More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2519 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2519  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 383 aa  783    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2080  AraC family transcriptional regulator  72.3 
 
 		 407 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2205  AraC family transcriptional regulator  73.99 
 
 		 392 aa  566  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1895  AraC family transcriptional regulator  72.06 
 
 		 407 aa  566  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.375794  normal  0.452206 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2113  transcriptional regulator, AraC family  67.1 
 
 		 359 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0135446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2350  AraC family transcriptional regulator  75 
 
 		 130 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2125  helix-turn-helix domain-containing protein  74.17 
 
 		 130 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2234  helix-turn-helix domain-containing protein  77.78 
 
 		 99 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.440847  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3244  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 345 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.479288  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02396  transcriptional regulator, AraC family protein  27.69 
 
 		 450 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.372972  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3991  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 353 aa  114  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4066  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.138885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04940  Transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.543435  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 345 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 		 341 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 339 aa  96.7  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 364 aa  94  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4002  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 361 aa  91.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.24994 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 369 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 369 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 369 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 366 aa  86.7  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 366 aa  86.3  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 366 aa  86.7  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 360 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 347 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 340 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 345 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 364 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 347 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  26.08 
 
 		 345 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 348 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  23.77 
 
 		 347 aa  82.8  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 345 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  22.34 
 
 		 356 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 345 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 345 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.59 
 
 		 343 aa  80.5  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  22.07 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 366 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 338 aa  79.3  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 344 aa  79.3  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  21.2 
 
 		 343 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  24.04 
 
 		 396 aa  78.6  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 372 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  21.82 
 
 		 344 aa  76.6  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  25.99 
 
 		 356 aa  75.5  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 330 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  26.78 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  26.67 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1537  AraC family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2932  AraC family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 327 aa  73.2  0.000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 341 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1531  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00128514  unclonable  0.000000000084673 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1471  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 339 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 352 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  23.45 
 
 		 345 aa  71.2  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  27.06 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 382 aa  70.5  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  22.25 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 356 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 356 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 355 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  24.09 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  28.04 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 333 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 327 aa  68.9  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 350 aa  68.6  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1661  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 333 aa  68.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000279685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 336 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 345 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  21.82 
 
 		 345 aa  67.8  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 357 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0477  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 366 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  41.56 
 
 		 331 aa  67.4  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  26.63 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  19.75 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 373 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 385 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  25.94 
 
 		 338 aa  66.2  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  25.28 
 
 		 357 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  39.13 
 
 		 365 aa  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 335 aa  65.1  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  25.33 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 334 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0219  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>