More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0332 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0332  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  565  1e-160  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  37.36 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0844  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.546579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 299 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.13 
 
 		 294 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  36.33 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.13 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.76 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.13 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.76 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.13 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 		 294 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.98 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.16 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.2 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4152  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.983526 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.2 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.86 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.9 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000754  putative transcription activator  33.21 
 
 		 289 aa  122  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000185322  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.45 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 303 aa  122  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 307 aa  122  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 301 aa  122  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  34.56 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  31.99 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.4 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 308 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 327 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6478  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 309 aa  118  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.7 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1082  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 316 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 296 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>