272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3256 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3256  allophanate hydrolase subunit 1  100 
 
 		 291 aa  604  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.350388  normal  0.431322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2438  allophanate hydrolase subunit 1  70.14 
 
 		 289 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5869  Allophanate hydrolase subunit 1  66.78 
 
 		 291 aa  425  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2159  allophanate hydrolase, subunit 1  64.71 
 
 		 291 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1883  allophanate hydrolase, subunit 1  64.71 
 
 		 291 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1720  allophanate hydrolase, subunit 1  64.71 
 
 		 291 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0271  allophanate hydrolase, subunit 1  64.71 
 
 		 291 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0363  allophanate hydrolase, subunit 1  64.71 
 
 		 291 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0008  allophanate hydrolase subunit 1  64.73 
 
 		 303 aa  417  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0896  allophanate hydrolase, subunit 1  64.71 
 
 		 291 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1182  allophanate hydrolase, subunit 1  64.71 
 
 		 291 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0127  allophanate hydrolase subunit 1  63.86 
 
 		 294 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.821991  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0366  allophanate hydrolase subunit 1  65.97 
 
 		 291 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6283  allophanate hydrolase subunit 1  65.74 
 
 		 291 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4580  allophanate hydrolase subunit 1  62.72 
 
 		 311 aa  397  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.632087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2954  allophanate hydrolase subunit 1  65.4 
 
 		 291 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.975999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0598  hypothetical protein  60.98 
 
 		 292 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2921  allophanate hydrolase subunit 1  62.46 
 
 		 313 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2861  allophanate hydrolase subunit 1  62.46 
 
 		 295 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107171  normal  0.480296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2771  allophanate hydrolase subunit 1  62.81 
 
 		 295 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06460  hypothetical protein  60.63 
 
 		 292 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000360881  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2935  hypothetical protein  61.75 
 
 		 290 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.19158  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2721  hypothetical protein  62.11 
 
 		 290 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.919225  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2382  Allophanate hydrolase subunit 1  59.93 
 
 		 293 aa  381  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2478  Allophanate hydrolase subunit 1  61.11 
 
 		 294 aa  383  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2119  allophanate hydrolase subunit 1  62.81 
 
 		 295 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00766127  normal  0.384729 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4043  Allophanate hydrolase subunit 1  51.23 
 
 		 300 aa  309  4e-83  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.797104  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1574  Urea carboxylase  30.66 
 
 		 321 aa  109  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.96958  normal  0.273828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3722  urea carboxylase  27.05 
 
 		 1176 aa  102  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.848646  normal  0.673189 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4017  urea carboxylase  26.71 
 
 		 1176 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.877001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02000  conserved hypothetical protein TIGR00370  27.41 
 
 		 242 aa  99  9e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.620258 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1595  allophanate hydrolase subunit 1  26.95 
 
 		 243 aa  98.6  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28452  urea amidolyase  29.41 
 
 		 1822 aa  98.6  1e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.407983 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1105  urea carboxylase  28.47 
 
 		 1208 aa  96.7  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3888  urea amidolyase related protein  30.37 
 
 		 677 aa  96.3  6e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0446544  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6517  urea carboxylase  27.65 
 
 		 1179 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0710  Allophanate hydrolase subunit 1  26.56 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00179377  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3669  urea amidolyase related protein  28.85 
 
 		 1234 aa  94  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6105  urea carboxylase  27.52 
 
 		 1179 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.164711  normal  0.417784 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1384  Urea amidolyase-related protein  27.96 
 
 		 1205 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.578782  normal  0.0177378 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5228  urea carboxylase  27.6 
 
 		 1203 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4531  allophanate hydrolase subunit 2  27.12 
 
 		 1183 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2304  urea carboxylase  26.35 
 
 		 1209 aa  91.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.198231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1222  Urea carboxylase  27 
 
 		 1180 aa  90.9  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3900  urea carboxylase  26.9 
 
 		 1179 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.201135 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0178  Allophanate hydrolase subunit 1  30.45 
 
 		 242 aa  89.4  6e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5558  allophanate hydrolase subunit 2  28.17 
 
 		 1205 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.453459  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5923  biotin carboxylation region  28.17 
 
 		 1205 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.559652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0869  hypothetical protein  29.05 
 
