More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4484 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_3614  formyl-coenzyme A transferase  81.11 
 
 		 415 aa  703    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0640  formyl-coenzyme A transferase  78.74 
 
 		 415 aa  699    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  100 
 
 		 416 aa  863    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  78.37 
 
 		 425 aa  666    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2789  formyl-CoA transferase  75.72 
 
 		 425 aa  643    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3427  formyl-coenzyme A transferase  78.12 
 
 		 425 aa  663    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2155  formyl-coenzyme A transferase  77.78 
 
 		 425 aa  657    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1854  formyl-coenzyme A transferase  78.12 
 
 		 426 aa  661    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8713  formyl-coenzyme A transferase  75.72 
 
 		 425 aa  642    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.670256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2803  formyl-coenzyme A transferase  90.58 
 
 		 415 aa  786    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2267  formyl-coenzyme A transferase  83.82 
 
 		 415 aa  729    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6032  formyl-coenzyme A transferase  83.82 
 
 		 415 aa  726    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.763483 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4823  formyl-coenzyme A transferase  75.72 
 
 		 425 aa  639    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00285231  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4694  formyl-coenzyme A transferase  81.11 
 
 		 415 aa  703    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.437044  normal  0.0320891 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2027  formyl-coenzyme A transferase  78.61 
 
 		 425 aa  670    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2571  formyl-coenzyme A transferase  76.44 
 
 		 425 aa  646    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.474909  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2499  formyl-CoA transferase  77.05 
 
 		 412 aa  681    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934756  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1157  formyl-CoA transferase  74.58 
 
 		 429 aa  638    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.766519  normal  0.43923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1217  formyl-CoA transferase  74.22 
 
 		 429 aa  632  1e-180  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.345062 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1378  formyl-CoA transferase  74.22 
 
 		 429 aa  633  1e-180  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.712903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  74.46 
 
 		 425 aa  632  1e-180  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3617  formyl-coenzyme A transferase  68.43 
 
 		 416 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.200752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6741  formyl-coenzyme A transferase  67.8 
 
 		 416 aa  568  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.679038 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4663  formyl-coenzyme A transferase  68.2 
 
 		 416 aa  569  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0489  formyl-coenzyme A transferase  67.63 
 
 		 417 aa  570  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0638  formyl-coenzyme A transferase  67.4 
 
 		 416 aa  565  1e-160  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2760  formyl-coenzyme A transferase  67.8 
 
 		 416 aa  567  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4052  formyl-coenzyme A transferase  67.95 
 
 		 416 aa  567  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.739861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5582  formyl-coenzyme A transferase  67.8 
 
 		 416 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.392607 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1367  formyl-coenzyme A transferase  67.07 
 
 		 416 aa  560  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4840  formyl-coenzyme A transferase  67.71 
 
 		 416 aa  561  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284165  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1207  formyl-coenzyme A transferase  67.07 
 
 		 416 aa  560  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0710009 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1146  formyl-coenzyme A transferase  66.59 
 
 		 416 aa  559  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4486  formyl-coenzyme A transferase  64.3 
 
 		 423 aa  538  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2801  formyl-coenzyme A transferase  63.59 
 
 		 423 aa  535  1e-151  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365022  normal  0.557329 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02284  formyl-coenzyme A transferase  63.13 
 
 		 416 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1283  formyl-CoA transferase  63.13 
 
 		 416 aa  523  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2524  formyl-coenzyme A transferase  63.13 
 
 		 416 aa  523  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.494058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3606  formyl-coenzyme A transferase  63.13 
 
 		 416 aa  523  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2511  formyl-coenzyme A transferase  63.13 
 
 		 416 aa  523  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479078  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1295  formyl-coenzyme A transferase  63.13 
 
 		 416 aa  523  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02245  hypothetical protein  63.13 
 
 		 416 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2743  formyl-coenzyme A transferase  63.13 
 
 		 416 aa  522  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2662  formyl-coenzyme A transferase  63.13 
 
 		 416 aa  523  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2501  formyl-CoA transferase  62.86 
 
 		 425 aa  519  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4361  formyl-coenzyme A transferase  60.58 
 
 		 410 aa  513  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0378127 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3108  putative formyl-CoA transferase  75.46 
 
 		 334 aa  504  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4669  formyl-coenzyme A transferase  58.65 
 
 		 410 aa  504  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4121  formyl-CoA transferase  58.94 
 
 		 409 aa  489  1e-137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1246  formyl-coenzyme A transferase  54.83 
 
 		 409 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0826548 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1217  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.66 
 
 		 290 aa  421  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.263756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0247  formyl-coenzyme A transferase  47.61 
 
 		 452 aa  375  1e-103  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000134335 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0495  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.79 
 
 		 284 aa  282  7.000000000000001e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000445287  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.05 
 
 		 407 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.68 
 
 		 406 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.36 
 
 		 413 aa  228  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.4 
 
 		 415 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4517  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.91 
 
 		 395 aa  224  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.21 
 
 		 395 aa  224  3e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.45 
 
 		 395 aa  221  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.36 
 
 		 423 aa  219  5e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.61 
 
 		 409 aa  218  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.61 
 
 		 426 aa  214  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.98 
 
 		 423 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.95 
 
 		 418 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.95 
 
 		 418 aa  212  7.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  33.81 
 
 		 396 aa  211  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 		 811 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 		 811 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  34.04 
 
 		 577 aa  210  4e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  32.75 
 
 		 395 aa  210  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  34.04 
 
 		 544 aa  210  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  34.04 
 
 		 568 aa  210  4e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  34.04 
 
 		 406 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  34.04 
 
 		 406 aa  209  5e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  34.04 
 
 		 406 aa  209  5e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6128  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.81 
 
 		 406 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.18 
 
 		 415 aa  209  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  34.04 
 
 		 406 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.81 
 
 		 410 aa  209  7e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  35.03 
 
 		 413 aa  209  8e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  34.12 
 
 		 406 aa  209  9e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.57 
 
 		 411 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.33 
 
 		 413 aa  208  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.3 
 
 		 407 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.99 
 
 		 419 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  33.41 
 
 		 406 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  33.82 
 
 		 407 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.73 
 
 		 429 aa  207  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.57 
 
 		 406 aa  206  6e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325325  normal  0.516213 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.1 
 
 		 452 aa  206  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 		 416 aa  206  9e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.24 
 
 		 407 aa  206  9e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  34.13 
 
 		 396 aa  206  9e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  33.73 
 
 		 416 aa  205  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.45 
 
 		 407 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  33.57 
 
 		 396 aa  205  1e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.54 
 
 		 416 aa  205  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  32.77 
 
 		 401 aa  205  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  34.45 
 
 		 423 aa  204  2e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>