More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0520 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0520  two component response regulator  100 
 
 		 133 aa  268  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2902  response regulator receiver  37.27 
 
 		 350 aa  83.6  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.1984  normal  0.246098 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0838  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.59 
 
 		 378 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.8404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00070  Two-component system response regulator RpfG  33.9 
 
 		 353 aa  78.6  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0844737  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1183  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.07 
 
 		 363 aa  77  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1773  DNA-binding response regulator  37.04 
 
 		 224 aa  77  0.00000000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0523  Response regulator protein  33.88 
 
 		 359 aa  76.3  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1613  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.42 
 
 		 487 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.350204  hitchhiker  0.000130728 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  37.96 
 
 		 455 aa  74.3  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1828  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  31.36 
 
 		 379 aa  73.6  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.723665 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0150  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.5 
 
 		 369 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.245203 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0206  metal-dependent phosphohydrolase  37.5 
 
 		 369 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.44114  normal  0.760724 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2655  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  37.38 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0458  response regulator receiver protein  33.05 
 
 		 384 aa  73.2  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0164  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 125 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.498492 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0399  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.05 
 
 		 384 aa  73.2  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4963  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  37.39 
 
 		 1122 aa  72  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.341676 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3169  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  31.93 
 
 		 353 aa  70.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821118  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1782  sensor histidine kinase/response regulator  33.98 
 
 		 783 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1429  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 122 aa  69.7  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.275463 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  33.94 
 
 		 1179 aa  68.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3612  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.98 
 
 		 796 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463414  normal  0.719468 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4954  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 1016 aa  69.3  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0561599 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1943  histidine kinase  34.19 
 
 		 647 aa  68.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.539019  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3577  two component transcriptional regulator  36.92 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02260  putative two-component response regulator  35.24 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.797803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15460  membrane sensor hybrid histidine protein kinase  34.62 
 
 		 772 aa  68.2  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.361903  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4319  Metal dependent phosphohydrolase with a response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 382 aa  68.2  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0993  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.250481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2066  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 		 1167 aa  68.6  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.082343  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 		 397 aa  68.6  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  32.76 
 
 		 785 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0259  putative two-component response regulator  35.24 
 
 		 121 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  34.95 
 
 		 785 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  34.95 
 
 		 785 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5573  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 		 1203 aa  67.8  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.805596  normal  0.315829 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0081  two component transcriptional regulator, AraC family  33.9 
 
 		 399 aa  67.8  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  34.45 
 
 		 457 aa  67.8  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0227  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  36.67 
 
 		 236 aa  67.8  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  32.77 
 
 		 234 aa  67.8  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1861  putative PAS/PAC sensor protein  31.03 
 
 		 280 aa  67.4  0.00000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.372386  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0987  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 451 aa  67.4  0.00000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0332728  normal  0.408822 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3979  histidine kinase  34.95 
 
 		 778 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.405731  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  33.9 
 
 		 785 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0987  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 		 846 aa  66.6  0.00000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.594505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  36.75 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4224  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 877 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  33.61 
 
 		 457 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0118  response regulator receiver domain-containing protein  32.46 
 
 		 125 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1679  two component transcriptional regulator  35.45 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  33.61 
 
 		 457 aa  66.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0986  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 131 aa  66.6  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491936 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3816  response regulator receiver protein  32.46 
 
 		 125 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2120  chemotaxis protein CheY  33.96 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5599  response regulator receiver  36.45 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.833931  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3427  response regulator receiver protein  31.3 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.296723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4427  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 772 aa  65.5  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4076  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 		 876 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2626  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.77 
 
 		 392 aa  65.9  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2094  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.911812 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1646  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 		 391 aa  65.1  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.930467  normal  0.0178265 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0147  chemotaxis protein CheY  32.69 
 
 		 119 aa  65.5  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2219  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 121 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3871  two-component response regulator CheY  32.17 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0838142  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1880  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 121 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.578036 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 272 aa  65.1  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45620  two-component response regulator CheY  32.17 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.028564  normal  0.20809 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0813  hybrid sensory histidine kinase BarA  28.81 
 
 		 922 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325502  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2111  Fis family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 230 aa  64.7  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  36.19 
 
 		 1287 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.9 
 
 		 1251 aa  64.7  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3357  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.356565  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1277  two component transcriptional regulator  33.9 
 
 		 233 aa  64.3  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0649233  normal  0.253886 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3298  response regulator receiver protein  26.72 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2365  response regulator receiver protein  31.78 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00457125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2097  response regulator receiver protein  31.78 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.371893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1509  response regulator receiver protein  32.04 
 
 		 137 aa  64.3  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2331  sensor histidine kinase/response regulator  33.98 
 
 		 779 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2248  response regulator receiver protein  31.78 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3894  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  32.5 
 
 		 353 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109719  normal  0.416002 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0790  hybrid sensory histidine kinase BarA  26.77 
 
 		 906 aa  64.3  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.437862  normal  0.397369 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1974  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 127 aa  64.3  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.48 
 
 		 763 aa  63.9  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 469 aa  63.9  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_9098  predicted protein  32.77 
 
 		 118 aa  63.9  0.0000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.54 
 
 		 1352 aa  63.9  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0181  response regulator receiver protein  29.91 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0168  response regulator receiver protein  29.91 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2163  response regulator receiver domain-containing protein  31.3 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0476  response regulator receiver protein  30.43 
 
 		 133 aa  63.5  0.0000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3436  response regulator receiver  33.04 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.169643  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2891  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.62 
 
 		 858 aa  63.5  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.432629 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.75 
 
 		 932 aa  63.2  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3690  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 		 833 aa  62.8  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0862317  normal  0.782884 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.07 
 
 		 1301 aa  62.8  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0237  response regulator receiver protein  29.91 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.235206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2852  response regulator receiver protein  29.91 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27550  putative sensor/response regulator hybrid  33.98 
 
 		 786 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00922112 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0255  response regulator receiver protein  29.91 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.308564  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>