More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0484 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0484  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
485 aa  983    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  58.78 
 
 
493 aa  551  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.461614 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3420  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  55.74 
 
 
493 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0670  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  49.06 
 
 
480 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.211619 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  48.86 
 
 
480 aa  412  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0141667 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0217  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 
499 aa  257  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0650  sensor histidine kinase  34.83 
 
 
496 aa  250  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1507  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.13 
 
 
488 aa  235  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3704  hypothetical protein  31.42 
 
 
506 aa  222  9e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.178612 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3072  histidine kinase  31.81 
 
 
501 aa  214  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0034743  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1560  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
504 aa  209  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6269  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
504 aa  209  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131733  normal  0.543189 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.98 
 
 
504 aa  209  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.453108 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5784  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 
497 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.321286 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0306  histidine kinase  31.81 
 
 
498 aa  204  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.290923  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6758  histidine kinase  31.66 
 
 
504 aa  204  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.459146  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0294  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.81 
 
 
498 aa  203  5e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5549  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.04 
 
 
498 aa  202  8e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 
490 aa  202  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4495  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
498 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2987  histidine kinase  31.75 
 
 
498 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.181014  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6810  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 
501 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.979574 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5427  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.6 
 
 
508 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001206  osmosensitive K+ channel histidine kinase KdpD  33.33 
 
 
457 aa  183  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0544  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 
487 aa  179  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0814  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
498 aa  178  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.400537 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1174  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.34 
 
 
504 aa  176  9e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.782466  normal  0.601986 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04993  histidine kinase  32.83 
 
 
457 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1008  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.42 
 
 
488 aa  173  6.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0471  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 
489 aa  160  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.121358  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2489  histidine kinase  30.09 
 
 
494 aa  147  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.190195  normal  0.237117 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1455  histidine kinase  28.16 
 
 
467 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00585199  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3084  histidine kinase  31.25 
 
 
496 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000309277  hitchhiker  0.00206907 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1027  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 
473 aa  123  9e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1915  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.06 
 
 
463 aa  121  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000195525  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2194  histidine kinase  26.71 
 
 
464 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2901  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.17 
 
 
733 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.248575  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0438  putative non-motile and phage-resistance protein  28.96 
 
 
773 aa  116  7.999999999999999e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  27.68 
 
 
560 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2879  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.9 
 
 
466 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.295143  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4096  histidine kinase  31.95 
 
 
604 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000005496 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0896  histidine kinase  24.19 
 
 
491 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1190  histidine kinase  35.35 
 
 
646 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5087  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1058 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22580  signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
576 aa  114  5e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.162219  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0645  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.84 
 
 
467 aa  114  5e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0100  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 
1182 aa  113  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4698  sensory box histidine kinase PhoR  27.95 
 
 
587 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.92933  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2206  histidine kinase  30.83 
 
 
556 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1302  sensor histidine kinase/response regulator  27.45 
 
 
835 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.924984  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0540  sensory box histidine kinase PhoR  27.95 
 
 
587 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000110325 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0186  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.75 
 
 
657 aa  111  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908915 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2060  sensor histidine kinase  27.04 
 
 
453 aa  111  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000124716  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4248  ATP-binding region ATPase domain protein  32.83 
 
 
1196 aa  111  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4418  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 
587 aa  111  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0804  histidine kinase  31.84 
 
 
322 aa  111  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0156746  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1790  sensor histidine kinase  26.71 
 
 
453 aa  110  6e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000385463  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0613  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.56 
 
 
641 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  30.04 
 
 
918 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2624  histidine kinase  27.74 
 
 
466 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000627853  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2640  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.18 
 
 
467 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19340  putative sensor/response regulator hybrid  30.04 
 
 
918 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5419  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.12 
 
 
713 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1833  sensor histidine kinase  26.71 
 
 
453 aa  109  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.286325  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1807  sensor histidine kinase  26.71 
 
 
453 aa  109  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000147416  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00340  signal transduction histidine kinase  25.74 
 
 
500 aa  109  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00418447  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1976  sensor histidine kinase  26.71 
 
 
453 aa  109  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00238966  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0045  histidine kinase  29.47 
 
 
370 aa  109  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2011  sensor histidine kinase  26.71 
 
 
459 aa  109  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.62576e-42 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2687  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.52 
 
 
784 aa  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.762737  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1078  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.45 
 
 
458 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.8 
 
 
878 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1194  sensor histidine kinase  28.21 
 
 
466 aa  108  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.755986  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 
833 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1923  histidine kinase  25.58 
 
 
468 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.5 
 
 
846 aa  108  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4555  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
406 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.330139  normal  0.677797 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.93 
 
 
640 aa  107  3e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5380  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
625 aa  108  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00714338  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27.31 
 
 
921 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1574  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.1 
 
 
841 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0247  histidine kinase  25.57 
 
 
488 aa  107  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.60943  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2487  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  31.58 
 
 
1535 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.162467  normal  0.455724 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  28.16 
 
 
1298 aa  107  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2982  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.18 
 
 
608 aa  107  5e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4483  sensory box histidine kinase PhoR  27.95 
 
 
587 aa  107  6e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4318  phosphate regulon sensor protein  27.95 
 
 
587 aa  107  6e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4329  phosphate regulon sensor protein  27.95 
 
 
587 aa  107  6e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4703  sensory box histidine kinase PhoR  27.95 
 
 
587 aa  107  6e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53621e-18 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2674  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 
585 aa  107  6e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.239294  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4832  sensory box histidine kinase PhoR  27.95 
 
 
587 aa  107  6e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.714625  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1854  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.99 
 
 
579 aa  107  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.46631 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1772  Signal transduction histidine kinase  25.29 
 
 
345 aa  107  6e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2113  PAS  28.34 
 
 
1206 aa  107  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.819255  normal  0.387177 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0419  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.97 
 
 
1260 aa  107  7e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.784662  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2093  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 
530 aa  106  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874358  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2980  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.16 
 
 
487 aa  106  8e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000876727  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1214  sensor histidine kinase  27.88 
 
 
466 aa  106  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.391759  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1313  sensor histidine kinase  27.88 
 
 
466 aa  106  9e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1390  sensor histidine kinase  27.88 
 
 
466 aa  106  9e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>