108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1395 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1395  hypothetical protein  100 
 
 		 164 aa  331  2e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1516  hypothetical protein  70.75 
 
 		 149 aa  217  7e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.586147  normal  0.387464 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2625  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  68.5 
 
 		 146 aa  189  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1283  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  68.5 
 
 		 146 aa  189  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2502  hypothetical protein  62.03 
 
 		 176 aa  186  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.266865 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1162  NifU-like protein  66.93 
 
 		 146 aa  184  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  0.630664 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4081  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  59.42 
 
 		 145 aa  174  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4640  NifU domain-containing protein  52.11 
 
 		 157 aa  143  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0675104 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7171  NifU domain-containing protein  50.37 
 
 		 150 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.313497  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6321  NifU domain-containing protein  50.37 
 
 		 150 aa  138  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.335692  hitchhiker  0.0058306 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4527  NifU domain-containing protein  55.83 
 
 		 153 aa  137  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0598047 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0357  nitrogen-fixing NifU domain protein  47.52 
 
 		 149 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0303949 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2223  nitrogen-fixing NifU domain protein  52.24 
 
 		 153 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0507032 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1575  NifU domain-containing protein  46.76 
 
 		 159 aa  133  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.102552  normal  0.101007 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2266  NifU domain-containing protein  50 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254395  normal  0.255102 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2541  nitrogen-fixing NifU domain protein  50 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.112226 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1650  NifU-like protein  47.73 
 
 		 158 aa  130  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.556042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2157  NifU domain-containing protein  44.37 
 
 		 146 aa  123  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1005  hypothetical protein  42.34 
 
 		 148 aa  122  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5184  hypothetical protein  42.65 
 
 		 161 aa  122  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471729  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_004310  BR1074  NifU-related protein  42.96 
 
 		 146 aa  120  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.812467  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1040  NifU-related protein  42.96 
 
 		 146 aa  120  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.144802  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2208  NIFU-like protein  43.18 
 
 		 147 aa  120  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329254  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3873  nitrogen-fixing NifU domain protein  40 
 
 		 150 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2395  hypothetical protein  49.21 
 
 		 154 aa  119  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1328  nitrogen-fixing NifU-like  40.74 
 
 		 151 aa  118  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1656  nitrogen-fixing NifU-like  42.22 
 
 		 151 aa  117  7.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0643  hypothetical protein  38.81 
 
 		 145 aa  117  9e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.395619  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3115  nitrogen-fixing NifU-like  40.74 
 
 		 151 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0367152  normal  0.730417 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2183  NifU-like protein  40 
 
 		 150 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  0.0178674 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3249  NifU-like protein  38.52 
 
 		 173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.200644  normal  0.487759 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1848  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.67 
 
 		 148 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0801971  normal  0.0471012 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2666  NifU domain-containing protein  45.45 
 
 		 166 aa  115  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.394338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2048  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.91 
 
 		 148 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1050  NifU domain-containing protein  39.39 
 
 		 148 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0002  NifU-like involved in Fe-S cluster formation  49.61 
 
 		 172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.306655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1804  Fe-S cluster formation protein  39.53 
 
 		 142 aa  82.8  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0963  MifU-like protein, Fe-S cluster formation  33.08 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.527066  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2268  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.66 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1895  SUF system FeS assembly protein, NifU family  31.94 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0165  SUF system FeS assembly protein  30.08 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0907  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.78 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0711  NifU family SUF system FeS assembly protein  26.72 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.397203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2090  NifU family SUF system FeS assembly protein  32.65 
 
 		 151 aa  52  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0897  SUF system FeS assembly protein, NifU family  25.71 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.341493  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1002  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.57 
 
 		 141 aa  51.2  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0651104  normal  0.492699 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1954  hypothetical protein  35.34 
 
 		 143 aa  51.6  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0893  SUF system FeS assembly protein, NifU family  25.71 
 
 		 149 aa  51.6  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2850  NifU family SUF system FeS assembly protein  26.12 
 
 		 159 aa  51.2  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2339  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.12 
 
 		 159 aa  51.2  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000980785  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0307  NifU family SUF system FeS assembly protein  26.72 
 
 		 132 aa  49.7  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0630803 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0603  NifU family SUF system FeS assembly protein  29.75 
 
