143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3249 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3249  NifU-like protein  100 
 
 		 173 aa  355  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.200644  normal  0.487759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2183  NifU-like protein  91.22 
 
 		 150 aa  278  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  0.0178674 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3873  nitrogen-fixing NifU domain protein  89.86 
 
 		 150 aa  275  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3115  nitrogen-fixing NifU-like  91.55 
 
 		 151 aa  272  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0367152  normal  0.730417 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1328  nitrogen-fixing NifU-like  88.73 
 
 		 151 aa  267  7e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1656  nitrogen-fixing NifU-like  86.62 
 
 		 151 aa  261  4e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5184  hypothetical protein  86.62 
 
 		 161 aa  259  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471729  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7171  NifU domain-containing protein  73.43 
 
 		 150 aa  227  6e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.313497  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0357  nitrogen-fixing NifU domain protein  72.86 
 
 		 149 aa  222  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0303949 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2541  nitrogen-fixing NifU domain protein  69.18 
 
 		 157 aa  218  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.112226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2266  NifU domain-containing protein  69.18 
 
 		 157 aa  218  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254395  normal  0.255102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2223  nitrogen-fixing NifU domain protein  70.14 
 
 		 153 aa  218  5e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0507032 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1005  hypothetical protein  71.83 
 
 		 148 aa  217  7e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1650  NifU-like protein  70.71 
 
 		 158 aa  217  7e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.556042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6321  NifU domain-containing protein  70.27 
 
 		 150 aa  217  7.999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.335692  hitchhiker  0.0058306 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4640  NifU domain-containing protein  67.32 
 
 		 157 aa  216  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0675104 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1575  NifU domain-containing protein  69.06 
 
 		 159 aa  212  2.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.102552  normal  0.101007 
 
 
-
 
NC_004310  BR1074  NifU-related protein  67.81 
 
 		 146 aa  209  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.812467  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1040  NifU-related protein  67.81 
 
 		 146 aa  209  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.144802  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2157  NifU domain-containing protein  64.38 
 
 		 146 aa  206  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1050  NifU domain-containing protein  68.53 
 
 		 148 aa  204  4e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1848  nitrogen-fixing NifU domain protein  69.01 
 
 		 148 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0801971  normal  0.0471012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2048  nitrogen-fixing NifU domain protein  69.72 
 
 		 148 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2666  NifU domain-containing protein  62.41 
 
 		 166 aa  176  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.394338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0643  hypothetical protein  49.3 
 
 		 145 aa  164  5e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.395619  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2208  NIFU-like protein  50.7 
 
 		 147 aa  159  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329254  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4527  NifU domain-containing protein  52.8 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0598047 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1516  hypothetical protein  49.29 
 
 		 149 aa  140  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.586147  normal  0.387464 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2395  hypothetical protein  48.46 
 
 		 154 aa  135  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2502  hypothetical protein  47.29 
 
 		 176 aa  133  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.266865 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2625  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  46.34 
 
 		 146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1283  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  46.34 
 
 		 146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1162  NifU-like protein  46.34 
 
 		 146 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  0.630664 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4081  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  39.26 
 
 		 145 aa  105  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0002  NifU-like involved in Fe-S cluster formation  40.3 
 
 		 172 aa  95.5  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.306655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1395  hypothetical protein  38.52 
 
 		 164 aa  87.4  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1804  Fe-S cluster formation protein  38.76 
 
 		 142 aa  77  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2339  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.36 
 
 		 159 aa  65.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000980785  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2850  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.36 
 
 		 159 aa  65.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2268  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.15 
 
 		 151 aa  65.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0307  NifU family SUF system FeS assembly protein  38.96 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0630803 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1793  NifU-like domain-containing protein  27.08 
 
 		 163 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.310093  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0711  NifU family SUF system FeS assembly protein  36.36 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.397203  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0609  NifU-like domain-containing protein  28.03 
 
 		 163 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2403  NifU-like domain-containing protein  28.03 
 
 		 163 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2886  NifU-like domain-containing protein  28.03 
 
