protein  43.36 
 
 		 145 aa  136  7.999999999999999e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.395619  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2666  NifU domain-containing protein  48.23 
 
 		 166 aa  134  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.394338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2395  hypothetical protein  44.53 
 
 		 154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4081  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  42.11 
 
 		 145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1516  hypothetical protein  41.84 
 
 		 149 aa  111  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.586147  normal  0.387464 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1162  NifU-like protein  42.5 
 
 		 146 aa  100  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  0.630664 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2625  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  40.83 
 
 		 146 aa  97.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1283  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  40.83 
 
 		 146 aa  97.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2502  hypothetical protein  37.3 
 
 		 176 aa  95.9  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.266865 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1395  hypothetical protein  43.18 
 
 		 164 aa  92.8  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0002  NifU-like involved in Fe-S cluster formation  39.52 
 
 		 172 aa  89.4  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.306655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1804  Fe-S cluster formation protein  34.88 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0711  NifU family SUF system FeS assembly protein  34.74 
 
 		 132 aa  63.5  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.397203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0307  NifU family SUF system FeS assembly protein  33.68 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0630803 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0408  NifU family SUF system FeS assembly protein  32.14 
 
 		 131 aa  59.3  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2268  NifU family SUF system FeS assembly protein  31.01 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1859  NifU-like protein  30.3 
 
 		 122 aa  56.2  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319001  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1321  nitrogen-fixing NifU domain protein  30.21 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.927715  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1895  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.93 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1665  SUF system FeS assembly protein  29.53 
 
 		 172 aa  52.8  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.754519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2090  NifU family SUF system FeS assembly protein  30.28 
 
 		 151 aa  52.8  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1695  SUF system FeS assembly protein, NifU family  30.53 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0165  SUF system FeS assembly protein  28.47 
 
 		 140 aa  52.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0047  NifU family SUF system FeS assembly protein  24.22 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0957  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.47 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0568  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.46 
 
 		 153 aa  52.4  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.654939  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1411  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.93 
 
 		 138 aa  52  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1457  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.93 
 
 		 138 aa  52  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2313  SUF system FeS assembly protein  28.24 
 
 		 147 aa  52  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.960672 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3313  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.47 
 
 		 141 aa  51.6  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1504  SUF system FeS assembly protein, NifU family protein  26.61 
 
 		 153 aa  51.2  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.175472 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3483  SUF system FeS assembly protein, NifU family  31.85 
 
 		 146 aa  51.2  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2827  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.82 
 
 		 163 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2764  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.82 
 
 		 163 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.541275  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0609  NifU-like domain-containing protein  27.82 
 
 		 163 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2403  NifU-like domain-containing protein  27.82 
 
 		 163 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2886  NifU-like domain-containing protein  27.82 
 
 		 163 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2707  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.82 
 
 		 163 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1716  NifU-like domain-containing protein  27.82 
 
 		 163 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0759049  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1970  NifU-like protein for Fe-S cluster formation  23.81 
 
 		 152 aa  49.3  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1002  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.34 
 
 		 141 aa  49.3  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0651104  normal  0.492699 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2268  SUF system FeS assembly protein, NifU family  32.84 
 
 		 163 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.794805 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0436  Fe-S cluster assembly protein NifU  34.94 
 
 		 284 aa  47.8  0.00005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2486  SUF system FeS assembly protein  30.19 
 
 		 150 aa  47.8  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4273  SUF system FeS assembly protein  26.62 
 
 		 149 aa  47.4  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0603  NifU family SUF system FeS assembly protein  26.02 
 
 		 151 aa  47.4  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1913  NifU domain-containing protein  34.18 
 
 		 147 aa  47  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1570  NifU domain-containing protein  28.46 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0108817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0894  NifU family SUF system FeS assembly protein  26.83 
 
 		 153 aa  46.2  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0702679  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13390  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.34 
 
 		 163 aa  46.6  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00685407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2555  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.55 
 
 		 150 aa  45.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.693713  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08890  nitrogen-fixing NifU domain protein  26.6 
 
 		 138 aa  45.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000453527  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3280  SUF system FeS assembly protein, NifU family  30.49 
 
 		 149 aa  45.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.182981  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0640  hypothetical protein  27.97 
 
 		 149 aa  44.7  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0656  hypothetical protein  27.97 
 
 		 149 aa  44.3  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1793  NifU-like domain-containing protein  25.56 
 
 		 163 aa  44.3  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.310093  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16170  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.18 
 
 		 150 aa  44.3  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2387  SUF system FeS assembly protein, NifU family  32.23 
 
 		 154 aa  44.3  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.212849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1832  Fe-S cluster assembly protein NifU  33.67 
 
 		 286 aa  43.9  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000450727  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1444  IscU  27.64 
 
 		 158 aa  43.9  0.0007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1511  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.64 
 
 		 148 aa  43.9  0.0007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0206  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  28.21 
 
 		 150 aa  43.9  0.0008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00147996  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1409  NifU-like domain-containing protein  24.74 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.817294  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2425  NifU protein  24.73 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.191396 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2229  SUF system FeS assembly protein, NifU family  25.9 
 
 		 151 aa  43.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000771916  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0846  NifU family SUF system FeS assembly protein  23.66 
 
 		 154 aa  43.5  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.539052  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0862  NifU family SUF system FeS assembly protein  23.66 
 
 		 154 aa  43.5  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.16993  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2505  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.76 
 
 		 151 aa  43.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1636  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.32 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0907  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.21 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2328  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.55 
 
 		 137 aa  42.4  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1139  NifU family SUF system FeS assembly protein  25 
 
 		 157 aa  42  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.039211 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1568  Fe-S cluster assembly protein NifU  33.75 
 
 		 284 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000157708  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0219  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.32 
 
 		 139 aa  42  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2648  Fe-S cluster assembly protein NifU  33.75 
 
 		 284 aa  42  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000357887 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>