More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5066 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
306 aa  593  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 
307 aa  258  6e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.373349  normal  0.751724 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5079  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.78 
 
 
305 aa  240  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310783  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
306 aa  231  9e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
305 aa  225  8e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238423  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127096  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.72 
 
 
308 aa  219  5e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
324 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 
304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.14 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
320 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
309 aa  212  5.999999999999999e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.05 
 
 
306 aa  208  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539656  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  38.12 
 
 
327 aa  208  1e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3005  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.58 
 
 
325 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1251  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
313 aa  206  3e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0714175 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  38.24 
 
 
305 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
304 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.440678 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00494  ABC transporter permease component  33.02 
 
 
325 aa  206  5e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2869  transmembrane dipeptide transport system permease ABC transporter protein  36.02 
 
 
325 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0598671  normal  0.76334 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
327 aa  205  6e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.74241  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5402  Nickel-transporting ATPase  41.49 
 
 
304 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997864  hitchhiker  0.00986644 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0096  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  32.71 
 
 
325 aa  203  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.58 
 
 
305 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2185  ABC transporter, inner membrane subunit  39.09 
 
 
309 aa  202  4e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  35.22 
 
 
391 aa  202  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
306 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0655426  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
313 aa  202  5e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3654  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
304 aa  202  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276261  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
305 aa  201  9e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.507532  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.844486 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0359534 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
323 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
324 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443976  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.78 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.340847  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2856  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  36.25 
 
 
326 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.247357 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2565  peptide ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 
342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.304242  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.14 
 
 
305 aa  200  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
324 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.740453  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
327 aa  199  5e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
327 aa  199  5e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
324 aa  199  7e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
334 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
306 aa  198  9e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.11 
 
 
306 aa  198  9e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
313 aa  197  1.0000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112579 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6675  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal  0.593084 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51287  normal  0.365022 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7193  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  36.45 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
311 aa  196  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.166982  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
305 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.42 
 
 
311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.627946 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
326 aa  196  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.508516  normal  0.0813716 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
308 aa  195  6e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
325 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
306 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  36.83 
 
 
336 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
325 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
308 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452226  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
326 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
321 aa  193  3e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
311 aa  193  3e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
308 aa  193  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.87491 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
321 aa  192  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
314 aa  192  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
307 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30112  hitchhiker  0.0000547502 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
308 aa  192  7e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
327 aa  192  7e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
325 aa  192  8e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.34 
 
 
325 aa  191  9e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.63 
 
 
316 aa  191  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
305 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  normal  0.480947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
327 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0563  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  31.69 
 
 
325 aa  191  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 
325 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.683893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
326 aa  190  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
309 aa  191  2e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
305 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001973  peptide ABC transporter permease component  32.46 
 
 
310 aa  190  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.122408 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.44 
 
 
306 aa  189  4e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  38.44 
 
 
306 aa  189  4e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  38.44 
 
 
306 aa  189  4e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  38.44 
 
 
306 aa  189  4e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.44 
 
 
306 aa  189  4e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6075  nickel transporter permease NikB  39.03 
 
 
319 aa  189  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0503  ABC transporter permease protein  34.19 
 
 
311 aa  189  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  36.23 
 
 
336 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  36.23 
 
 
336 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  36.23 
 
 
336 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  35.93 
 
 
336 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
313 aa  189  7e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>