199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0997 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  75.63 
 
 
437 aa  635    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  100 
 
 
406 aa  829    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  34.52 
 
 
415 aa  207  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  33.42 
 
 
429 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  33.17 
 
 
429 aa  203  6e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  32.72 
 
 
422 aa  202  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  33.01 
 
 
431 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  33.25 
 
 
435 aa  197  3e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  33.51 
 
 
433 aa  196  5.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  31.93 
 
 
428 aa  194  3e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  34.18 
 
 
429 aa  192  9e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  33.07 
 
 
426 aa  189  9e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  32.12 
 
 
427 aa  188  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.13 
 
 
431 aa  188  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.88 
 
 
431 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  32.07 
 
 
421 aa  187  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.62 
 
 
433 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  33.51 
 
 
432 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  33.42 
 
 
432 aa  183  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  39.69 
 
 
420 aa  182  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  32.39 
 
 
421 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  32.13 
 
 
421 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  32.76 
 
 
435 aa  179  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  28.53 
 
 
412 aa  172  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  32.74 
 
 
421 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  31.24 
 
 
423 aa  168  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  28.14 
 
 
435 aa  160  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  29.47 
 
 
427 aa  155  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  29.59 
 
 
398 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  28.21 
 
 
398 aa  150  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  27.94 
 
 
405 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  27.72 
 
 
396 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  28.64 
 
 
389 aa  105  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  32.81 
 
 
392 aa  93.2  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 
363 aa  77  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  22.7 
 
 
359 aa  67.8  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  25.41 
 
 
345 aa  67  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3847  extracellular solute-binding protein  22.43 
 
 
366 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.11 
 
 
348 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.11 
 
 
348 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  21.85 
 
 
349 aa  62.4  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
354 aa  61.2  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 
363 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 
367 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  21.76 
 
 
350 aa  59.7  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 
396 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 
374 aa  58.9  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
365 aa  58.9  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8146  spermidine/putrescine binding protein of ABC transporter  25.08 
 
 
371 aa  58.9  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00458388  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.09 
 
 
367 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  22.01 
 
 
360 aa  57  0.0000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 
363 aa  56.2  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25 
 
 
345 aa  54.3  0.000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 
348 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 
362 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  22.86 
 
 
389 aa  53.5  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  22.5 
 
 
363 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
357 aa  53.5  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
357 aa  53.5  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  21.63 
 
 
362 aa  53.1  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.45 
 
 
345 aa  53.1  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.09 
 
 
374 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.81 
 
 
367 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 
357 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  21.91 
 
 
405 aa  51.6  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  19.18 
 
 
369 aa  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 
396 aa  51.2  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 
355 aa  51.6  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  21.79 
 
 
375 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.84 
 
 
348 aa  51.6  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  21.99 
 
 
364 aa  51.2  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  24.48 
 
 
412 aa  50.8  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.35 
 
 
347 aa  50.8  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3137  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 
393 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.713269  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  23.47 
 
 
365 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  20.48 
 
 
369 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  22.56 
 
 
369 aa  50.4  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  21.56 
 
 
369 aa  50.4  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  22.51 
 
 
365 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 
383 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.754568 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.32 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  27.32 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.32 
 
 
348 aa  48.9  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.32 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  21.53 
 
 
381 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.32 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  25.93 
 
 
360 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  22.49 
 
 
360 aa  49.3  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.05 
 
 
363 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.32 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.32 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3388  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 
393 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  27.32 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.32 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.32 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  22.76 
 
 
360 aa  48.9  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 
362 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.32 
 
 
348 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.32 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 
357 aa  48.5  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>