More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4353 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4353  ABC transporter related  100 
 
 
276 aa  559  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.762556  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0138  ABC transporter related  75.69 
 
 
308 aa  400  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.574829  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6473  putative oligopeptide ABC transporter (ATP binding protein)  73.38 
 
 
350 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.163733  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0817  ABC transporter related  71.71 
 
 
285 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0888  ABC transporter related  71.71 
 
 
285 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.927633  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5440  ABC transporter related  69.7 
 
 
285 aa  361  6e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.574326  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3617  ABC transporter-related protein  72.52 
 
 
289 aa  355  3.9999999999999996e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.606564  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1292  ABC transporter related  59.54 
 
 
282 aa  319  3e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0488564  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1008  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  59.54 
 
 
282 aa  317  2e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.462134  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0950  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  60.08 
 
 
276 aa  317  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4908  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.29 
 
 
334 aa  283  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3859  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.67 
 
 
334 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.712136  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3991  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.9 
 
 
334 aa  281  6.000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0053  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.47 
 
 
336 aa  281  7.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.146375  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0142  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.29 
 
 
329 aa  281  7.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4032  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.29 
 
 
334 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3946  dipeptide transporter ATP-binding subunit  53.28 
 
 
337 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0840867  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4006  dipeptide transporter ATP-binding subunit  53.28 
 
 
337 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3824  dipeptide transporter ATP-binding subunit  53.28 
 
 
337 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3902  dipeptide transporter ATP-binding subunit  53.28 
 
 
337 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3838  dipeptide transporter ATP-binding subunit  53.28 
 
 
337 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0110  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.88 
 
 
342 aa  280  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03391  dipeptide transporter  52.51 
 
 
334 aa  280  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0172  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.51 
 
 
334 aa  280  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3739  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.51 
 
 
334 aa  280  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03342  hypothetical protein  52.51 
 
 
334 aa  280  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0175  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.51 
 
 
334 aa  280  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0048  dipeptide transporter ATP-binding subunit  53.41 
 
 
336 aa  279  4e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4094  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.47 
 
 
335 aa  278  5e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4060  dipeptide transporter ATP-binding subunit  50.94 
 
 
358 aa  277  1e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0092  dipeptide transporter ATP-binding subunit  50.94 
 
 
358 aa  277  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4071  dipeptide transporter ATP-binding subunit  50.94 
 
 
358 aa  277  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0727  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  52.14 
 
 
308 aa  277  2e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0570  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  52.53 
 
 
308 aa  276  2e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0573  ABC transporter related  52.53 
 
 
308 aa  277  2e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0788  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  52.14 
 
 
308 aa  276  3e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0634106  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0716  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  52.14 
 
 
308 aa  275  4e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000233806 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0626  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  52.14 
 
 
308 aa  275  4e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0569  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  52.14 
 
 
308 aa  275  4e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187494  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0659  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  52.14 
 
 
308 aa  275  4e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.575275  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2262  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  54.05 
 
 
322 aa  275  5e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0262403  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3903  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.53 
 
 
339 aa  275  5e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.62068  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4180  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.81 
 
 
346 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217301 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0188  dipeptide transporter ATP-binding subunit  51.15 
 
 
337 aa  274  1.0000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0215713  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3800  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.45 
 
 
346 aa  272  3e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3307  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  51.71 
 
 
349 aa  272  4.0000000000000004e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.595916  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0588  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  54.24 
 
 
338 aa  271  1e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.861389  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5646  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  56.42 
 
 
330 aa  270  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0478  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.58 
 
 
321 aa  271  1e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000015743  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5120  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.73 
 
 
323 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8930  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  51.5 
 
 
337 aa  270  2e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58490  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.73 
 
 
323 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0417  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.54 
 
 
327 aa  268  5.9999999999999995e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.777417  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1243  ABC transporter related  52.96 
 
 
575 aa  268  5.9999999999999995e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0434  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.33 
 
 
328 aa  268  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.84761  normal  0.118426 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0554  ABC transporter-related protein  50.58 
 
 
308 aa  267  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12500  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  50.38 
 
 
354 aa  267  1e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.96533  normal  0.120346 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0837  dipeptide transporter ATP-binding subunit  51.95 
 
 
323 aa  266  4e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0426  dipeptide transporter ATP-binding subunit  54.05 
 
 
317 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.153009 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2815  dipeptide transporter ATP-binding subunit  53.88 
 
 
339 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.717135  normal  0.0541918 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0222  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  49.03 
 
 
336 aa  265  8e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0235  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  49.03 
 
 
336 aa  265  8e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1863  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  53.41 
 
 
331 aa  265  8e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.515218  normal  0.136919 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5092  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATP-binding protein  53.28 
 
 
337 aa  265  8.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00111978  normal  0.642799 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0245  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
321 aa  264  1e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0213  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
321 aa  264  1e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4242  dipeptide transporter ATP-binding subunit  51.17 
 
 
324 aa  264  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.410741  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0906  putative ATP-binding component of dipeptide transport system  51.56 
 
 
330 aa  264  1e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0105903  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0680  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.69 
 
 
332 aa  264  1e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0252  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
321 aa  263  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0777  ABC transporter related  57.09 
 
 
527 aa  263  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.501487  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5076  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
321 aa  263  2e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.831918  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0818  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.52 
 
 
362 aa  263  2e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0270  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
321 aa  264  2e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0249  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
321 aa  263  2e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00158966  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1292  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.39 
 
 
352 aa  263  3e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00715286  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3117  ABC type ATPase  53.14 
 
 
331 aa  263  3e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0682716 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0180  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.81 
 
 
478 aa  263  3e-69  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0209  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  48.65 
 
 
321 aa  262  4e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04940  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.39 
 
 
326 aa  262  4e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00804417  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1062  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.94 
 
 
336 aa  262  4e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0486  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.12 
 
 
329 aa  262  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1582  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, putative  49.62 
 
 
282 aa  262  6e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.322929  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0917  dipeptide transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
322 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.400518  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0248  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.27 
 
 
443 aa  262  6e-69  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3544  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.05 
 
 
328 aa  261  6.999999999999999e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4300  dipeptide transporter ATP-binding subunit  50.39 
 
 
322 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1164  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.06 
 
 
329 aa  261  8.999999999999999e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0878  dipeptide transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
322 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1371  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.17 
 
 
338 aa  261  1e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.116668  normal  0.025409 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0921  dipeptide transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
322 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.918451  normal  0.93527 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7775  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.95 
 
 
419 aa  261  1e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2366  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.09 
 
 
332 aa  261  1e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.343189  normal  0.406772 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3107  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.58 
 
 
328 aa  260  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.170361  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0393  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.37 
 
 
323 aa  260  1e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0218  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.37 
 
 
905 aa  260  1e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0707728  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1094  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.58 
 
 
332 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00802536  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0394  dipeptide transporter ATP-binding subunit  52.9 
 
 
317 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193411 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1147  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  52.14 
 
 
336 aa  260  2e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.314064 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2838  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.19 
 
 
328 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.840124 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>