More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3172 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
151 aa  310  5.999999999999999e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  56.83 
 
 
145 aa  175  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  56.12 
 
 
151 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  60.63 
 
 
144 aa  170  5e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  59.23 
 
 
144 aa  168  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  58.33 
 
 
144 aa  168  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  58.33 
 
 
144 aa  168  3e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  57.58 
 
 
144 aa  167  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  56.69 
 
 
145 aa  166  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  55.4 
 
 
149 aa  164  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  55.15 
 
 
145 aa  163  8e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  56.93 
 
 
147 aa  162  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  57.36 
 
 
158 aa  160  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  56.93 
 
 
147 aa  160  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  50.36 
 
 
145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  53.72 
 
 
149 aa  142  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  50.36 
 
 
148 aa  142  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  53.72 
 
 
149 aa  142  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  48.44 
 
 
143 aa  141  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  55.2 
 
 
141 aa  141  3e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  50.39 
 
 
143 aa  140  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  53.17 
 
 
141 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  48.51 
 
 
157 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  50.39 
 
 
145 aa  138  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  48.82 
 
 
143 aa  138  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
143 aa  138  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  49.23 
 
 
152 aa  137  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  50.39 
 
 
142 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  50.41 
 
 
149 aa  135  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  49.24 
 
 
141 aa  134  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  47.45 
 
 
143 aa  130  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  53.98 
 
 
141 aa  127  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  46.88 
 
 
142 aa  122  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  41.13 
 
 
146 aa  116  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  45.83 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  44.78 
 
 
143 aa  110  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  39.85 
 
 
857 aa  88.2  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  38.81 
 
 
732 aa  87  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  40.8 
 
 
692 aa  85.9  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.17 
 
 
620 aa  78.6  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0174  sensory box histidine kinase  36.09 
 
 
821 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.83 
 
 
321 aa  75.9  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1934  two-component sensor kinase protein  36.09 
 
 
723 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1434  sensory box histidine kinase  36.09 
 
 
821 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0474  sensory box histidine kinase  36.09 
 
 
821 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1844  sensory box histidine kinase  36.09 
 
 
723 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0908  sensory box histidine kinase  36.09 
 
 
723 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0382  sensory box histidine kinase  36.09 
 
 
723 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 
368 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.16 
 
 
1248 aa  74.7  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.58 
 
 
740 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.4 
 
 
1374 aa  74.3  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 
695 aa  73.9  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.17 
 
 
657 aa  73.6  0.0000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0819  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.33 
 
 
393 aa  73.6  0.0000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
502 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 
979 aa  72.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  37.41 
 
 
1154 aa  72.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.03 
 
 
705 aa  73.6  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.54 
 
 
747 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0431  putative PAS/PAC sensor protein  55.17 
 
 
67 aa  72  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00281975  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
907 aa  72  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.72 
 
 
898 aa  72  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 
1721 aa  72.8  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 
608 aa  72  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2480  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.57 
 
 
846 aa  72.4  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000921222 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3508  putative PAS/PAC sensor protein  35 
 
 
554 aa  71.6  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.254838 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3509  signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
439 aa  71.6  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2468 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
705 aa  71.2  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.89 
 
 
1088 aa  70.9  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 
668 aa  70.9  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.56 
 
 
1419 aa  70.9  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 
851 aa  70.5  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1007  sensory box histidine kinase  34.59 
 
 
812 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.572876  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
807 aa  70.5  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.81 
 
 
607 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  31.75 
 
 
1589 aa  70.1  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3122  sporulation kinase  35.43 
 
 
801 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0877  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 
1050 aa  69.7  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.948624  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5651  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 
801 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.285543 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 
484 aa  68.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 
534 aa  69.3  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3143  sporulation kinase  35.43 
 
 
801 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.564779 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  33.06 
 
 
428 aa  68.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2889  sensory transduction histidine kinase; sporulation kinase A  35.43 
 
 
801 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.516791  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2115  sporulation kinase  34.65 
 
 
801 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.59 
 
 
673 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  32.28 
 
 
684 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1811  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 
1085 aa  69.3  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.565529  normal  0.532209 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2563  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
543 aa  69.3  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.26 
 
 
862 aa  68.6  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.525156  hitchhiker  0.0000167572 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 
513 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 
718 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  36.59 
 
 
754 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3211  bacteriophytochrome-like protein  31.06 
 
 
842 aa  68.6  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.880007  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2554  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.15 
 
 
844 aa  68.2  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3250  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  29.23 
 
 
1348 aa  68.2  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534329  normal  0.0270765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  33.6 
 
 
460 aa  68.2  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.13 
 
 
630 aa  67.8  0.00000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3278  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  33.33 
 
 
2468 aa  67.8  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0267066 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>