More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3565 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  662    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 324 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  44.79 
 
 		 324 aa  311  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  44.38 
 
 		 321 aa  281  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 321 aa  276  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 321 aa  261  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 322 aa  236  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 322 aa  237  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 322 aa  236  4e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 322 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 322 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 322 aa  219  5e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  32.8 
 
 		 319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 320 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 320 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 317 aa  90.1  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 324 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 324 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 324 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 324 aa  89.7  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 323 aa  88.2  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  26.22 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 335 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 328 aa  85.9  8e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 325 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  26.54 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 320 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  29.06 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 350 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  25.12 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 330 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 321 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.04 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  22.6 
 
 		 316 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 332 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 333 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  20.98 
 
 		 327 aa  63.5  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  23.94 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 313 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 347 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 305 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  43.08 
 
 		 347 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  23.15 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 305 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  23.44 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 320 aa  57.4  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 307 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  25.13 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  23 
 
 		 313 aa  57  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  23.5 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 306 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4035  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 313 aa  55.8  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81262  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 278 aa  55.5  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1164  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.92 
 
 		 317 aa  55.8  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.898654  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0703  LysR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0636241 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 308 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4269  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 301 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2997  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 317 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000483673  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  23.75 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  25.32 
 
 		 323 aa  54.7  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 315 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 314 aa  55.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 306 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0681  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.68 
 
 		 317 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000214808  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 314 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3016  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.68 
 
 		 317 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.094496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 319 aa  54.7  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 306 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0654  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.68 
 
 		 317 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000955262  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 306 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0676  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.79 
 
 		 317 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000759051  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 323 aa  54.3  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  27.6 
 
 		 301 aa  54.3  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.73 
 
 		 317 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 305 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 306 aa  53.9  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0670  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 306 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0736  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.79 
 
 		 317 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 317 aa  54.3  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 308 aa  54.3  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 324 aa  54.3  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0794  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.79 
 
 		 317 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0750  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.79 
 
 		 317 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.261288  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>