More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2227 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  676    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 337 aa  294  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  48.52 
 
 		 324 aa  291  8e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  48.2 
 
 		 324 aa  287  1e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  48.2 
 
 		 324 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  48.2 
 
 		 324 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  48.2 
 
 		 324 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 350 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 350 aa  280  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 328 aa  278  7e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 321 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 321 aa  251  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  39.03 
 
 		 318 aa  229  7e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 321 aa  105  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 322 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 322 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 322 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 322 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 322 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 322 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 321 aa  93.2  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 323 aa  87.8  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 317 aa  86.7  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  23.99 
 
 		 318 aa  86.3  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  26.18 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  27.27 
 
 		 332 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  21.17 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  24.79 
 
 		 327 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  25.24 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  26.13 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  25.56 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  26.43 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  30.11 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 333 aa  69.7  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 432 aa  68.9  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.65 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.02 
 
 		 328 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  27.73 
 
 		 347 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  23.98 
 
 		 316 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 325 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 306 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2491  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 344 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 315 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  26.89 
 
 		 347 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  30.35 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  30.35 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 316 aa  64.7  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5069  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 344 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.256969 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5360  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 345 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516631  normal  0.350489 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  30.41 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3624  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 345 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0663919  normal  0.760921 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.85 
 
 		 307 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  29.85 
 
 		 307 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3530  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  29.85 
 
 		 307 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3896  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 345 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590324  normal  0.42297 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0383  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  25.39 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>