 		 151 aa  50.1  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0847  SUF system FeS assembly protein  26.26 
 
 		 149 aa  48.5  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.190633  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1665  SUF system FeS assembly protein  31.63 
 
 		 172 aa  48.1  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.754519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2764  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.21 
 
 		 163 aa  48.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.541275  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0609  NifU-like domain-containing protein  25.21 
 
 		 163 aa  47.8  0.00006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2403  NifU-like domain-containing protein  25.21 
 
 		 163 aa  47.8  0.00006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2886  NifU-like domain-containing protein  25.21 
 
 		 163 aa  47.8  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2707  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.21 
 
 		 163 aa  47.8  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1716  NifU-like domain-containing protein  25.21 
 
 		 163 aa  47.8  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0759049  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2280  SUF system FeS assembly protein, NifU family  33.33 
 
 		 167 aa  47.8  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000288131  hitchhiker  0.00804986 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1294  SUF system FeS assembly protein, NifU family  34.72 
 
 		 149 aa  47.4  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000198269 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2555  NifU family SUF system FeS assembly protein  30.69 
 
 		 150 aa  47.4  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.693713  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11493  nitrogen fixation-like protein  32.04 
 
 		 162 aa  47.4  0.00009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220118  normal  0.138949 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2229  SUF system FeS assembly protein, NifU family  31.37 
 
 		 151 aa  47.4  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000771916  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4273  SUF system FeS assembly protein  27.34 
 
 		 149 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0957  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.43 
 
 		 130 aa  47  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2827  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.21 
 
 		 163 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0894  NifU family SUF system FeS assembly protein  32.18 
 
 		 153 aa  46.2  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0702679  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0568  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.32 
 
 		 153 aa  46.2  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.654939  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2737  NifU family SUF system FeS assembly protein  32.35 
 
 		 153 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.556546 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0846  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.56 
 
 		 154 aa  45.1  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.539052  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0862  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.56 
 
 		 154 aa  45.1  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.16993  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2486  SUF system FeS assembly protein  25.51 
 
 		 150 aa  44.7  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2505  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29 
 
 		 151 aa  44.7  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0729  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.48 
 
 		 171 aa  44.3  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230708  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2313  SUF system FeS assembly protein  26.62 
 
 		 147 aa  44.3  0.0007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.960672 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1252  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.79 
 
 		 143 aa  44.3  0.0008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3483  SUF system FeS assembly protein, NifU family  31.88 
 
 		 146 aa  43.9  0.0009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1139  NifU family SUF system FeS assembly protein  33.33 
 
 		 157 aa  43.9  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.039211 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1411  NifU family SUF system FeS assembly protein  21.9 
 
 		 138 aa  43.5  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1444  IscU  26.09 
 
 		 158 aa  43.9  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0408  NifU family SUF system FeS assembly protein  26.8 
 
 		 131 aa  43.9  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1511  NifU family SUF system FeS assembly protein  26.09 
 
 		 148 aa  43.9  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0290  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.46 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1457  NifU family SUF system FeS assembly protein  21.9 
 
 		 138 aa  43.5  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3313  SUF system FeS assembly protein, NifU family  32.73 
 
 		 141 aa  43.9  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16170  SUF system FeS assembly protein, NifU family  34.52 
 
 		 150 aa  43.5  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0640  hypothetical protein  30.09 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1982  SUF system FeS assembly protein  28.16 
 
 		 160 aa  42.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.323974  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2440  SUF system FeS assembly protein  29.41 
 
 		 153 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.155172  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2485  NifU family SUF system FeS assembly protein  29.41 
 
 		 153 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2476  NifU family SUF system FeS assembly protein  29.41 
 
 		 153 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1226  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.79 
 
 		 163 aa  43.1  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1833  SUF system FeS assembly protein, NifU family  30.21 
 
 		 143 aa  42.7  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16670  SUF system FeS assembly protein, NifU family  25.21 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0471636  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1409  NifU-like domain-containing protein  26.8 
 
 		 131 aa  42  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.817294  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0656  hypothetical protein  30.09 
 
 		 149 aa  42.4  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2268  SUF system FeS assembly protein, NifU family  25.64 
 
 		 163 aa  42.4  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.794805 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0398  SUF system FeS assembly protein, NifU family  31.03 
 
 		 175 aa  42.4  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>