More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5090 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 285 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 285 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 294 aa  245  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  47.35 
 
 		 285 aa  243  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 294 aa  235  6e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 285 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 322 aa  176  3e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 321 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  37.36 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  37.36 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 284 aa  161  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 284 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 289 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  35.62 
 
 		 332 aa  155  9e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.64 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 283 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 283 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 283 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 283 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  37.65 
 
 		 289 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 304 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 283 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 290 aa  142  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.96 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 271 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 310 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  33.94 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  33.94 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 291 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 291 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 291 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 291 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2647  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 326 aa  135  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 290 aa  135  9e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 282 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 316 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 282 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 298 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 291 aa  132  9e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 283 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 283 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 287 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 286 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 281 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>