157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0016 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03930  tRNA-Leu  88 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.323801 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0005  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0030  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.931427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0032  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0003  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0071  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.690951  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0024  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0040  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000876767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  95 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0067  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0046  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0038  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0047  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0013  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.111506  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0034  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0047  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0015  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.418759  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0037  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0027  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.161341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0017  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000565003  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0038  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0016  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0184  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0032  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0029  tRNA-Leu  82.72 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00150369  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0043  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0025  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0019  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.123367  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000696773  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1225  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000848373  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0020  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0043  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021552  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0036  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0012  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.243328 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0002  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309098  tRNA-Leu  85.33 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0031  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.926824 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0036  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>