More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0847 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  100 
 
 		 232 aa  471  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.19 
 
 		 237 aa  124  9e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.86 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  33.19 
 
 		 238 aa  122  3e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 247 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  28.8 
 
 		 249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.24 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2329  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.46 
 
 		 236 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0108361  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  30.35 
 
 		 265 aa  115  7.999999999999999e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 240 aa  114  8.999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  32.35 
 
 		 237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  31.42 
 
 		 279 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.03 
 
 		 238 aa  112  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.45 
 
 		 242 aa  113  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.03 
 
 		 238 aa  112  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.2 
 
 		 268 aa  112  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 254 aa  112  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.61 
 
 		 251 aa  112  5e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  30.89 
 
 		 248 aa  112  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3221  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.03 
 
 		 238 aa  112  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  30.49 
 
 		 248 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.39 
 
 		 245 aa  112  7.000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 317 aa  111  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 265 aa  111  9e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.46 
 
 		 243 aa  111  9e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.92 
 
 		 237 aa  111  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  28.22 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  30.49 
 
 		 248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2823  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.12 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  29.92 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.71 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2432  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.99 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000158974  hitchhiker  0.00361478 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  28.74 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.12 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.4 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.78 
 
 		 275 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2502  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.99 
 
 		 236 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00178929  normal  0.0452702 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  29.44 
 
 		 254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  27.94 
 
 		 246 aa  108  5e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 254 aa  108  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  28.74 
 
 		 246 aa  107  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2093  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.45 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1130  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.42 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1658  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.86 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153786  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  28.74 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1695  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.86 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000884824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2883  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.46 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000903631  unclonable  0.0000000000401288 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1765  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.07 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.199181  hitchhiker  0.00544661 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1673  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.86 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000537167  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2685  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.86 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0538398  hitchhiker  0.000367908 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  28.21 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1318  putative two-component response-regulatory protein YehT  33.18 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  28.74 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  28.74 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  28.74 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  28.74 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.68 
 
 		 240 aa  105  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 262 aa  106  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3149  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.96 
 
 		 238 aa  106  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  29.03 
 
 		 276 aa  106  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  30.21 
 
 		 254 aa  106  4e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  27.94 
 
 		 246 aa  105  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.2 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.2 
 
 		 248 aa  105  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 249 aa  105  6e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  30 
 
 		 255 aa  105  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  31.17 
 
 		 243 aa  105  7e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  26.67 
 
 		 252 aa  105  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  27.53 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2149  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.02 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00472108  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.39 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  28.34 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  28.63 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.1 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  29.03 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  30.2 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.45 
 
 		 256 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.08 
 
 		 251 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.34 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  30.2 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  29.27 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  29.03 
 
 		 244 aa  103  3e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  29.8 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  29.8 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  29.8 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.63 
 
 		 242 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  31.67 
 
 		 236 aa  102  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  27.27 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.27 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  27.27 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.27 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.27 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 253 aa  101  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.27 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.27 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2452  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.98 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0310324  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.21 
 
 		 244 aa  100  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.02 
 
 		 258 aa  100  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>