 		 218 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.360014 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1145  Allophanate hydrolase subunit 1  26.45 
 
 		 229 aa  87  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.110827  normal  0.406689 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0772  hypothetical protein  28.63 
 
 		 218 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.984819 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0835  hypothetical protein  28.63 
 
 		 218 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  hitchhiker  0.00249119 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0759  hypothetical protein  28.63 
 
 		 218 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0820  hypothetical protein  28.63 
 
 		 218 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2361  urea amidolyase related protein  25.63 
 
 		 1200 aa  86.7  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0766  urea carboxylase  26.25 
 
 		 1201 aa  86.3  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6430  urea carboxylase  27.82 
 
 		 1205 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.646743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1419  Urea carboxylase  26.57 
 
 		 1207 aa  86.3  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1821  biotin carboxylation domain-containing protein  26.76 
 
 		 1205 aa  85.9  6e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.234186  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2163  urea carboxylase  27.05 
 
 		 1204 aa  85.9  6e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.278684  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1840  allophanate hydrolase  26.74 
 
 		 1205 aa  85.9  7e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1887  biotin carboxylation domain-containing protein  26.74 
 
 		 1205 aa  85.9  7e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2502  propionyl-coenzyme A carboxylase alpha polypeptide  26.1 
 
 		 1243 aa  85.5  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0606  allophanate hydrolase subunit 2  25.8 
 
 		 1197 aa  85.1  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0957568  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2606  urea carboxylase  31.43 
 
 		 1172 aa  84.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0287573 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1270  Allophanate hydrolase subunit 1  26.42 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0904  Urea carboxylase  26.64 
 
 		 1204 aa  83.2  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.332628  normal  0.0380086 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2727  biotin carboxylation domain-containing protein  27.51 
 
 		 1162 aa  83.6  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.321905  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1594  urea amidolyase related protein  27.7 
 
 		 663 aa  83.6  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2874  allophanate hydrolase subunit 1  26.17 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.480079  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1792  allophanate hydrolase subunit 2  28.11 
 
 		 1206 aa  82.4  0.000000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.73882  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0798  urea carboxylase  28.77 
 
 		 1208 aa  82.4  0.000000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.467421  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2188  allophanate hydrolase subunit 2  27.4 
 
 		 1183 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3450  hypothetical protein  27.34 
 
 		 245 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1214  allophanate hydrolase subunit 1  29.46 
 
 		 218 aa  81.6  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.491442  normal  0.0321852 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1527  hypothetical protein  23.86 
 
 		 246 aa  82  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1172  hypothetical protein  22.39 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0943  allophanate hydrolase subunit 2  24.73 
 
 		 1212 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.648902  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3088  conserved hypothetical protein TIGR00370  26.56 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2148  hypothetical protein TIGR00370  26.56 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2502  urea carboxylase  24.91 
 
 		 1204 aa  80.5  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2748  urea carboxylase  28.06 
 
 		 1204 aa  80.5  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1713  hypothetical protein  23.48 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.115565  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1900  hypothetical protein  23.86 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3430  allophanate hydrolase subunit 1  25.95 
 
 		 257 aa  80.5  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.381456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3095  allophanate hydrolase subunit 1  27.73 
 
 		 244 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.686624  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2600  allophanate hydrolase subunit 1  29.79 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2450  allophanate hydrolase subunit 2  29.05 
 
 		 553 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.76901  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3102  conserved hypothetical protein TIGR00370  25.78 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3120  conserved hypothetical protein TIGR00370  25.78 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000284554  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2882  hypothetical protein  25.78 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0696288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3097  hypothetical protein  25.78 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.12026  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3557  Allophanate hydrolase subunit 1  29.44 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3728  urea carboxylase  25.26 
 
 		 1220 aa  79  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0435399  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3121  hypothetical protein  26.56 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.785464  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2849  hypothetical protein  25.39 
 
 		 237 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3089  urea carboxylase  25 
 
 		 1204 aa  78.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.176139  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0703  urea amidolyase related protein  26.69 
 
 		 1209 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1700  hypothetical protein  22.66 
 
 		 244 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1892  Urea carboxylase  25.7 
 
 		 1205 aa  77.8  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.434507  normal  0.299649 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>