More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0339 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0339  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 
179 aa  374  1e-103  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03980  peptidyl-tRNA hydrolase  48.86 
 
 
185 aa  178  4e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.469192 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2760  peptidyl-tRNA hydrolase  42.46 
 
 
185 aa  162  2.0000000000000002e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0653  peptidyl-tRNA hydrolase  43.18 
 
 
189 aa  157  7e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0417  peptidyl-tRNA hydrolase  41.48 
 
 
213 aa  155  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0782  peptidyl-tRNA hydrolase  40.11 
 
 
195 aa  154  4e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.229787 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21920  peptidyl-tRNA hydrolase  45.68 
 
 
190 aa  152  2e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00516718 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3951  peptidyl-tRNA hydrolase  41.48 
 
 
197 aa  152  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.72777  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3152  peptidyl-tRNA hydrolase  44.32 
 
 
209 aa  150  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.936943  normal  0.265918 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0171  peptidyl-tRNA hydrolase  42.61 
 
 
198 aa  148  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4633  peptidyl-tRNA hydrolase  41.01 
 
 
192 aa  146  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.557373 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4254  peptidyl-tRNA hydrolase  41.01 
 
 
192 aa  146  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4340  peptidyl-tRNA hydrolase  41.01 
 
 
192 aa  146  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480593  normal  0.292105 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8605  Aminoacyl-tRNA hydrolase  41.48 
 
 
201 aa  145  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1938  peptidyl-tRNA hydrolase  41.53 
 
 
192 aa  144  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.18819  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4788  peptidyl-tRNA hydrolase  39.78 
 
 
192 aa  142  4e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140463  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4550  peptidyl-tRNA hydrolase  41.57 
 
 
195 aa  140  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.9788 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3210  peptidyl-tRNA hydrolase  42.7 
 
 
194 aa  139  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1944  peptidyl-tRNA hydrolase  39.77 
 
 
196 aa  137  6e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1054  Aminoacyl-tRNA hydrolase  39.89 
 
 
198 aa  137  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32390  peptidyl-tRNA hydrolase  42.37 
 
 
199 aa  136  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.438107 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30140  peptidyl-tRNA hydrolase  40.45 
 
 
202 aa  136  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.601869 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0912  peptidyl-tRNA hydrolase  37.85 
 
 
217 aa  135  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2819  aminoacyl-tRNA hydrolase  39.2 
 
 
193 aa  135  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112866  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1940  peptidyl-tRNA hydrolase  42.61 
 
 
205 aa  134  7.000000000000001e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1292  peptidyl-tRNA hydrolase  39.55 
 
 
213 aa  133  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1000  peptidyl-tRNA hydrolase  39.77 
 
 
206 aa  133  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0990  peptidyl-tRNA hydrolase  40.45 
 
 
199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.532871  hitchhiker  0.0022816 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1595  peptidyl-tRNA hydrolase  38.89 
 
 
192 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03510  peptidyl-tRNA hydrolase  40.56 
 
 
202 aa  132  3e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.584729 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05520  peptidyl-tRNA hydrolase  41.48 
 
 
191 aa  132  3e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1290  peptidyl-tRNA hydrolase  40.11 
 
 
196 aa  132  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000493335 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0675  peptidyl-tRNA hydrolase  43.21 
 
 
198 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000361482  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2504  peptidyl-tRNA hydrolase  40.46 
 
 
188 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00873234  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11032  peptidyl-tRNA hydrolase  43.58 
 
 
191 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0914  peptidyl-tRNA hydrolase  40.22 
 
 
195 aa  128  4.0000000000000003e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0822526  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21210  Aminoacyl-tRNA hydrolase  43.14 
 
 
187 aa  128  4.0000000000000003e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000292391  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0175  peptidyl-tRNA hydrolase  39.33 
 
 
182 aa  127  6e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.967698  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5242  peptidyl-tRNA hydrolase  42.76 
 
 
203 aa  125  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0209  peptidyl-tRNA hydrolase  46.79 
 
 
196 aa  124  7e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1220  peptidyl-tRNA hydrolase  37.5 
 
 
194 aa  124  8.000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0091  peptidyl-tRNA hydrolase  37.58 
 
 
193 aa  123  1e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0007  peptidyl-tRNA hydrolase  41.94 
 
 
191 aa  122  4e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0070  aminoacyl-tRNA hydrolase  36.99 
 
 
183 aa  121  5e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2056  peptidyl-tRNA hydrolase  36.99 
 
 
214 aa  121  6e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2522  peptidyl-tRNA hydrolase  38.15 
 
 
192 aa  120  8e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0149301  normal  0.177259 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0141  peptidyl-tRNA hydrolase  36.59 
 
 
198 aa  120  8e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0676  peptidyl-tRNA hydrolase  44 
 
