More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3420 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3420  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 493 aa  996    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0484  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  55.74 
 
 		 485 aa  490  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.09 
 
 		 493 aa  450  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.461614 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0670  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.87 
 
 		 480 aa  373  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.211619 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.46 
 
 		 480 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0141667 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0650  sensor histidine kinase  32.34 
 
 		 496 aa  243  3.9999999999999997e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3704  hypothetical protein  31.81 
 
 		 506 aa  229  7e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.178612 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3072  histidine kinase  33.2 
 
 		 501 aa  221  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0034743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1507  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 488 aa  219  8.999999999999998e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0217  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 		 499 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5549  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 		 498 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5784  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 		 497 aa  212  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.321286 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1560  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 		 504 aa  209  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6269  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 		 504 aa  209  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131733  normal  0.543189 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 		 504 aa  207  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.453108 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 490 aa  206  8e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5427  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 		 508 aa  201  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6810  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.69 
 
 		 501 aa  194  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.979574 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6758  histidine kinase  31.54 
 
 		 504 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.459146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0544  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.79 
 
 		 487 aa  193  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4495  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.41 
 
 		 498 aa  192  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2987  histidine kinase  33.87 
 
 		 498 aa  192  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.181014  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0814  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 498 aa  188  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.400537 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0294  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.72 
 
 		 498 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0306  histidine kinase  29.72 
 
 		 498 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.290923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001206  osmosensitive K+ channel histidine kinase KdpD  34.31 
 
 		 457 aa  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1174  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 		 504 aa  178  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.782466  normal  0.601986 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04993  histidine kinase  33.82 
 
 		 457 aa  178  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1008  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 		 488 aa  173  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2489  histidine kinase  30.45 
 
 		 494 aa  164  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.190195  normal  0.237117 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3084  histidine kinase  29.41 
 
 		 496 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000309277  hitchhiker  0.00206907 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1455  histidine kinase  27.3 
 
 		 467 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00585199  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2980  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 		 487 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000876727  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1027  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 		 473 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3958  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 		 699 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.508028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3217  Cache sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 		 699 aa  108  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2814  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.5 
 
 		 763 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.155467  normal  0.302046 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0047  histidine kinase  27.74 
 
 		 508 aa  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2640  histidine kinase  28.74 
 
 		 397 aa  107  5e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.976353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3302  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.5 
 
 		 763 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0988  histidine kinase  29.39 
 
 		 486 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.638134  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1302  sensor histidine kinase/response regulator  27.88 
 
 		 835 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.924984  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0645  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.36 
 
 		 467 aa  105  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3226  bacterioferritin  27.33 
 
 		 696 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 		 1140 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1022  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.37 
 
 		 459 aa  103  5e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05740  signal transduction histidine kinase  25.55 
 
 		 405 aa  103  5e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.160618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2194  histidine kinase  25.1 
 
 		 464 aa  103  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3284  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 856 aa  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0250894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1915  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.68 
 
 		 463 aa  103  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000195525  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4652  sensor histidine kinase  25.07 
 
 		 463 aa  103  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00165985  unclonable  1.79315e-25 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0540  sensory box histidine kinase PhoR  26.92 
 
 		 587 aa  103  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000110325 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4698  sensory box histidine kinase PhoR  26.92 
 
 		 587 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.92933  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4096  histidine kinase  28.63 
 
 		 604 aa  102  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000005496 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3270  histidine kinase  27.51 
 
 		 565 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 		 662 aa  102  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0906  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.68 
 
 		 528 aa  102  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3686  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  27.08 
 
 		 620 aa  102  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.926172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4664  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.1 
 
 		 413 aa  102  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1500  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 		 590 aa  102  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2657  histidine kinase  22.59 
 
 		 362 aa  102  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4329  phosphate regulon sensor protein  26.5 
 
 		 587 aa  101  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  32.31 
 
 		 918 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4713  sensory box histidine kinase PhoR  26.5 
 
 		 587 aa  101  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4418  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.5 
 
 		 587 aa  100  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0617  sensor histidine kinase  24.05 
 
 		 463 aa  100  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0546  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.28 
 
 		 462 aa  100  5e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0650  sensor histidine kinase  24.05 
 
 		 463 aa  100  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1939  PAS  30.2 
 
 		 779 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0438  putative non-motile and phage-resistance protein  29.21 
 
 		 773 aa  100  6e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0186  histidine kinase  29.13 
 
 		 810 aa  100  7e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1400  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.45 
 
 		 591 aa  100  7e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0263941  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1190  histidine kinase  32.2 
 
 		 646 aa  100  8e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5610  histidine kinase  26.67 
 
 		 344 aa  99.8  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.741974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1804  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.93 
 
 		 537 aa  99.8  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.806824 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1078  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.13 
 
 		 458 aa  99.8  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4483  sensory box histidine kinase PhoR  26.07 
 
 		 587 aa  99.8  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0562  sensor histidine kinase  24.79 
 
 		 463 aa  99.4  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4318  phosphate regulon sensor protein  26.07 
 
 		 587 aa  99.4  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5087  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.07 
 
 		 1058 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4703  sensory box histidine kinase PhoR  26.07 
 
 		 587 aa  99.8  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53621e-18 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0471  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.75 
 
 		 489 aa  99.4  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.121358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4832  sensory box histidine kinase PhoR  26.07 
 
 		 587 aa  99.8  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.714625  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.69 
 
 		 896 aa  99.4  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  25.29 
 
 		 560 aa  99.8  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19340  putative sensor/response regulator hybrid  30.89 
 
 		 918 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0686  sensor histidine kinase  24.86 
 
 		 463 aa  99.8  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.191562  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2901  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.07 
 
 		 733 aa  99.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.248575  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4719  sensory box histidine kinase PhoR  26.07 
 
 		 587 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0264  PAS  30.42 
 
 		 595 aa  99  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3963  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  25.58 
 
 		 487 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.921338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2317  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 		 431 aa  98.6  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.837858  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5223  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 		 486 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.3 
 
 		 468 aa  99  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2475  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.18 
 
 		 585 aa  99  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.130335  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0250  histidine kinase  25.77 
 
 		 501 aa  98.2  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.162679  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.12 
 
 		 914 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  32.77 
 
 		 914 aa  97.8  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2471  Histidine kinase  28.42 
 
 		 446 aa  98.2  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 		 815 aa  98.2  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>