 		 163 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2707  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.03 
 
 		 163 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2764  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.03 
 
 		 163 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.541275  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1716  NifU-like domain-containing protein  28.03 
 
 		 163 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0759049  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1321  nitrogen-fixing NifU domain protein  29.89 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.927715  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2827  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.27 
 
 		 163 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3280  SUF system FeS assembly protein, NifU family  31.58 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.182981  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1636  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.97 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0144  NifU family protein  31 
 
 		 147 aa  58.9  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.966065  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2268  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.63 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.794805 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2313  SUF system FeS assembly protein  25 
 
 		 147 aa  58.5  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.960672 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0290  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.94 
 
 		 137 aa  57.8  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0907  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.74 
 
 		 149 aa  57.8  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2328  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.24 
 
 		 137 aa  57.8  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0897  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.01 
 
 		 149 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.341493  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2555  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.06 
 
 		 150 aa  57  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.693713  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0893  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.01 
 
 		 149 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3483  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.68 
 
 		 146 aa  57  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16170  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.06 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0603  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.19 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1895  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.26 
 
 		 154 aa  55.8  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1411  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.74 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1457  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.74 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1504  SUF system FeS assembly protein, NifU family protein  26.03 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.175472 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0957  SUF system FeS assembly protein, NifU family  31.71 
 
 		 130 aa  55.5  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1833  SUF system FeS assembly protein, NifU family  30.77 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0221  NifU family protein  29.81 
 
 		 144 aa  54.3  0.0000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0963  MifU-like protein, Fe-S cluster formation  28.15 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.527066  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1695  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.83 
 
 		 128 aa  54.3  0.0000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0847  SUF system FeS assembly protein  26.28 
 
 		 149 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.190633  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1226  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.73 
 
 		 163 aa  52.8  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0894  NifU family SUF system FeS assembly protein  24.82 
 
 		 153 aa  53.1  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0702679  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0219  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.83 
 
 		 139 aa  52.8  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1002  SUF system FeS assembly protein, NifU family  23.57 
 
 		 141 aa  51.6  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0651104  normal  0.492699 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0165  SUF system FeS assembly protein  24.26 
 
 		 140 aa  51.6  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0047  NifU family SUF system FeS assembly protein  24.81 
 
 		 135 aa  50.8  0.000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1954  hypothetical protein  32.71 
 
 		 143 aa  49.7  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5149  SUF system FeS assembly protein, NifU family  25.69 
 
 		 147 aa  50.1  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.726273  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1444  IscU  24.44 
 
 		 158 aa  50.1  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2090  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.87 
 
 		 151 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1511  NifU family SUF system FeS assembly protein  24.44 
 
 		 148 aa  50.1  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2447  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.99 
 
 		 156 aa  49.3  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0284902 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0729  NifU family SUF system FeS assembly protein  29.71 
 
 		 171 aa  48.9  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230708  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1967  SUF system FeS assembly protein  26.62 
 
 		 145 aa  48.5  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.245372 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1787  SUF system FeS assembly protein  29.29 
 
 		 160 aa  48.1  0.00006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0971844  normal  0.163448 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1859  NifU-like protein  27.05 
 
 		 122 aa  47.8  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319001  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0640  hypothetical protein  28.69 
 
 		 149 aa  47  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1970  NifU-like protein for Fe-S cluster formation  23.94 
 
 		 152 aa  47  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2229  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.7 
 
 		 151 aa  47.4  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000771916  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2126  NifU domain-containing protein  27.64 
 
 		 144 aa  47.4  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0656  hypothetical protein  28.69 
 
 		 149 aa  46.6  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2486  SUF system FeS assembly protein  29.07 
 
 		 150 aa  46.6  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1110  Fe-S cluster formation protein, NifU-like  21.37 
 
 		 146 aa  46.6  0.0002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2247  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.79 
 
 		 140 aa  46.6  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0918709 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3313  SUF system FeS assembly protein, NifU family  25.74 
 
 		 141 aa  46.6  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.115519 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>