More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3168 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3168  short chain dehydrogenase  100 
 
 
283 aa  568  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4505  short chain dehydrogenase  79.7 
 
 
269 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.15196  normal  0.998314 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4637  short chain dehydrogenase  79.7 
 
 
269 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0597104  normal  0.0798604 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0958  short chain dehydrogenase  76.89 
 
 
265 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3574  short chain dehydrogenase  76.32 
 
 
267 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.11528  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3688  short chain dehydrogenase  76.15 
 
 
265 aa  389  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.332248  normal  0.888803 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4238  short chain dehydrogenase  63.88 
 
 
268 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0180  short chain dehydrogenase  61.98 
 
 
269 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5596  short chain dehydrogenase  63.91 
 
 
265 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329102 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3663  short chain dehydrogenase  63.91 
 
 
265 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4704  short chain dehydrogenase  63.91 
 
 
265 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000843868  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4098  short chain dehydrogenase  63.12 
 
 
265 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.474708 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7064  short chain dehydrogenase  61.6 
 
 
265 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1110  short chain dehydrogenase  62.36 
 
 
265 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0177225  normal  0.229286 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4563  short chain dehydrogenase  62.74 
 
 
265 aa  322  4e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00447639  hitchhiker  0.00143466 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3989  short chain dehydrogenase  61.65 
 
 
265 aa  319  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.826773  normal  0.0182099 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1331  short chain dehydrogenase  61.6 
 
 
265 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0314  short chain dehydrogenase  61.6 
 
 
265 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.265928  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0590  short chain dehydrogenase  61.6 
 
 
265 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155951  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0977  short chain dehydrogenase  61.6 
 
 
265 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2499  short chain dehydrogenase  61.6 
 
 
265 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1312  short chain dehydrogenase  61.6 
 
 
265 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.445214  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1239  short chain dehydrogenase  61.6 
 
 
265 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.363004  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1496  short chain dehydrogenase  60.46 
 
 
260 aa  311  1e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0140  short chain dehydrogenase  57.31 
 
 
264 aa  291  7e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3959  short chain dehydrogenase  55.13 
 
 
264 aa  283  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0822  short chain dehydrogenase  58.62 
 
 
262 aa  271  7e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00305292  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
260 aa  155  8e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
259 aa  151  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
362 aa  144  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00359465  normal  0.191358 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
294 aa  127  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 
254 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 
263 aa  119  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
269 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
269 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  35.98 
 
 
259 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 
252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3004  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 
268 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
254 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
255 aa  115  8.999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.65 
 
 
251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
261 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32556  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
261 aa  113  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0610  putative short-chain dehydrogenase/reductase  31.97 
 
 
286 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0678259 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.15 
 
 
263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
249 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 
259 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
268 aa  112  5e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0458  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.03 
 
 
245 aa  112  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.03 
 
 
245 aa  112  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.82564  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
267 aa  112  8.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.257261 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
262 aa  112  8.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.66 
 
 
261 aa  112  9e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.72 
 
 
249 aa  112  9e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.42 
 
 
287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.66 
 
 
259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2299  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.8 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  33.71 
 
 
252 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1422  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
253 aa  110  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182902  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  35.07 
 
 
269 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  33.59 
 
 
252 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.03 
 
 
245 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.42 
 
 
269 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
249 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3818  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  29.89 
 
 
245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0470155 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.42 
 
 
246 aa  109  5e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.48 
 
 
249 aa  109  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.519285 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.56 
 
 
260 aa  109  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1769  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.47 
 
 
245 aa  109  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
259 aa  109  5e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
253 aa  109  6e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 
253 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908488 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
279 aa  108  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.507862  normal  0.704803 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.71 
 
 
252 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
261 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0262444  normal  0.0594228 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
249 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
257 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.42 
 
 
246 aa  108  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3749  short chain dehydrogenase  32.82 
 
 
254 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>