130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4081 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4081  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  100 
 
 		 145 aa  290  5e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1162  NifU-like protein  62.79 
 
 		 146 aa  168  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  0.630664 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2625  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  62.02 
 
 		 146 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1283  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  62.02 
 
 		 146 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1516  hypothetical protein  57.14 
 
 		 149 aa  164  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.586147  normal  0.387464 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2502  hypothetical protein  57.14 
 
 		 176 aa  157  6e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.266865 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1395  hypothetical protein  59.42 
 
 		 164 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4640  NifU domain-containing protein  49.3 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0675104 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2157  NifU domain-containing protein  44.7 
 
 		 146 aa  124  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1074  NifU-related protein  43.18 
 
 		 146 aa  122  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.812467  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1040  NifU-related protein  43.18 
 
 		 146 aa  122  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.144802  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7171  NifU domain-containing protein  44.85 
 
 		 150 aa  120  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.313497  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1650  NifU-like protein  43.38 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.556042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6321  NifU domain-containing protein  44.12 
 
 		 150 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.335692  hitchhiker  0.0058306 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2395  hypothetical protein  48.41 
 
 		 154 aa  118  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4527  NifU domain-containing protein  49.17 
 
 		 153 aa  117  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0598047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2223  nitrogen-fixing NifU domain protein  46.67 
 
 		 153 aa  117  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0507032 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0357  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.91 
 
 		 149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0303949 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2048  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.42 
 
 		 148 aa  114  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2266  NifU domain-containing protein  45.19 
 
 		 157 aa  114  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254395  normal  0.255102 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2541  nitrogen-fixing NifU domain protein  45.19 
 
 		 157 aa  114  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.112226 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1050  NifU domain-containing protein  40.91 
 
 		 148 aa  114  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1575  NifU domain-containing protein  38.57 
 
 		 159 aa  113  7.999999999999999e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.102552  normal  0.101007 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1005  hypothetical protein  41.35 
 
 		 148 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2208  NIFU-like protein  42.11 
 
 		 147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329254  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5184  hypothetical protein  38.97 
 
 		 161 aa  110  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471729  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1848  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.15 
 
 		 148 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0801971  normal  0.0471012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3873  nitrogen-fixing NifU domain protein  38.52 
 
 		 150 aa  107  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3249  NifU-like protein  39.26 
 
 		 173 aa  105  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.200644  normal  0.487759 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1328  nitrogen-fixing NifU-like  39.26 
 
 		 151 aa  104  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2183  NifU-like protein  37.78 
 
 		 150 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  0.0178674 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3115  nitrogen-fixing NifU-like  37.78 
 
 		 151 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0367152  normal  0.730417 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0643  hypothetical protein  33.58 
 
 		 145 aa  102  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.395619  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0002  NifU-like involved in Fe-S cluster formation  49.19 
 
 		 172 aa  100  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.306655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2666  NifU domain-containing protein  40.56 
 
 		 166 aa  100  8e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.394338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1656  nitrogen-fixing NifU-like  37.04 
 
 		 151 aa  99.8  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1804  Fe-S cluster formation protein  37.01 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0846  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.94 
 
 		 154 aa  62  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.539052  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0047  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.38 
 
 		 135 aa  62  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0862  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.94 
 
 		 154 aa  62  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.16993  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2268  NifU family SUF system FeS assembly protein  30.66 
 
 		 151 aa  62  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3483  SUF system FeS assembly protein, NifU family  32.39 
 
 		 146 aa  62  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0963  MifU-like protein, Fe-S cluster formation  35.34 
 
 		 152 aa  60.8  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.527066  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1665  SUF system FeS assembly protein  32.59 
 
 		 172 aa  60.5  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.754519  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0609  NifU-like domain-containing protein  28.57 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2403  NifU-like domain-containing protein  28.57 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2886  NifU-like domain-containing protein  28.57 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2707  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.57 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2764  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.57 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.541275  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1716  NifU-like domain-containing protein  28.57 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0759049  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1411  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.74 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1457  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.74 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0290  NifU family SUF system FeS assembly protein  30.66 
 
