More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4571 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  660    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 321 aa  122  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  26.69 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 324 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 324 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 324 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  27.73 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 324 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 350 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  26.04 
 
 		 324 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 324 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 324 aa  100  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  27.37 
 
 		 319 aa  99.4  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 321 aa  96.7  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 325 aa  89.7  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  21.94 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  21.51 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  21.51 
 
 		 320 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  21.51 
 
 		 320 aa  72.4  0.000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 320 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  24.56 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 334 aa  63.9  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  28.29 
 
 		 347 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  20.8 
 
 		 335 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 333 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  24.44 
 
 		 327 aa  61.2  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.47 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 317 aa  59.3  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  25 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 305 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  20.69 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 347 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 332 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 347 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  25.77 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3696  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 325 aa  55.8  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.643345  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  21.11 
 
 		 306 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 302 aa  55.5  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 321 aa  55.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  20.08 
 
 		 323 aa  55.1  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  22.22 
 
 		 321 aa  55.1  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  25.79 
 
 		 326 aa  55.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  27.06 
 
 		 317 aa  53.9  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  19.66 
 
 		 306 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  19.66 
 
 		 306 aa  53.5  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  21.25 
 
 		 300 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  32.5 
 
 		 298 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  21.25 
 
 		 301 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  21.74 
 
 		 310 aa  52  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 303 aa  52  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  21.25 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2570  LysR family transcriptional regulator  20.38 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2289  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 311 aa  52  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.317043  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  21.25 
 
 		 301 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  20.77 
 
 		 321 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 303 aa  52.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0209  putative transcriptional regulator  23.68 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.150203  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 307 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0670  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01640  LysR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.262408  normal  0.919946 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03530  transcriptional regulator  23.33 
 
 		 310 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0369459  hitchhiker  0.0000000000000400126 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  22.86 
 
 		 313 aa  51.6  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 317 aa  50.8  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  18.77 
 
 		 301 aa  50.4  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  18.88 
 
 		 304 aa  50.4  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 312 aa  50.1  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 297 aa  50.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 311 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  24.17 
 
 		 314 aa  50.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  23.64 
 
 		 308 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  20.17 
 
 		 332 aa  49.7  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 315 aa  49.3  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 298 aa  49.7  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 314 aa  49.3  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 304 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>