More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4738 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  100 
 
 		 303 aa  612  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  59.18 
 
 		 303 aa  344  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  57.59 
 
 		 302 aa  342  4e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  60.63 
 
 		 302 aa  340  1e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  54.76 
 
 		 307 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  54.24 
 
 		 314 aa  304  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  51.92 
 
 		 304 aa  294  1e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  52.23 
 
 		 305 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  52.67 
 
 		 310 aa  287  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  51.96 
 
 		 293 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  52.5 
 
 		 300 aa  275  6e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  49.65 
 
 		 313 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  52.13 
 
 		 301 aa  263  4e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  50.36 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 293 aa  256  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  51.49 
 
 		 275 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  47.27 
 
 		 293 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  48.92 
 
 		 297 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  51.08 
 
 		 301 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  42.9 
 
 		 314 aa  243  3e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  50.36 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  49.47 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  42.14 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  44.56 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  41.3 
 
 		 326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  48.25 
 
 		 292 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  45.02 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  43.25 
 
 		 303 aa  229  3e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  45.12 
 
 		 303 aa  227  1e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  44.88 
 
 		 362 aa  224  1e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  43.14 
 
 		 299 aa  218  7.999999999999999e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  41.55 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  40.21 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  42.05 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  40.49 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  40.56 
 
 		 312 aa  215  7e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  40.14 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.23 
 
 		 348 aa  214  9.999999999999999e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  39.86 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  41.76 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  41.91 
 
 		 312 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  40.64 
 
 		 312 aa  210  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  44.22 
 
 		 302 aa  211  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  42.53 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  42.91 
 
 		 285 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  42.32 
 
 		 286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  46.22 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  40.14 
 
 		 317 aa  186  4e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  35.69 
 
 		 313 aa  185  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  52.2 
 
 		 206 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  41.78 
 
 		 287 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  41.78 
 
 		 287 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  41.78 
 
 		 287 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  39.03 
 
 		 304 aa  178  8e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  39.12 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.39 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.14 
 
 		 254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.16 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  28.68 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  27.61 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  28.74 
 
 		 306 aa  99.4  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  28.74 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2969  pseudouridine synthase, RluA family  27.24 
 
 		 623 aa  97.4  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  31.84 
 
 		 313 aa  92.4  9e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  29.17 
 
 		 217 aa  89.4  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  30.84 
 
 		 211 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  32.23 
 
 		 578 aa  88.6  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  26.55 
 
 		 336 aa  88.2  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0004  pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000105413 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.71 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  26.94 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  28.74 
 
 		 338 aa  88.2  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  29.49 
 
 		 246 aa  87.8  2e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  30.37 
 
 		 211 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  31.88 
 
 		 329 aa  86.7  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  30.41 
 
 		 567 aa  86.7  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  30.37 
 
 		 211 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  32.37 
 
 		 560 aa  85.1  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.17 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  32.67 
 
 		 207 aa  85.5  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  31.63 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  35.45 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  31.07 
 
 		 579 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.81 
 
 		 213 aa  85.1  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.26 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.86 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  30.84 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  32.57 
 
 		 525 aa  84  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  27.05 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  27.88 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  30.43 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  29.77 
 
 		 567 aa  83.6  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.72 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  27.23 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 566 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  35.59 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  30.52 
 
 		 225 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>