More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2531 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2531  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 312 aa  607  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3010  LysR family transcriptional regulator  70.45 
 
 		 309 aa  408  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  67.22 
 
 		 310 aa  383  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  67.53 
 
 		 322 aa  378  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  66.22 
 
 		 323 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1388  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  59 
 
 		 308 aa  301  1e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 304 aa  275  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 304 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 328 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 328 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 305 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 328 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  51.6 
 
 		 305 aa  259  6e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 317 aa  258  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 316 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  47.35 
 
 		 321 aa  252  6e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  50 
 
 		 331 aa  252  6e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  52.09 
 
 		 304 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  49.38 
 
 		 337 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 318 aa  248  6e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  50.33 
 
 		 315 aa  245  8e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  50.33 
 
 		 315 aa  245  8e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  50.33 
 
 		 315 aa  245  8e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  50 
 
 		 329 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  50.33 
 
 		 320 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  48.9 
 
 		 331 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  50 
 
 		 311 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  49.19 
 
 		 314 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2675  transcriptional regulator, LysR family  48.39 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 292 aa  210  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 295 aa  209  4e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 		 337 aa  202  9e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.3 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.3 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.3 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.3 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.3 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 302 aa  179  8e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 293 aa  176  6e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  41.15 
 
 		 294 aa  176  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 300 aa  176  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 300 aa  175  9e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 289 aa  174  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  40.7 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  44.02 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  40.31 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  44.02 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  37.95 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 299 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 309 aa  168  9e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 308 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  41.48 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 302 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  36.93 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40910  LysR family transcriptional regulatory protein  44.23 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  39.77 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>