133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2183 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2183  NifU-like protein  100 
 
 		 150 aa  306  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  0.0178674 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3249  NifU-like protein  91.22 
 
 		 173 aa  280  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.200644  normal  0.487759 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3873  nitrogen-fixing NifU domain protein  86.67 
 
 		 150 aa  270  6e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3115  nitrogen-fixing NifU-like  88.03 
 
 		 151 aa  261  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0367152  normal  0.730417 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5184  hypothetical protein  85.92 
 
 		 161 aa  256  6e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471729  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1328  nitrogen-fixing NifU-like  82.64 
 
 		 151 aa  255  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1656  nitrogen-fixing NifU-like  84.03 
 
 		 151 aa  254  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7171  NifU domain-containing protein  70 
 
 		 150 aa  222  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.313497  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1005  hypothetical protein  72.92 
 
 		 148 aa  220  6e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2266  NifU domain-containing protein  68.87 
 
 		 157 aa  214  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254395  normal  0.255102 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2541  nitrogen-fixing NifU domain protein  68.87 
 
 		 157 aa  214  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.112226 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1650  NifU-like protein  69.29 
 
 		 158 aa  213  5.9999999999999996e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.556042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2223  nitrogen-fixing NifU domain protein  68.67 
 
 		 153 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0507032 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0357  nitrogen-fixing NifU domain protein  68.75 
 
 		 149 aa  212  9.999999999999999e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0303949 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6321  NifU domain-containing protein  68 
 
 		 150 aa  210  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.335692  hitchhiker  0.0058306 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4640  NifU domain-containing protein  68.03 
 
 		 157 aa  209  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0675104 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1575  NifU domain-containing protein  67.63 
 
 		 159 aa  207  5e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.102552  normal  0.101007 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1050  NifU domain-containing protein  67.83 
 
 		 148 aa  205  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1848  nitrogen-fixing NifU domain protein  68.53 
 
 		 148 aa  204  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0801971  normal  0.0471012 
 
 
-
 
NC_004310  BR1074  NifU-related protein  66.9 
 
 		 146 aa  202  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.812467  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1040  NifU-related protein  66.9 
 
 		 146 aa  202  1e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.144802  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2157  NifU domain-containing protein  63.38 
 
 		 146 aa  199  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2048  nitrogen-fixing NifU domain protein  67.13 
 
 		 148 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2666  NifU domain-containing protein  60.28 
 
 		 166 aa  169  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.394338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2208  NIFU-like protein  50.35 
 
 		 147 aa  159  9e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329254  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0643  hypothetical protein  47.89 
 
 		 145 aa  158  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.395619  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1516  hypothetical protein  47.14 
 
 		 149 aa  136  8.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.586147  normal  0.387464 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4527  NifU domain-containing protein  51.18 
 
 		 153 aa  135  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0598047 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2502  hypothetical protein  46.51 
 
 		 176 aa  130  6e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.266865 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2395  hypothetical protein  46.92 
 
 		 154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2625  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  45.53 
 
 		 146 aa  113  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1283  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  45.53 
 
 		 146 aa  113  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1162  NifU-like protein  44.72 
 
 		 146 aa  110  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  0.630664 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0002  NifU-like involved in Fe-S cluster formation  45.31 
 
 		 172 aa  105  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.306655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4081  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  37.78 
 
 		 145 aa  104  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1395  hypothetical protein  40 
 
 		 164 aa  87.8  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1804  Fe-S cluster formation protein  37.4 
 
 		 142 aa  77.8  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2328  NifU family SUF system FeS assembly protein  30.47 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0290  NifU family SUF system FeS assembly protein  29.69 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0603  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.41 
 
 		 151 aa  63.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2339  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.61 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000980785  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2850  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.61 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1411  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.21 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1457  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.21 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1636  SUF system FeS assembly protein, NifU family  31.58 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2764  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.541275  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0609  NifU-like domain-containing protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2403  NifU-like domain-containing protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2886  NifU-like domain-containing protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2707  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3280  SUF system FeS assembly protein, NifU family  30.1 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.182981  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1716  NifU-like domain-containing protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0759049  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2268  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.93 
 
