132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1050 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1050  NifU domain-containing protein  100 
 
 		 148 aa  301  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1848  nitrogen-fixing NifU domain protein  82.39 
 
 		 148 aa  247  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0801971  normal  0.0471012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2048  nitrogen-fixing NifU domain protein  82.39 
 
 		 148 aa  247  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1328  nitrogen-fixing NifU-like  68.28 
 
 		 151 aa  209  9e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1656  nitrogen-fixing NifU-like  68.28 
 
 		 151 aa  206  8e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5184  hypothetical protein  69.72 
 
 		 161 aa  206  9e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471729  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2183  NifU-like protein  67.83 
 
 		 150 aa  205  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  0.0178674 
 
 
-
 
NC_004310  BR1074  NifU-related protein  69.72 
 
 		 146 aa  205  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.812467  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3115  nitrogen-fixing NifU-like  69.01 
 
 		 151 aa  204  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0367152  normal  0.730417 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3249  NifU-like protein  68.53 
 
 		 173 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.200644  normal  0.487759 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1040  NifU-related protein  69.72 
 
 		 146 aa  205  2e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.144802  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2208  NIFU-like protein  65.07 
 
 		 147 aa  203  6e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329254  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2157  NifU domain-containing protein  64.79 
 
 		 146 aa  201  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3873  nitrogen-fixing NifU domain protein  67.13 
 
 		 150 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1005  hypothetical protein  67.61 
 
 		 148 aa  195  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2223  nitrogen-fixing NifU domain protein  65.97 
 
 		 153 aa  187  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0507032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2266  NifU domain-containing protein  64.14 
 
 		 157 aa  186  9e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254395  normal  0.255102 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2541  nitrogen-fixing NifU domain protein  64.14 
 
 		 157 aa  186  9e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.112226 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1650  NifU-like protein  62.86 
 
 		 158 aa  184  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.556042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7171  NifU domain-containing protein  60.14 
 
 		 150 aa  178  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.313497  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4640  NifU domain-containing protein  60.54 
 
 		 157 aa  176  7e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0675104 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0357  nitrogen-fixing NifU domain protein  60.71 
 
 		 149 aa  176  7e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0303949 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6321  NifU domain-containing protein  60.56 
 
 		 150 aa  174  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.335692  hitchhiker  0.0058306 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1575  NifU domain-containing protein  58.27 
 
 		 159 aa  173  7e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.102552  normal  0.101007 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0643  hypothetical protein  51.41 
 
 		 145 aa  155  2e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.395619  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2666  NifU domain-containing protein  54.61 
 
 		 166 aa  145  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.394338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4527  NifU domain-containing protein  51.2 
 
 		 153 aa  130  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0598047 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1516  hypothetical protein  43.97 
 
 		 149 aa  119  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.586147  normal  0.387464 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2395  hypothetical protein  43.85 
 
 		 154 aa  115  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4081  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  40.91 
 
 		 145 aa  114  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1162  NifU-like protein  48.33 
 
 		 146 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  0.630664 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2502  hypothetical protein  39.68 
 
 		 176 aa  104  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.266865 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2625  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  43.33 
 
 		 146 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1283  NifU-related protein involved in Fe-S cluster formation  43.33 
 
 		 146 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1395  hypothetical protein  39.39 
 
 		 164 aa  86.7  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0002  NifU-like involved in Fe-S cluster formation  35.94 
 
 		 172 aa  85.1  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.306655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0711  NifU family SUF system FeS assembly protein  33.68 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.397203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0307  NifU family SUF system FeS assembly protein  35.79 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0630803 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1804  Fe-S cluster formation protein  35.07 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1665  SUF system FeS assembly protein  29.5 
 
 		 172 aa  61.2  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.754519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2090  NifU family SUF system FeS assembly protein  29.58 
 
 		 151 aa  61.2  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16170  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.53 
 
 		 150 aa  60.5  0.000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2827  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.27 
 
 		 163 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2555  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.37 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.693713  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2764  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.541275  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0609  NifU-like domain-containing protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2403  NifU-like domain-containing protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2886  NifU-like domain-containing protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2707  NifU family SUF system FeS assembly protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1716  NifU-like domain-containing protein  27.27 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0759049  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1411  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.93 
 
 		 138 aa  59.3  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1457  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.93 
 
