75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5172 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5172  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 104 aa  202  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00460667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1557  transcriptional regulator, XRE family  73.26 
 
 		 90 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.684199  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0615  XRE family transcriptional regulator  75.9 
 
 		 85 aa  117  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0174631 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1107  XRE family transcriptional regulator  68.48 
 
 		 91 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1807  XRE family transcriptional regulator  76.25 
 
 		 94 aa  114  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3920  XRE family transcriptional regulator  68.97 
 
 		 92 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3883  transcriptional regulator, XRE family  65.17 
 
 		 94 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.105011 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0641  XRE family transcriptional regulator  67.44 
 
 		 90 aa  111  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0228908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0163  XRE family transcriptional regulator  72.62 
 
 		 85 aa  110  9e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.721836  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4118  XRE family transcriptional regulator  67.86 
 
 		 117 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5405  XRE family transcriptional regulator  63.22 
 
 		 86 aa  108  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  0.232793 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2611  XRE family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 84 aa  107  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5392  XRE family transcriptional regulator  68.24 
 
 		 107 aa  105  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1301  XRE family transcriptional regulator  67.86 
 
 		 85 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2473  helix-turn-helix domain-containing protein  64.71 
 
 		 103 aa  104  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3386  XRE family transcriptional regulator  75 
 
 		 83 aa  104  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.449636  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1395  XRE family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 84 aa  100  9e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4052  XRE family transcriptional regulator  58.7 
 
 		 103 aa  100  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2926  XRE family transcriptional regulator  59.78 
 
 		 103 aa  100  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4805  transcriptional regulator, XRE family  70.93 
 
 		 89 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2258  XRE family transcriptional regulator  69.05 
 
 		 85 aa  89  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.211454  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2628  XRE family transcriptional regulator  64.47 
 
 		 77 aa  87.8  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.759842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0165  helix-turn-helix domain-containing protein  70.37 
 
 		 98 aa  85.5  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0894  XRE family transcriptional regulator  51.25 
 
 		 83 aa  65.5  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0403499  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1531  transcriptional regulator, XRE family  47.56 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3428  hypothetical protein  44.44 
 
 		 85 aa  60.1  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.450139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3079  hypothetical protein  46.05 
 
 		 88 aa  58.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3182  XRE family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447184  normal  0.0403938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1498  hypothetical protein  48.15 
 
 		 85 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2449  hypothetical protein  41.38 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1298  hypothetical protein  42.86 
 
 		 90 aa  53.9  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0132  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5749  hypothetical protein  47.62 
 
 		 93 aa  52  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2645  hypothetical protein  40.79 
 
 		 143 aa  51.2  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0256  hypothetical protein  37.5 
 
 		 81 aa  51.2  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4179  XRE family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 92 aa  50.4  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3594  putative PAS/PAC sensor protein  40.59 
 
 		 361 aa  50.1  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419361  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3835  hypothetical protein  46.25 
 
 		 89 aa  49.7  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0821585  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 359 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3328  XRE family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 77 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0264  hypothetical protein  40.74 
 
 		 86 aa  49.7  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.926101  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3679  hypothetical protein  44.62 
 
 		 83 aa  49.3  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2974  hypothetical protein  41.18 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.157129 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5419  hypothetical protein  40.7 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal  0.663119 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4671  hypothetical protein  40.48 
 
 		 87 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3179  XRE family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 83 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.233031  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7725  hypothetical protein  41.25 
 
 		 83 aa  47.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0293136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0335  DNA-binding protein  43.37 
 
 		 89 aa  45.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.372154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7220  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 82 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0596093  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0603  XRE family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 78 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000000347962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0399  XRE family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 78 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000208338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5911  putative transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 105 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.432156 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0714  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.563976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3354  transcriptional regulator, XRE family  34.65 
 
 		 179 aa  44.7  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.604997  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1039  hypothetical protein  40.21 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0953795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0528  XRE family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 87 aa  43.9  0.0008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16172  n/a   
 
 
-
 
NC_010374  M446_7049  hypothetical protein  41.25 
 
 		 90 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1565  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 179 aa  42.7  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7736  transcriptional regulator, XRE family  41.77 
 
 		 86 aa  43.5  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4299  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 95 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3526  XRE family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335208  normal  0.820546 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1209  XRE family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1704  hypothetical protein  37.08 
 
 		 100 aa  42.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3020  XRE family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3854  hypothetical protein  39.51 
 
 		 99 aa  42.7  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6881  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.879707  normal  0.858405 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5034  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 69 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3071  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 84 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1730  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 184 aa  41.6  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1303  hypothetical protein  34.12 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.840388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2775  transcriptional regulator, XRE family  46.88 
 
 		 180 aa  40.8  0.006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.31723  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1782  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 82 aa  40.8  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.684627  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 68 aa  40.4  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2079  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 186 aa  40.4  0.009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0185194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6201  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 1350 aa  40  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.692672  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>