 
213 aa  120  9e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2704  peptidyl-tRNA hydrolase  40.78 
 
 
202 aa  120  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  40.35 
 
 
186 aa  119  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5260  peptidyl-tRNA hydrolase  37.64 
 
 
207 aa  119  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1058  peptidyl-tRNA hydrolase  44.37 
 
 
187 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0054523  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0884  peptidyl-tRNA hydrolase  37.84 
 
 
206 aa  118  3.9999999999999996e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.202868 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1538  peptidyl-tRNA hydrolase  40.44 
 
 
188 aa  118  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0057  peptidyl-tRNA hydrolase  37.64 
 
 
207 aa  118  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0060  peptidyl-tRNA hydrolase  37.64 
 
 
207 aa  118  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0394  peptidyl-tRNA hydrolase  42.38 
 
 
192 aa  117  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248474  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0056  peptidyl-tRNA hydrolase  37.64 
 
 
207 aa  118  6e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1729  peptidyl-tRNA hydrolase  38.51 
 
 
214 aa  117  7e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0046  peptidyl-tRNA hydrolase  37.64 
 
 
186 aa  117  7e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0109  aminoacyl-tRNA hydrolase  43.88 
 
 
206 aa  117  7e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000213906  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0006  peptidyl-tRNA hydrolase  37.29 
 
 
189 aa  117  7e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3987  peptidyl-tRNA hydrolase  39.33 
 
 
221 aa  117  7.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.819406  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0778  peptidyl-tRNA hydrolase  41.91 
 
 
199 aa  117  9e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.881763  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0049  peptidyl-tRNA hydrolase  37.64 
 
 
210 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0050  peptidyl-tRNA hydrolase  37.08 
 
 
186 aa  116  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  37.08 
 
 
186 aa  116  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0050  peptidyl-tRNA hydrolase  37.08 
 
 
186 aa  116  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  37.08 
 
 
207 aa  116  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0656  aminoacyl-tRNA hydrolase  36.87 
 
 
199 aa  116  1.9999999999999998e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5435  peptidyl-tRNA hydrolase  40.13 
 
 
207 aa  116  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1454  Aminoacyl-tRNA hydrolase  39.76 
 
 
229 aa  115  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00118085  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0105  peptidyl-tRNA hydrolase  37.91 
 
 
186 aa  115  3e-25  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0048  peptidyl-tRNA hydrolase  39.74 
 
 
186 aa  115  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1001  peptidyl-tRNA hydrolase  37.08 
 
 
217 aa  115  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1354  peptidyl-tRNA hydrolase  39.33 
 
 
193 aa  115  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0119  peptidyl-tRNA hydrolase  40 
 
 
185 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000476771  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0489  peptidyl-tRNA hydrolase  41.42 
 
 
202 aa  115  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00415538 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  35.03 
 
 
186 aa  114  6.9999999999999995e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0949  peptidyl-tRNA hydrolase  41.45 
 
 
216 aa  114  8.999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803923  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0010  peptidyl-tRNA hydrolase  35.03 
 
 
188 aa  114  1.0000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0735  aminoacyl-tRNA hydrolase  34.09 
 
 
196 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0068065 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13420  peptidyl-tRNA hydrolase  38.07 
 
 
204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.1854  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3654  peptidyl-tRNA hydrolase  38 
 
 
201 aa  112  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000443892  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4503  peptidyl-tRNA hydrolase  37.17 
 
 
217 aa  112  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2808  peptidyl-tRNA hydrolase  39.22 
 
 
188 aa  111  5e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2002  peptidyl-tRNA hydrolase  39.55 
 
 
191 aa  111  7.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000950894  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0954  peptidyl-tRNA hydrolase  40.11 
 
 
188 aa  110  8.000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000191784  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0947  peptidyl-tRNA hydrolase  38.56 
 
 
235 aa  110  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0524  peptidyl-tRNA hydrolase  32.95 
 
 
190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1688  peptidyl-tRNA hydrolase  37.33 
 
 
189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4347  peptidyl-tRNA hydrolase  41.45 
 
 
210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4839  peptidyl-tRNA hydrolase  37.91 
 
 
206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881086  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0537  peptidyl-tRNA hydrolase  32.95 
 
 
190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2256  aminoacyl-tRNA hydrolase  37.64 
 
 
205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0791  aminoacyl-tRNA hydrolase  34.09 
 
 
196 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2393  peptidyl-tRNA hydrolase  37.25 
 
 
203 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.676163  normal  0.0126992 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2128  peptidyl-tRNA hydrolase  40 
 
 
201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000328007  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_7303  predicted protein  36.46 
 
 
189 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00433512  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3612  peptidyl-tRNA hydrolase  42.76 
 
 
213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.821004 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>