More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1257 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1257  response regulator VieB  100 
 
 		 553 aa  1143    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00784807  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06171  hypothetical protein  46.69 
 
 		 555 aa  522  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1176  response regulator receiver protein  44.28 
 
 		 540 aa  490  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2074  response regulator receiver domain-containing protein  26.74 
 
 		 551 aa  146  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0359  putative PAS/PAC sensor protein  26.63 
 
 		 560 aa  144  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4101  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  29.64 
 
 		 572 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1169  two component transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 549 aa  128  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0897  response regulator receiver protein  28.82 
 
 		 546 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0145  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  30.14 
 
 		 449 aa  123  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1854  response regulator receiver domain-containing protein  26.01 
 
 		 549 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.274781 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4421  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 535 aa  120  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.763745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2318  response regulator receiver protein  27.43 
 
 		 403 aa  120  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3496  TPR repeat-containing response regulator  30.32 
 
 		 533 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2920  response regulator receiver protein  23.03 
 
 		 538 aa  118  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0284416  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1911  response regulator/TPR domain protein  30.32 
 
 		 533 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.014975  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0477  response regulator receiver domain-containing protein  31.7 
 
 		 537 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2578  response regulator receiver protein  23.73 
 
 		 577 aa  114  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000176794 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0768  response regulator/TPR domain-containing protein  27.62 
 
 		 535 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0809  response regulator receiver protein  27.62 
 
 		 535 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02197  response regulator receiver protein  30.39 
 
 		 540 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00179351  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0795  response regulator receiver protein  27.62 
 
 		 535 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184844 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4261  response regulator receiver domain-containing protein  28.25 
 
 		 534 aa  107  7e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2579  response regulator receiver protein  25.65 
 
 		 547 aa  99.4  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1458  response regulator receiver protein  29.81 
 
 		 416 aa  98.2  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.893415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01769  response regulator receiver protein  24.23 
 
 		 561 aa  97.8  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.4688  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0041  response regulator  26.16 
 
 		 535 aa  91.7  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0947  response regulator receiver protein  22.53 
 
 		 539 aa  90.1  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00824863  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1457  response regulator receiver protein  21.68 
 
 		 421 aa  85.5  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1420  response regulator receiver domain-containing protein  25 
 
 		 561 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01935  Response regulator with TPR repeat  23.53 
 
 		 546 aa  81.6  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3634  response regulator receiver  26.52 
 
 		 587 aa  78.2  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.351597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1860  putative response regulator  25 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.436307  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0315  putative response regulator  26 
 
 		 576 aa  65.1  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.601639  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01904  CheY-like receiver protein  21.21 
 
 		 533 aa  59.7  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.466885  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  31.37 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1268  response regulator receiver protein  21.47 
 
 		 513 aa  57.8  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  28.21 
 
 		 252 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.78 
 
 		 900 aa  53.9  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3499  transcriptional regulator LuxR family  28.86 
 
 		 312 aa  52.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1440  response regulator  26.89 
 
 		 391 aa  52.8  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0677305  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2725  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.47 
 
 		 227 aa  52.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  29.01 
 
 		 238 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  27.34 
 
 		 249 aa  51.6  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0200  two component transcriptional regulator  27.34 
 
 		 243 aa  52  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2668  response regulator receiver protein  29.92 
 
 		 675 aa  52  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0481  response regulator receiver protein  26.15 
 
 		 523 aa  51.2  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  25.89 
 
 		 380 aa  51.2  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5456  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.57 
 
 		 251 aa  50.8  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.228477  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  28.29 
 
 		 272 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.98 
 
 		 1262 aa  50.8  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1861  putative PAS/PAC sensor protein  27.34 
 
 		 280 aa  50.8  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.372386  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.14 
 
 		 1121 aa  50.4  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  28.48 
 
 		 253 aa  50.4  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  28.12 
 
 		 238 aa  50.4  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0483  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.62 
 
 		 524 aa  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3547  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.62 
 
 		 524 aa  50.4  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3367  DNA-binding transcriptional regulator TorR  27.54 
 
 		 236 aa  50.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3029  response regulator receiver protein  26.4 
 
 		 127 aa  49.7  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.52 
 
 		 226 aa  49.3  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1366  response regulator receiver protein  26.89 
 
 		 131 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.280194  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.05 
 
 		 1022 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6070  two component response regulator  24 
 
 		 228 aa  48.9  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4179  response regulator receiver protein  32.45 
 
 		 309 aa  49.7  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15819 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2837  response regulator receiver domain-containing protein  29.84 
 
 		 129 aa  49.3  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0949  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.62 
 
 		 229 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 536 aa  49.3  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2803  DNA-binding transcriptional regulator TorR  26.7 
 
 		 241 aa  48.9  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131566 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1377  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.13 
 
 		 225 aa  48.9  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000301655 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0986  response regulator receiver protein  26.56 
 
 		 131 aa  49.3  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491936 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  28.24 
 
 		 238 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0188  response regulator receiver protein  26.4 
 
 		 131 aa  48.5  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1538  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.17 
 
 		 223 aa  48.5  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.705917  normal  0.0786085 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3380  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.2 
 
 		 222 aa  48.5  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2845  response regulator receiver protein  26.4 
 
 		 131 aa  48.5  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114942  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0244  response regulator receiver protein  26.4 
 
 		 131 aa  48.5  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.998065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0175  response regulator receiver protein  26.4 
 
 		 131 aa  48.5  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0262  response regulator receiver protein  26.4 
 
 		 131 aa  48.5  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0171  response regulator receiver protein  26.4 
 
 		 131 aa  48.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566468  normal  0.360629 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4704  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  29.46 
 
 		 483 aa  48.1  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2844  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.23 
 
 		 657 aa  48.1  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.389478  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1514  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.34 
 
 		 229 aa  48.1  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0313038  normal  0.23375 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2644  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.47 
 
 		 466 aa  48.1  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0170  DNA-binding response regulator  27.98 
 
 		 232 aa  47.8  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  30.58 
 
 		 695 aa  47.8  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1311  DNA-binding response regulator  27.13 
 
 		 233 aa  47.8  0.0005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  23.26 
 
 		 221 aa  47.8  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 634 aa  47.8  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2201  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  29.77 
 
 		 227 aa  47.8  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1042  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  24.63 
 
 		 465 aa  47.8  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000166307  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6795  two component transcriptional regulator, winged helix family  23.08 
 
 		 233 aa  47.4  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.510223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3948  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 440 aa  47.8  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3066  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.53 
 
 		 305 aa  47.4  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0930  response regulator receiver protein  26.27 
 
 		 130 aa  47.4  0.0007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000284085  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3694  response regulator receiver domain-containing protein  24.24 
 
 		 139 aa  47.4  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0294659  normal  0.0188802 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.13 
 
 		 725 aa  47  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5613  response regulator receiver  24.8 
 
 		 128 aa  47.4  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0472806  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3364  response regulator receiver protein  25.6 
 
 		 131 aa  47.4  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  32.35 
 
 		 228 aa  47  0.0008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3616  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  23.97 
 
 		 393 aa  47  0.0009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159723  normal  0.789101 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  25.23 
 
 		 221 aa  47  0.0009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>