 		 137 aa  58.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2328  NifU family SUF system FeS assembly protein  30.15 
 
 		 137 aa  58.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2827  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.57 
 
 		 163 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4473  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.08 
 
 		 165 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1110  Fe-S cluster formation protein, NifU-like  27.48 
 
 		 146 aa  57.8  0.00000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1362  SUF system FeS assembly protein, NifU family  30.77 
 
 		 155 aa  57.4  0.00000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.576777  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4273  SUF system FeS assembly protein  30.94 
 
 		 149 aa  57  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2229  SUF system FeS assembly protein, NifU family  30.43 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000771916  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2090  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.03 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1954  hypothetical protein  37.31 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0165  SUF system FeS assembly protein  28.12 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2339  SUF system FeS assembly protein, NifU family  24.81 
 
 		 159 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000980785  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2850  NifU family SUF system FeS assembly protein  24.81 
 
 		 159 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0603  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.37 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2280  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.86 
 
 		 167 aa  54.7  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000288131  hitchhiker  0.00804986 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0893  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.4 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0897  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.34 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.341493  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1793  NifU-like domain-containing protein  26.32 
 
 		 163 aa  53.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.310093  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2447  SUF system FeS assembly protein, NifU family  33.03 
 
 		 156 aa  53.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0284902 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2035  Fe-S cluster formation protein, NifU-like  28.99 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0907  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.89 
 
 		 149 aa  53.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0989  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.12 
 
 		 151 aa  53.5  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.784389  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1895  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.37 
 
 		 154 aa  53.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1982  SUF system FeS assembly protein  28.99 
 
 		 160 aa  52.4  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.323974  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2958  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.38 
 
 		 158 aa  51.6  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5982  nitrogen fixation protein  30.43 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.8626  normal  0.134039 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0499  NifU domain-containing protein  27.21 
 
 		 154 aa  51.6  0.000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0144  NifU family protein  24.82 
 
 		 147 aa  51.2  0.000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.966065  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1970  NifU-like protein for Fe-S cluster formation  27.66 
 
 		 152 aa  51.6  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0847  SUF system FeS assembly protein  26.71 
 
 		 149 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.190633  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2069  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.63 
 
 		 155 aa  51.2  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.420514  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0894  NifU family SUF system FeS assembly protein  30 
 
 		 153 aa  50.8  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0702679  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1967  SUF system FeS assembly protein  30.91 
 
 		 145 aa  50.8  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.245372 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0652  NifU family SUF system FeS assembly protein  26.81 
 
 		 145 aa  50.8  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16170  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.28 
 
 		 150 aa  49.7  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1002  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.82 
 
 		 141 aa  50.1  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0651104  normal  0.492699 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1444  IscU  26.06 
 
 		 158 aa  49.7  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1511  NifU family SUF system FeS assembly protein  26.06 
 
 		 148 aa  50.1  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2268  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.34 
 
 		 163 aa  50.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.794805 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0640  hypothetical protein  25.55 
 
 		 149 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0408  NifU family SUF system FeS assembly protein  32.67 
 
 		 131 aa  48.9  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0656  hypothetical protein  25.55 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1787  SUF system FeS assembly protein  26.39 
 
 		 160 aa  48.5  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0971844  normal  0.163448 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3313  SUF system FeS assembly protein, NifU family  30.15 
 
 		 141 aa  48.5  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1294  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.19 
 
 		 149 aa  48.9  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000198269 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0729  NifU family SUF system FeS assembly protein  26.62 
 
 		 171 aa  47.8  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230708  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2505  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.67 
 
 		 151 aa  47.8  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16670  SUF system FeS assembly protein, NifU family  24.65 
 
 		 152 aa  47  0.00009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0471636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>