 		 138 aa  59.3  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2328  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.95 
 
 		 137 aa  58.5  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2268  NifU family SUF system FeS assembly protein  30.28 
 
 		 151 aa  58.2  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1895  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.28 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2268  SUF system FeS assembly protein, NifU family  27.08 
 
 		 163 aa  57.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.794805 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3483  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.89 
 
 		 146 aa  57.8  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0603  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.93 
 
 		 151 aa  57.8  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281207  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1321  nitrogen-fixing NifU domain protein  30.21 
 
 		 142 aa  57.4  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.927715  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0290  NifU family SUF system FeS assembly protein  24.44 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1636  SUF system FeS assembly protein, NifU family  30.53 
 
 		 139 aa  57  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2447  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26 
 
 		 156 aa  56.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0284902 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1695  SUF system FeS assembly protein, NifU family  31.58 
 
 		 128 aa  55.1  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5149  SUF system FeS assembly protein, NifU family  25.69 
 
 		 147 aa  55.1  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.726273  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1970  NifU-like protein for Fe-S cluster formation  25.19 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2505  SUF system FeS assembly protein, NifU family  28.17 
 
 		 151 aa  54.7  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0957  SUF system FeS assembly protein, NifU family  30.53 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0144  NifU family protein  23.7 
 
 		 147 aa  52.8  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.966065  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1982  SUF system FeS assembly protein  28.39 
 
 		 160 aa  51.6  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.323974  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2440  SUF system FeS assembly protein  28.37 
 
 		 153 aa  52  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.155172  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13390  SUF system FeS assembly protein, NifU family  25.9 
 
 		 163 aa  52  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00685407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2485  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.37 
 
 		 153 aa  52  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2476  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.37 
 
 		 153 aa  51.6  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2387  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29.08 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.212849  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1002  SUF system FeS assembly protein, NifU family  25 
 
 		 141 aa  52  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0651104  normal  0.492699 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0656  hypothetical protein  26.67 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0640  hypothetical protein  27.12 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0165  SUF system FeS assembly protein  25 
 
 		 140 aa  51.2  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2229  SUF system FeS assembly protein, NifU family  25 
 
 		 151 aa  51.6  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000771916  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0408  NifU family SUF system FeS assembly protein  28.57 
 
 		 131 aa  51.6  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11493  nitrogen fixation-like protein  26.24 
 
 		 162 aa  51.2  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220118  normal  0.138949 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2313  SUF system FeS assembly protein  26.09 
 
 		 147 aa  50.8  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.960672 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1139  NifU family SUF system FeS assembly protein  23.74 
 
 		 157 aa  50.4  0.000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.039211 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2486  SUF system FeS assembly protein  27.36 
 
 		 150 aa  50.4  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3280  SUF system FeS assembly protein, NifU family  30.12 
 
 		 149 aa  49.7  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.182981  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1793  NifU-like domain-containing protein  24.24 
 
 		 163 aa  50.1  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.310093  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08890  nitrogen-fixing NifU domain protein  25.84 
 
 		 138 aa  49.3  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000453527  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2737  NifU family SUF system FeS assembly protein  25 
 
 		 153 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.556546 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2069  SUF system FeS assembly protein, NifU family  24.64 
 
 		 155 aa  48.9  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.420514  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0221  NifU family protein  22.96 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0047  NifU family SUF system FeS assembly protein  19.53 
 
 		 135 aa  47.4  0.00006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1859  NifU-like protein  24.72 
 
 		 122 aa  47  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319001  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0894  NifU family SUF system FeS assembly protein  23.91 
 
 		 153 aa  47  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0702679  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0219  SUF system FeS assembly protein, NifU family  26.53 
 
 		 139 aa  47  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2850  NifU family SUF system FeS assembly protein  24.82 
 
 		 159 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3673  NifU family SUF system FeS assembly protein  25.53 
 
 		 155 aa  47  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.905267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0652  NifU family SUF system FeS assembly protein  23.66 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2339  SUF system FeS assembly protein, NifU family  24.82 
 
 		 159 aa  46.6  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000980785  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1409  NifU-like domain-containing protein  26.67 
 
 		 131 aa  46.2  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.817294  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1833  SUF system FeS assembly protein, NifU family  29 
 
 		 143 aa  45.8  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>