 		 151 aa  58.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3483  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.63 
 
 		 146 aa  59.3  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0907  NifU family SUF system FeS assembly protein  29.2 
 
 		 149 aa  57.8  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0307  NifU family SUF system FeS assembly protein  32.47 
 
 		 132 aa  57.8  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0630803 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2313  SUF system FeS assembly protein  25.34 
 
 		 147 aa  57.8  0.00000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.960672 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0711  NifU family SUF system FeS assembly protein  29.87 
 
 		 132 aa  57  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.397203  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0144  NifU family protein  30 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.966065  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2268  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.39 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.794805 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2827  NifU family SUF system FeS assembly protein  26.52 
 
 		 163 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0165  SUF system FeS assembly protein  26.47 
 
 		 140 aa  55.8  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0897  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.74 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.341493  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0893  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.74 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16170  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.62 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1793  NifU-like domain-containing protein  25.76 
 
 		 163 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.310093  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2555  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.18 
 
 		 150 aa  54.7  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.693713  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0963  MifU-like protein, Fe-S cluster formation  27.41 
 
 		 152 aa  53.9  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.527066  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1321  nitrogen-fixing NifU domain protein  27.59 
 
 		 142 aa  53.9  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.927715  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1895  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.26 
 
 		 154 aa  53.5  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0221  NifU family protein  27.5 
 
 		 144 aa  52.8  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0847  SUF system FeS assembly protein  27.01 
 
 		 149 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.190633  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0894  NifU family SUF system FeS assembly protein  24.09 
 
 		 153 aa  51.2  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0702679  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1226  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.41 
 
 		 163 aa  51.2  0.000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1833  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.81 
 
 		 143 aa  51.2  0.000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0640  hypothetical protein  27.5 
 
 		 149 aa  50.8  0.000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0656  hypothetical protein  27.5 
 
 		 149 aa  50.4  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1504  SUF system FeS assembly protein, NifU family protein  24.66 
 
 		 153 aa  50.4  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.175472 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1954  hypothetical protein  32.71 
 
 		 143 aa  49.7  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0219  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.93 
 
 		 139 aa  49.7  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1002  SUF system FeS assembly protein, NifU family  23.53 
 
 		 141 aa  48.9  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0651104  normal  0.492699 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0957  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.05 
 
 		 130 aa  49.3  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1970  NifU-like protein for Fe-S cluster formation  24.65 
 
 		 152 aa  48.5  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0047  NifU family SUF system FeS assembly protein  24.03 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0314  NifU family SUF system FeS assembly protein  39.71 
 
 		 134 aa  48.9  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.764118  normal  0.0431709 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2447  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.76 
 
 		 156 aa  47.8  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0284902 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1695  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.32 
 
 		 128 aa  47.8  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0700  SUF system FeS assembly protein  27.78 
 
 		 160 aa  47.4  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3313  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.21 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3305  NifU family SUF system FeS assembly protein  30.47 
 
 		 158 aa  47  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000286575 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2505  SUF system FeS assembly protein, NifU family  31.3 
 
 		 151 aa  47  0.00009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1859  NifU-like protein  28.95 
 
 		 122 aa  46.6  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319001  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0729  NifU family SUF system FeS assembly protein  30.67 
 
 		 171 aa  46.2  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230708  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0846  NifU family SUF system FeS assembly protein  22.14 
 
 		 154 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.539052  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0862  NifU family SUF system FeS assembly protein  22.14 
 
 		 154 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.16993  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2090  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.9 
 
 		 151 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2486  SUF system FeS assembly protein  29.07 
 
 		 150 aa  45.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1444  IscU  25.83 
 
 		 158 aa  45.4  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1511  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.83 
 
 		 148 aa  45.4  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1913  NifU domain-containing protein  34.18 
 
 		 147 aa  44.7  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>