More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002113 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 310 aa  639    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  97.42 
 
 		 313 aa  624  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  78.06 
 
 		 311 aa  515  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  79.26 
 
 		 303 aa  475  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  60.61 
 
 		 302 aa  374  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.76 
 
 		 302 aa  364  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.67 
 
 		 303 aa  361  8e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.32 
 
 		 300 aa  359  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.32 
 
 		 300 aa  359  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.32 
 
 		 300 aa  358  8e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.32 
 
 		 300 aa  357  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.32 
 
 		 300 aa  357  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.5 
 
 		 298 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.82 
 
 		 311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.5 
 
 		 298 aa  355  5e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  58.5 
 
 		 298 aa  355  5e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  58.16 
 
 		 298 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.16 
 
 		 298 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.16 
 
 		 298 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.16 
 
 		 298 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.16 
 
 		 298 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.16 
 
 		 298 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.5 
 
 		 300 aa  351  1e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.33 
 
 		 303 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.33 
 
 		 303 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.33 
 
 		 303 aa  347  2e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3973  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.77 
 
 		 311 aa  340  1e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.556004  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.95 
 
 		 291 aa  337  1.9999999999999998e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  51.18 
 
 		 299 aa  323  3e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  50.83 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  50.83 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  51.18 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  51.37 
 
 		 299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  49.66 
 
 		 301 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  50.32 
 
 		 321 aa  301  1e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  49.51 
 
 		 299 aa  299  4e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  51.51 
 
 		 304 aa  293  2e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  49.15 
 
 		 297 aa  291  8e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  50.34 
 
 		 302 aa  291  9e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  49.32 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  49.32 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  51.55 
 
 		 296 aa  289  4e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  50 
 
 		 306 aa  289  4e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4076  phage integrase  50 
 
 		 298 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  49.32 
 
 		 306 aa  288  6e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  49 
 
 		 306 aa  288  9e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  48.97 
 
 		 299 aa  287  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  49.12 
 
 		 324 aa  280  3e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  48.8 
 
 		 298 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  48.78 
 
 		 298 aa  273  3e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.16 
 
 		 299 aa  271  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.31 
 
 		 315 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.39 
 
 		 300 aa  267  2e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0380  tyrosine recombinase XerC  48.45 
 
 		 304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0117  tyrosine recombinase XerC  46.96 
 
 		 316 aa  262  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  46.94 
 
 		 304 aa  261  8e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  42.96 
 
 		 291 aa  260  2e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.78 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.44 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.96 
 
 		 299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  46.42 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.29 
 
 		 299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.62 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  45.15 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  43.62 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.29 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.84 
 
 		 299 aa  246  3e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.36 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  43.75 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0409  Phage integrase  43.13 
 
 		 317 aa  240  2e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.383536  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.84 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.47 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.38 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.19 
 
 		 328 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  47.22 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.64 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3243  tyrosine recombinase XerC subunit  42.22 
 
 		 335 aa  229  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.39 
 
 		 306 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.39 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.39 
 
 		 306 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3374  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.19 
 
 		 328 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.07 
 
 		 306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  41.14 
 
 		 296 aa  226  5.0000000000000005e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.07 
 
 		 306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.37 
 
 		 277 aa  225  7e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.75 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0131  integrase family protein  43.29 
 
 		 312 aa  224  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.144823 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  40.38 
 
 		 342 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  40.33 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.1 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  36.39 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.38 
 
 		 310 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.38 
 
 		 310 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.38 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.38 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.38 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.38 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.38 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3442  phage integrase  40.58 
 
 		 337 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  38.33 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>